میکروبها ذرات شیمیایی خاک را به مواد مغذی قابل جذب توسط گیاهان تبدیل میکنند. دادههای یک تحقیق نشان داد که خاک تیره آمازون، حاوی میکروارگانیسمهایی است که در تبدیل این مواد مغذی در خاک بهتر عمل میکنند و بنابراین شرایط رشد گیاه در این خاک مناسبتر است.