در دوره دکتری لاجوردی در کلاس‌ها و جهت‌گیری‌های آن نقش زیادی داشته و این دوره البته هم‌زمان بوده است با اوج دوران اصلاحات در ایران و فضای باز سیاسی و اجتماعی و از این رو لاجوردی در پیش‌کشیدن بحث‌های جدید در علوم اجتماعی ایران نقش داشته است. این دوره از ۱۳۷۸ شروع شده و در سال ۱۳۸۳ به پایان رسیده است.
