نگاهی به سیر فعالیت‌های میرباقری نشان می‌دهد که او پس از اینکه به ریاست فرهنگستان علوم اسلامی قم می‌رسد، در دهه اول بیشتر فعالیت‌هایش در چارچوب اهداف فرهنگستان بوده است. به‌عبارتی در دهه اول خبری از اظهار‌نظر سیاسی توسط او به‌صورت چشم‌گیر نیست، اما اوایل دهه ۹۰ آرام‌آرام وارد فضای سیاسی کشور می‌شود. در این بین نوع نگاه او همانند استادش اجرای احکام اسلامی بدون کوچکترین تقلیلی است و همین هم موجب می‌شود که از سخنانش نوعی بنیادگرایی برداشت شود
