فناوری تهاجمی BCI معمولا مستلزم جراحی کرانیوتومی برای قرار دادن الکترودها در سراسر ناحیه قشر مغز است که منجر به دقیق‌ترین نوار مغزی از بین سه روش جاری می‌شود. بااین‌حال، این روش تهاجمی مطمئنا به بدن انسان آسیب وارد می‌کند و ممکن است منجر به پاسخ التهابی شود.
