معماری اولیه خانه ملاباشی که به خانه معتمدی هم معروف است، به دوران صفویه باز می‌گردد و در حکومت زندیه مرمت شد، اما در زمان بازسازی زندیه قسمت‌های مختلفی از معماری صفویه تخریب شد. در دوران صفویه و زندیه، این خانه دارای بخش‌های مختلفی مانند زمستانه و دو اتاق پنج دری بود، اما با ورود ملاباشی به اصفهان و خرید این خانه در زمان قاجار، بازسازی و ساخت و سازهای زیادی در آن صورت گرفت. در دوره حکومت ظل‌السلطان، پسر ارشد ناصرالدین شاه قاجار در اصفهان، تمام آثار دوران صفوی کاملا نابود و یا تا مرز نابودی…
