اگر بتوان به اهم مشکلات در این بخش اشاره کرد نخست اینکه به دلیل ضعف ساختاری واحدهای اجداد و مادری به‌کار گرفته‌شده، عملا بیشتر جوجه‌های مادر و تجاری تولیدشده دارای کیفیت نامطلوب، هم از دیدگاه رشد و هم ایمنی بوده که البته به‌معنای خسارت اقتصادی شدید در واحدهای مرغ مادر و گوشتی پرورش‌دهنده سویه آرین است.
