وقتی بطلمیوس در سال ۴۹ قبلازمیلاد به ۱۳ سالگی رسید نقشه کشید که خواهرش را از سر راه بردارد و به تنهایی حکومت کند. کلئوپاترا ناچار شد از کشور فرار کند و لشکری برای خودش راه انداخت و مصر را درگیر جنگ داخلی کرد. همزمان جنگ داخلی در روم هم جریان داشت که در آن ژولیوس سزار با سردار رومی، پومپه میجنگید.