آیت الله هاشمی شاهرودی در اردیبهشت ۱۳۹۶ به دلیل بیماری در یکی از بیمارستانهای تهران مدتی بستری شد. وی به توصیه و اصرار پزشکان برای ادامه درمان به آلمان سفر کرد و پس از مدتی مجددا به کشور بازگشت و ادامه سیر درمان و مراقبت از ایشان در تهران انجام شد. بدلیل شرایط جسمانی و منع پزشکان، در جلسات آخرین روزهای پاییز ۹۷، هاشمی شاهرودی از حضور در جلسات مجمع تشخیص مصلحت نظام خودداری کرد.