مشکل مالی عمده ترین دغدغه تیم های لیگ یازدهم بود و این موضوع با موانع قانونی که در پرداخت پول به باشگاه های لیگ برتری به وجود آمد، نمود بیشتری پیدا کرد و حتی گاهی باعث اعتصاب بازیکنان تیمها در طول فصل نیز شد. استقلال هم از جمله تیمهایی بود که از آغاز فصل با این مشکل دست و پنجه نرم میکند و در طول فصل نیز اعتراضهای زیادی از سوی بازیکنان مطرح شد اما هیچ گاه به اعتصاب نرسید.