یارانه فرا بودجه‌ای دیگر بخش یارانه‌های توزیعی دولت است که منابع آن در سقف قانون بودجه دیده نشده است، اما دولت از منابع موجود در بخش عمومی مانند منابع صندوق‌های فعال در بخش عمومی از جمله صندوق توسعه ملی، صندوق نوآوری و شکوفایی، حساب هدفمندی یارانه‌ها یا منابع نهادهای عمومی غیردولتی و شرکت‌های دولتی اقدام به اعطای این نوع از یارانه می‌کند.
