اصلیترین مسائلی که وضعیت تالاب بینالمللی انزلی را به این وضعیت بغرنج رسانده در واقع ورود فاضلابهای صنعتی، خانگی، بیمارستانی، سموم کشاورزی و پسماندها و گیاهان مهاجمی همچون آزولا و سنبل آبی است که علاوه بر آلودگی بستر آن، کاهش میزان آب، حیات تالاب را نیز بهشدت در وضعیت نگرانکننده قرار داد.