عملکرد بنیصدر در ارتباط با جبههها، در اواخر دوره ریاستجمهوری باعث شد تا امام طی حکمی او را از سمت فرماندهی کل نیروهای مسلح جمهوری اسلامی ایران برکنار کند. امام ۱۰ روز پس از این حکم، درپی مصوبه مجلس مبنیبر عدم کفایت سیاسی بنیصدر، او را از مقام ریاستجمهوری نیز عزل کرد. این حکم در پاسخ به نامه هاشمیرفسنجانی، رئیس وقت مجلس شورای اسلامی، صادر شد.