سیر ورود امام خمینی به ارایه طرح نظام جایگزین رژیم سلطنتی این‌گونه بود که امام، شاه را نصیحت می‌کردند که دست از وابستگی به بیگانگان بردارد و با اسلام و مصالح کشور دشمنی نکند،
احمد مازنی در اعتماد نوشت: سیر ورود امام خمینی به ارایه طرح نظام جایگزین رژیم سلطنتی این‌گونه بود که امام، شاه را نصیحت می‌کردند که دست از وابستگی به بیگانگان بردارد و با اسلام و مصالح کشور دشمنی نکند، سرنوشت پدرش را به او یادآوری می‌کردند که کاری نکند تا مثل پدرش وقتی از کشور بیرونش کردند، با اینکه ایران در اشغال قدرت‌های بیگانه بود و رضاشاه توسط بیگانگان از کشور تبعید شده بود، اما مردم خوشحال بودند. اما محمدرضا به نصایح امام توجه نکرد و امام را مدتی در حبس و حصر در تهران و در پی آن به ترکیه و عراق تبعید کرد، در نتیجه شاه به همان سرنوشت پدر دچار شد، البته این‌بار به دست مردم ایران.
امام خمینی در این مرحله عزل محمدرضا شاه و فروپاشی نظام سلطنتی و تشکیل حکومت اسلامی را به عنوان آلترناتیو آن پیشنهاد کردند و در ادامه «طرح ولایت فقیه» را که در کتب فقهی منحصر به امور حسبه بود را به عنوان یک بحث مستقل در حوزه علمیه نجف تدریس کردند و با استناد به آیات قرآن، روایات و عقل مسوولیت و اختیارات ولی فقیه را تبیین کردند که در کتابی با همین نام منتشر شد. این اقدام امام نوآوری در استنباط از مبانی دینی و ارایه طرحی بومی منطبق با اعتقاد اکثریت مردم ایران بود که در مقابل نظام‌های حکومتی موجود پیشنهاد شده بود.
سال‌ها بعد وقتی رژیم سلطنتی ساقط شد و «طرح جمهوری اسلامی» در همه پرسی مردم ایران با اکثریت قاطع جایگزین نظام سابق شد، ولایت فقیه به عنوان یکی از ارکان اصلی نظام جمهوری اسلامی در قانون اساسی قرار گرفت. در این میان برخی با اصل ولایت فقیه یا با محدوده اختیارات آن مخالف بودند، برخی اختیارات ولایت فقیه را منحصر و در چارچوب احکام فقهی می‌دانستند و عده‌ای هم این اختیارات را فراتر از قانون اساسی می‌دانستند و ولایت مطلقه را به اختیارات مطلق ولی فقیه تفسیر کرده‌اند.
اما امام خمینی ولایت فقیه را از درس و بحث مدرسه بیرون کشیده و آن را با وظایف و مسوولیت‌های تعریف شده در قالب قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران ارایه داده‌اند. آنچه در قانون اساسی آمده اصل پنجم است که پس از اصل چهارم که بر اسلام به عنوان مبنای حکومت تاکید می‌کند ولایت فقیه را رکن مهم و مبنایی در ساختار نظام جمهوری اسلامی می‌داند؛ و در پی آن اصول متعدد قانون اساسی مبین و مقید این دو اصل مبنایی هستند.
ضمن اینکه اصل ششم و اصل هفتم به عنوان دو اصل مبنایی دیگر بر اتکای اداره کشور بر آرای عمومی و شوراها تاکید دارد.
اصل ششم می‌گوید: «در جمهوری اسلامی ایران امور کشور باید به اتکای آرای عمومی اداره شود، از راه انتخابات: انتخاب رییس‌جمهور، نمایندگان مجلس شورای اسلامی، اعضای شوراها و نظایر اینها، یا از راه همه‌پرسی...»
و اصل هفتم می‌گوید: «طبق دستور قرآن کریم: (و أمْرُهُمْ شُوری بینهُم (و) شاوِرْهُمْ فِی الأمْرِ)، شوراها: مجلس شورای اسلامی، شورای استان، شهرستان، شهر، محل، بخش، روستا و نظایر اینها از ارکان تصمیم‌گیری و اداره امور کشورند...»
و در ذیل آخرین اصل قانون اساسی که مربوط به بازنگری در قانون اساسی است اتکای به آرای عمومی را در کنار اسلامیت و ولایت جزو اصول لایتغیر معرفی می‌کند؛ و در ابتدای فصل پنجم بر حق حاکمیت ملت تاکید می‌کند و می‌گوید: «اصل پنجاه و ششم- حاکمیت مطلق بر جهان و انسان از آن خداست و هم او، انسان را بر سرنوشت اجتماعی خویش حاکم ساخته است. هیچکس نمی‌تواند این حق الهی را از انسان سلب کند یا در خدمت منافع فرد یا گروهی خاص قرار دهد و ملت این حق خداداد را از طرقی که در اصول بعد میآید اِعمال می‌کند.»
و در اصل پنجاه و نهم بر همه‌پرسی و مراجعه مستقیم به آرای مردم تصریح می‌کند؛ و بالاخره ولایت فقیه در کنار اصول مبنایی دیگر در قالب میثاق ملی ارایه شد و ولی فقیه علاوه بر فقاهت باید دارای شرایط مندرج در اصل یکصد و نهم شامل:
«۱- صلاحیت علمی لازم برای افتاء در ابواب مختلف فقه
۲- عدالت و تقوای لازم برای رهبری امت اسلام
۳- بینش صحیح سیاسی و اجتماعی، تدبیر، شجاعت، مدیریت و قدرت کافی برای رهبری.» باشد و طبق اصول بعدی به وسیله خبرگان منتخب ملت انتخاب شود.
اصول مذکور و سایر اصول قانون اساسی حاکی از این است که امام خمینی قرائتی از ولایت فقیه را وارد نظام سیاسی کرده‌اند که منتخب اکثریت مردم و دارای مسوولیت‌ها و اختیارات معین است.
اختیارات و مسوولیت‌هایی که در چند اصل از جمله اصل ۵۷، اصل ۱۱۰ و اصل ۱۷۵ تصریح شده است. بنابراین «ولایت فقیه» در سنت و سیره امام خمینی، «حکومت دینی سازگار با مردم سالاری» است کما اینکه «جمهوری اسلامی» از دیدگاه امام «مردم‌سالاری سازگار با دین» است.
