زندان یا محبس قصر پیش از تبدیل شدن به زندان به «قصر قاجر» یا «قصر قاجار» معروف بود که طبق روایت فرشاد ابریشمی در کتاب «تهران، روزگاران قدیم» در سال ۱۱۷۵ به دستور باباخان (فتحعلی‌شاه) برادرزاده‌ی آقامحمدخان قاجار و جانشین او در فاصله‌ی نیم‌فرسخی خارج از تهران بر بالای تپه‌ای ساخته شد. قصر قجر بنا بر این روایت تا اواسط دوران حکومت ناصرالدین‌شاه هم استفاده می‌شد، اما بعدها به دلایل خرافی بلااستفاده و متروکه ماند.
محبس جدید قصر قاجار گنجایش ۸۰۰ نفر محبوس را دارد و دارای باغ برای تفریح محبوسین، حمام، مریض‌خانه‌ی عمومی و مریض‌خانه‌ی مخصوص امراض مسریه و سایر لوازم دیگر می‌باشد.
به گزارش خبرآنلاین، عصر روز دوشنبه ۱۱ آذر ۱۳۰۸ زندان قصر با حضور رضاشاه پهلوی افتتاح شد. در این برهه سرتیپ محمد درگاهی ریاست «تشکیلات نظمیه مملکتی» را بر عهده داشت و درواقع بنای زندان یکی از آخرین اقدامات او در این مسئولیت بود؛ زندانی تقریبا مدرن به نام «قصر». وجه تسمیه‌ی آن هم به خاطر قرار گرفتن کاخ ییلاقی آقامحمدخان قاجار در آن محل بود.
زندان یا محبس قصر پیش از تبدیل شدن به زندان به «قصر قاجر» یا «قصر قاجار» معروف بود که طبق روایت فرشاد ابریشمی در کتاب «تهران، روزگاران قدیم» در سال ۱۱۷۵ به دستور باباخان (فتحعلی‌شاه) برادرزاده‌ی آقامحمدخان قاجار و جانشین او در فاصله‌ی نیم‌فرسخی خارج از تهران بر بالای تپه‌ای ساخته شد. قصر قجر بنا بر این روایت تا اواسط دوران حکومت ناصرالدین‌شاه هم استفاده می‌شد اما بعدها به دلایل خرافی بلااستفاده و متروکه ماند. (ابریشمی، ۵۲)
روزنامه‌ی اطلاعات که در آن مقطع عصرها منتشر می‌شد، عصر روز دوشنبه ۱۱ آذر ۱۳۰۸ خبر افتتاح زندان قصر با حضور رضاشاه را این‌چنین گزارش کرد:
امروز از طرف اداره‌ی محترم تشکیلات نظمیه‌ی مملکتی به مناسبت تشریف‌فرمایی اعلیحضرت همایونی و افتتاح رسمی محبس جدید قصر قاجار که ساختمان آن اخیرا به‌کلی خاتمه پذیرفته است دعوتی از آقایان وزرا، معاونین، وزراتخانه‌ها و نمایندگان مجلس شورای ملی به عمل آمده بود.
دو ساعت بعدازظهر آقایان مدعوین متدرجا [به‌تدریج] در عمارت قصر قاجار حضور یافته در جایگاه مخصوصی که قبلا تهیه گردیده بود قرار گرفتند.
اعلیحضرت همایونی در ساعت سه بعدازظهر در عمارت قصر قاجار تشریف‌فرما گردیده و پس از اندکی توقف مشغول بازدید قسمت‌های مختلفه‌ی محبس‌ها گردیدند.
در هر قسمت توضیحات کافی داده می‌شد. طرز ساختمان عمارت که از روی بهترین محبس مدنی دنیا بنا گردیده و از هر جهت موافق اصول حفظ‌الصحه و قواعد علمی ساختمان شده مورد توجه خاص اعلیحضرت همایونی واقع گردید.
محبس جدید قصر قاجار گنجایش ۸۰۰ نفر محبوس را دارد و دارای باغ برای تفریح محبوسین، حمام، مریض‌خانه‌ی عمومی و مریض‌خانه‌ی مخصوص امراض مسریه و سایر لوازم دیگر می‌باشد.
محبس قصر قاجار دارای ۱۹۲ اتاق برای محبوسین است که ۹۶ اتاق آن پنج‌نفری و بقیه یک‌نفری است. به علاوه در قسمت مریض‌خانه شش اتاق شش‌نفری و شش اتاق یک‌نفری برای محبوسین مریض ساخته شده است. محبوسین محبس قصر قاجار هر یک به فراخور حال خود به عملیات یدی از قبیل قالی‌بافی و غیره گمارده خواهند شد و برای این منظور یک کارخانه‌ی بزرگی که دارای قسمت‌های متعدد است در آن‌جا ساخته شده است.
برای نسوان و برای اطفال نیز محابس مخصوصی در آتیه ساخته خواهد شد که نقشه‌ی آن مورد تصویب واقع گردیده است.
آن‌گونه که شایع است ماجرای سرتیپ درگاهی و زندان قصر بیش‌تر شبیه ماجرای درزی باشد که در کوزه افتاد، چراکه دو روز پس از افتتاح زندان قصر خودش دستگیر و ظاهرا به همین زندانی افتاد که به دست خودش بنا کرده بود. عصر چهارشنبه ۱۳ آذر ۱۳۰۸ روزنامه‌ی اطلاعات خبر توقیف او را در صفحه‌ی دوم به این شرح منتشر کرد:
«به طوری که اطلاع حاصل شده آقای سرتیپ محمدخان درگاهی رئیس سابق تشکیلات نظمیه و آقای منشی‌باشی معاون آن اداره و آقای برهان رئیس یکی از شعب تامینات و احتشام عضو اداره‌ی نظمیه در اداره [یک واژه ناخوانا] قشون توقیف گردیده‌اند.»
حسن مرسلوند در کتاب «شرح زندگی رجال معاصر ایران» چندین عامل را در توقیف درگاهی دخیل دانسته که به اختصار به آن می‌پردازیم. از جمله این‌که گفته می‌شد نحوه‌ی برخورد درگاهی در مراسم افتتاح زندان قصر بی‌ربط با توقیفش نبود؛ چراکه او در این مراسم به شوخی به چند نفر از رجال گفته بود: «جای خوب و مناسبی را تهیه دیدم» و یا «این‌جا خوابگاه ابدی شماست.» تیمورتاش وزیر دربار و داور وزیر عدلیه این شوخی را تهدید تلقی، به شاه شکایت کردند و پس از چند روز درگاهی از ریاست نظمیه برکنار شد.
عامل دیگری را که در علت توقیف وی برشمرده این است که تیمورتاش شاه را متوجه کرده که در هیچ جای دنیا شاه را برای افتتاح زندان دعوت نمی‌کنند.
علت دیگر فرار دوست‌محمدخان بلوچی از خوانین و متنفذین بود که مورد عفو شاه قرار گرفته بود به شرطی که زیر نظر نظمیه باشد و از تهران خارج نشود، اما او مامور مراقب خود را کشت و فرار کرد.
و عامل آخری که سلیمان بهبودی رئیس دفتر شاهنشاهی در خاطراتش روایت کرده از این قرار است: «مدتی بود، دستور فرموده بودند، در زمین‌های جنوب قصر قجر برای زندانیان محلی مناسب بسازند. چون زندان قبلی از نظر بهداشت وضع بدی داشت، پس از مدتی که از هر جهت آماده شد، روزی معین کردند. در موقع بازدید، اعلیحضرت همایونی ایراداتی از طرز ساخت و تهیه لوازمات گرفته بودند که سرتیپ درگاهی در چنین موقعیتی انتظار نداشتند که مورد بازخواست واقع شود.
این موضوع را اعلیحضرت همایونی استنباط کردند و روز بعد به بنده گفتند، تحقیق کن درگاهی در نظمیه آمده یا نه؟ معلوم شد، آن روز ایشان نه در منزل بود و نه در اداره‌ی نظمیه، گویا چون از موضوع بازخواست ناراضی بوده، تمارض کرده است. به هر حال سرلشکر کوپال مامور تحویل شهربانی شد و خود درگاهی نزدیک بود، اولین زندانی زندان خویش باشد و مدت‌ها در منزل بی‌کار ماند تا آن‌که اداره آمار و ثبت احوال را تحویل گرفت.»
چنان‌چه روایت بهبودی را استناد قرار دهیم درگاهی اصلا به زندان نیفتاده و تنها خانه‌نشین شده است.
اما در اردیبهشت سال ۱۳۰۸ یعنی حدود هفت ماه پیش از افتتاح زندان قصر رخدادی به وقوع پیوست که بی‌ربط با زندان قصر نبود و آن اعتصاب بزرگ کارگران صنعت نفت آبادان و دستگیری سرکردگان آن یعنی یوسف افتخاری (اردبیلی) و رحیم همداد و اعزام آن‌ها به تهران بود. آن دو که جزو هسته‌ی اولیه‌ی فرقه‌ی اشتراکی در ایران بودند نخستین زندانیان قصر به شمار می‌آمدند. یوسف افتخاری در خاطرات خود با عنوان «خاطرات دوران سپری شده» در این باره این‌طور روایت می‌کند:
«اولین زندانی‌های سیاسی که به زندان قصر وارد شدند من و رحیم بودیم. یک کریدور با حیاطش در اختیار ما گذاشته بودند، اتاق‌های آن هم همه تخت‌خواب داشت و دوتخته بودند. من و رحیم گفتیم ما دوتایی در یک اتاق می‌خوابیم. دل‌مان می‌خواست که یک کسی را بیاورند که اقلاً با او صحبت کنیم. نه روزنامه می‌گذاشتند به زندان بیاید، نه کتابی و نه قلمی و نه هیچ چیز دیگر. بلند می‌شدیم یک خرده راه می‌رفتیم. خسته می‌شدیم، می‌آمدیم روی تخت دراز می‌کشیدیم. تختش هم خوب و رخت‌خوابش هم تمیز بود. روی هم رفته بد نبود، تمدنی از ظاهرش پیدا بود [...] در قصر از هر لحاظ راحت بودیم. اولاً هنوز زندانی زیاد نیامده بود، یک حیاط مشجر بزرگی در اختیار ما بود، خودمان باغبانی و درخت‌کاری می‌کردیم. وقتی که وارد شدیم پشه زیاد بود و پشه‌ها را رد کردیم.»
در مورد این‌که آیا نخستین زندانیان قصر یوسف و رحیم بوده‌اند یا سرتیپ درگاهی، بنا بر روایت افتخاری به نظر می‌رسد که خود این‌ها زندانیان نخستین قصر بوده‌اند. چون یوسف افتخاری و رحیم را پس از این‌که به تهران می‌آورند چند روزی در زندان شماره ۲ [موزه عبرت کنونی] در میدان توپخانه به حبس مجرد می‌اندازند و بعد به قصر منقل می‌کنند. یوسف می‌گوید: «بعد از چند روز ما را به زندان قصر بردند که تازه افتتاح شده بود.» او هیچ نامی از درگاهی در قصر نمی‌آورد. حتی وقتی در مورد زندانی‌های بعدی که پس از خودش و رحیم همداد به زندان آوردند روایت می‌کند:
«اولین زندانی‌هایی که آوردند آقای احمدخان همایون، سرهنگ نصرالله‌خان کلهر، ساموئل حییم نماینده‌ی کلیمی‌ها و مشکین‌قلم بودند [...] متهم بودند که علیه جان شاه توطئه کرده‌اند [...]. به‌تدریج هم زندانی زیاد می‌شد، بیش‌تر از عشایر می‌آمدند. غالباً رؤسای‌شان را پیش ما و خودشان را به کریدورهای بزرگ می‌سپاردند. با آمدن عده‌ی کثیری از عشایر و اصولاً هرکس که محکوم می‌شد مانند دزدها و سارقین و آدم‌کش‌ها، تعداد زندانی‌ها زیاد شد و تیفوس بیداد می‌کرد. حتی رفیق من همداد هم تیفوس گرفت.» (یوسف افتخاری، ۷۴-۷۲)
زندان قصر که چند سالی است به باغ‌موزه تبدیل شده، در خیابان پلیس قرار دارد.
