در روز ۱۹ آبان سال ۱۳۳۳، فاطمی را درحالی‌که آثار بیماری و ضرب‌وشتم در او نمایان بود، کشان‌کشان تا پای جوخه اعدام بردند. بعد‌ها روایت شد که او هنگام اعدام فریاد زده بود: «بسم الله الرحمن الرحیم؛ پاینده ایران، زنده باد دکتر مصدق» و بعد صدای رگبار گلوله در میدان تیر لشکر دو زرهی تهران پیچید.
۱۹ آبان ۱۳۳۳ سیدحسین فاطمی، مدیر روزنامه باختر امروز و وزیر امور خارجه دولت دکتر مصدق، بعد از ماه‌ها بازداشت، تیرباران شد.
حسین فاطمی در دوران جوانی به فرانسه رفت و پس از کسب دکترای حقوق سیاسی با تز «وضعیت کار در ایران» از دانشگاه پاریس و اخذ دیپلم روزنامه‌نگاری از مدرسه «هوت اهود انترناسیونال» در شهریور سال ۱۳۲۷ به ایران بازگشت. فاطمی در زمان اقامت خود در پاریس با برخی نشریات فارسی چاپ ایران از‌جمله «ستاره» و «مرد امروز» همکاری داشت و مقالا‌ت خود را ازطریق پست ارسال می‌کرد.
یکی از وقایع این دوران که فاطمی را به‌شدت متأثر کرد، ترور دوستش محمد مسعود، مدیر روزنامه مرد امروز در سال ۱۳۲۶ و در خیابان اکباتان تهران بود. بعد‌ها گفته شد که حزب توده پس از درج مطلب محمد مسعود علیه اشرف، خواهر شاه، درباره خرید پالتوی پوستی گران‌قیمت، به ترور مسعود دست زد تا افکار عمومی خانواده سلطنتی را عامل ترور بدانند. محمد مسعود از روزنامه‌نگاران رادیکالی بود که در زمان نخست‌وزیری احمد قوام‌السلطنه در روزنامه‌اش نوشت: «برای خدمت به مملکت و جامعه تعهد می‌دهد یک میلیون ریال به ضارب یا ورثه کسی بپردازد که قوام‌السلطنه را در زمان زمامداری یعنی قبل از سقوط کابینه معدوم کند».
فاطمی در یکی از مقالا‌ت ارسالی خود از پاریس نوشته بود: «اوضاع ایران، بسیار بر یأس و ناامیدی من می‌افزاید، زیرا این زمامداران ما اصلا دنیا را نمی‌بینند و حتی اخبار یومیه را هم نمی‌خوانند. حساب این‌ها صددرصد غلط است و اطمینان دارم که تمام اعمال و حرکاتشان ضدملت و مملکت است».
انتشار باختر امروز
فاطمی بلافاصله بعد از بازگشت به ایران با همراهی نصرالله شیفته و روزنامه‌نگاران جوان آن دوران شامل محیط‌طباطبایی، جلال نائینی، ذبیح‌الله منصوری و چند نفر دیگر به یاد «مرد امروز» محمد مسعود در تاریخ هشتم مرداد ۱۳۲۸ «باختر امروز» را به چاپ رساند. عمر باختر امروز در دوره اول چندان نبود؛ چراکه درپی انتقادات شدید دکتر فاطمی به دولت ساعد برای جلوگیری از تصویب قرارداد «گس- گلشاییان» در آخرین روز‌های مجلس پانزدهم، باختر امروز در چهارمین شماره توقیف شد. با نزدیک‌شدن به انتخابات دوره شانزدهم و امکان تقلب در انتخابات در تاریخ ۲۲ مهر ۱۳۲۸ تعدادی از روزنامه‌نگاران مخالف دولت و شماری از سران حزب ایران به رهبری مصدق در دربار متحصن شدند. هرچند این تحصن به سرانجامی نرسید، ولی اساس تأسیس جبهه ملی را فراهم کرد و باختر امروز تبدیل به محلی شد برای درج افکار و عقاید این طیف سیاسی. جبهه ملی با تشکیل مجلس شانزدهم تعدادی از نمایندگان خود را وارد مجلس کرد و دکتر فاطمی توانست به‌عنوان نماینده مردم راهی پارلمان شود.
معاونت پارلمانی و سخنگویی دولت
چندی پس از تصویب قانون ملی‌شدن صنعت نفت در مجلسین، محمد مصدق به نخست‌وزیری رسید. در اردیبهشت ۱۳۳۰ در جریان معرفی کابینه، دکتر فاطمی از سوی مصدق به سمت معاونت پارلمانی و سخنگوی دولت منصوب شد و هرچند فاطمی به دولت پیوست، اما همان روز در جمع همکاران خود در باختر امروز حاضر شد و از آنان خواست به روش گذشته خود که مبتنی بر انتقاد از سیاست‌های دولت و نقد عملکرد وکلا و سناتور‌ها بود، ادامه دهند.
ترور در گورستان ظهیرالدوله
در بهمن ۱۳۳۰ انتخابات مجلس هفدهم برگزار شد و دکتر فاطمی بار دیگر به‌عنوان نماینده مردم تهران انتخاب شد، اما عصر روز ۲۵ بهمن ۱۳۳۰ درحالی‌که در چهارمین سالگرد ترور محمد مسعود در گورستان ظهیرالدوله شمیران پشت تریبون قرار گرفته بود و می‌گفت: «گلوله‌ای که مغز مسعود را پریشان کرد ایران را تکان داد»، مورد اصابت گلوله نوجوان ۱۵ساله‌ای به نام محمدمهدی عبدخدایی از اعضای جمعیت فداییان اسلام قرار گرفت و به بیمارستان منتقل شد. فاطمی که در این سوءقصد به شدت مضروب شده بود، اعتبارنامه مجلس هفدهم را در فروردین سال ۱۳۳۱ در بیمارستان دریافت کرد. او پس از بهبودی نسبی در ۱۹ خرداد سال ۱۳۳۱ به همراه هیئت ایرانی دفاع از حقوق ایران در مجادله حقوقی با بریتانیا عازم لاهه و از همان‌جا برای معالجه عازم آلمان شد و تا مهرماه همان سال از صحنه سیاست کشور دور ماند.
استعفای حسین نواب و آغاز وزارت فاطمی
پس از قیام ۳۰ تیر و درگیری شدید شاه و مصدق به مرور چنددستگی و شکاف در میان هواداران مصدق نمایان شد. پس از تصمیم مصدق مبنی بر قطع رابطه با دولت انگلستان، حسین نواب، وزیر امور خارجه مصدق، از این تصمیم خودداری کرد و استعفا داد. فاطمی که به‌تازگی به ایران بازگشته بود، از سوی مصدق به سمت وزیر امور خارجه منصوب شد. او بلافاصله پس از انتصاب به این سمت در تاریخ ۱۹ مهر ۱۳۳۱، سفارتخانه انگلیس را تعطیل کرد و روابط دیپلماتیک با این کشور را به حالت تعلیق درآورد. او موفق شد در طول ۹ ماه دوره وزارت خود، دخالت‌های دربار در روابط خارجی ایران را کاهش دهد و ۸۵ نفر از کارمندان وزارت امور خارجه را که متعلق به خانواده‌های اشراف قدیم بودند، اخراج کند. در دوران فاطمی همچنین اساسنامه جدیدی برای وزارت امور خارجه نوشته شد و با راه‌اندازی کنفرانس‌های منطقه‌ای با حضور سفیران ایران در سایر کشور‌ها به‌منظور ارزیابی سیاست خارجی و موقعیت جهانی ایران، تحولی بزرگ در جهت‌گیری‌های دیپلماتیک کشور صورت گرفت.
درخواست مجازات صحرایی برای کودتاچیان
در شرایطی که دولت مصدق آرام‌آرام با فراغت از درگیری‌های خارجی، می‌توانست به حل مشکلات کشور بپردازد، در نیمه‌شب ۲۴ مرداد ۱۳۳۲ یگان ویژه گارد سلطنتی بر اساس نقشه کودتا، پس از محاصره منزل فاطمی، وزیر خارجه، او را بازداشت و به کاخ سعدآباد منتقل کرد و به همراه تعداد دیگری از اعضای کابینه مصدق تحت نظر قرار داد؛ اما سرهنگ نعمت‌الله نصیری، رئیس گارد شاهنشاهی و مأمور ابلاغ فرمان عزل مصدق، دستگیر و کودتا خنثی شد. شاه و همسرش که در کلاردشت منتظر نتیجه کودتا بودند، به عراق فرار کردند. صبح روز ۲۵ مرداد با اعلام خنثی‌شدن توطئه، اعضای دولت و سران جبهه ملی با نخست‌وزیر تشکیل جلسه دادند و فاطمی در این جلسه خواهان تشکیل دادگاه صحرایی و مجازات کودتاچیان شد؛ موضوعی که با مخالفت مصدق مواجه شد.
مصدق بعد از حادثه ۳۰ تیر ۱۳۳۱ در مرداد همان سال در متنی که در پشت قرآن نوشت، به شاه اطمینان داده بود: «دشمن قرآن باشم اگر بخواهم برخلاف قانون اساسی عمل کنم و همچنین اگر قانون اساسی را نقض کنند و رژیم مملکت را تغییر دهند، من ریاست‌جمهوری را قبول کنم».
با این سوگند که طبق آن مصدق خود را وفادار به قانون اساسی می‌دانست، پس از خروج شاه از کشور جایی برای اعلام جمهوری در افکار او باقی نمی‌ماند؛ اما فاطمی در سرمقاله باختر امروز با مقایسه عملیات افسران آزاد مصر با عملیات خنثی‌سازی کودتا، خواهان پایان ۱۲ سال حکومت سلطه شد و اشتیاق خود را برای اعلام جمهوری نشان داد.
کودتای ۲۸ مرداد و دستگیری فاطمی
آرزوی اعلام جمهوری کوتاه‌زمانی بعد نقش بر آب شد؛ زمانی که کودتای مجدد مخالفان دولت در ۲۸مرداد ۳۲ موجبات سقوط دولت مصدق و بازگشت شاه را فراهم آورد. بعد از این واقعه فاطمی نیز مانند سایر سران جبهه ملی مخفی شد؛ چراکه با توجه به رویه‌ای که فاطمی در دوران مصدق مبتنی بر تلاش برای برکناری پادشاه و اعلام جمهوری در پیش گرفته بود، در صدر فهرست افراد تحت تعقیب قرار گرفت. اختفای حسین فاطمی حدود هشت ماه به طول انجامید؛ اما سرانجام عوامل دولت کودتا، او را بازداشت کردند.
روزنامه اطلاعات عصر آن روز در خبری ذیل تیتر «دکتر فاطمی امروز در یکی از خانه‌های تجریش دستگیر شد»، نوشت: «به طوری‌که شنیده شد سروان جلیلوند به وسیله یک زنی به نام فاطمه که چادر به سر داشته اطلاع پیدا می‌کنند که دکتر حسین فاطمی در یکی از خانه‌های واقع در امامزاده قاسم شمیران مخفی شده است. افسر مزبور ساعت سه صبح امروز به فرمانداری مراجعه کرده، به اتفاق سرگرد علی‌اکبر مولوی و چند نفر مأمور به شمیران می‌رود، دکتر فاطمی را دستگیر می‌کند».
فردای آن روز اطلاعات از حمله به فاطمی در جریان انتقالش به زندان قصر خبر داد. اطلاعات نوشت: «بعدازظهر دیروز هنگامی که بازپرسی مقدماتی از دکتر فاطمی در اتاق کار فرماندار نظامی پایان یافت و نامبرده به وسیله مأمورین انتظامی برای توقف به زندان قصر انتقال داده می‌شد ناگهان از میان ازدحام جمعیت، نا‌شناسی به طرف وی حمله کرد و در نتیجه فاطمی به سه ضربه کارد مجروح و در بیمارستان بستری شد. دکتر فاطمی به‌جای زندان به بیمارستان شهربانی منتقل و بلافاصله به وسیله عمل جراحی از خونریزی جراحات او جلوگیری شد.
وضع مزاجی دکتر فاطمی رضایت‌بخش است و اکنون در زندان پادگان قصر به سر می‌برد». اطلاعات یک روز بعد بار دیگر در خبری از وخامت حال فاطمی نوشت: «بر اثر حوادثی که پریروز بر دکتر فاطمی گذشت بیماری سابق وی تشدید شد و از بعدازظهر دیروز مقداری خون استفراغ کرد و به این ترتیب وضع مزاجی دکتر فاطمی وخیم شد و به دستور دادستان ارتش به بیمارستان ارتش منتقل شد. در جلسه مشاوره طبی که بر بالین دکتر فاطمی تشکیل شد چندین نظر داده شد که ناراحتی دکتر فاطمی مربوط به بیماری قبلی اوست».
آخرین جملات فاطمی: بسم‌الله الرحمن الرحیم؛ پاینده ایران، زنده باد دکتر مصدق
فاطمی با همین شرایط بیماری حدود یک سال در زندان ماند تا اینکه در مهرماه ۱۳۳۳ محاکمه او به همراه دو چهره دیگر ملی یعنی دکتر شایگان و مهندس رضوی آغاز شد. فاطمی در جریان دادگاه در پاسخ به اتهامات گفت: «من دیگر در این لحظات در مقام تظاهر و عوام‌فریبی نیستم و به مرگ خود یقین دارم و آنچه می‌گویم از روی حقیقت است. ما از نهضتی به پیشوایی دکتر مصدق حمایت کردیم که هیچ قصد و غرضی جز عزت و استقلال مملکت نداشت. من برای آن کشته می‌شوم که اولین اقدامم در وزارت بستن سفارتخانه و قطع رابطه با انگلستان بود. هیچ مأیوس نیستم، از هر قطره خون من هزاران نهال می‌روید و با تأیید خداوند قهار، انتقام این ملت ستمدیده را از استعمار ناپاک می‌گیرد».
۱۹ مهرماه ۱۳۳۳ و درپی برگزاری ۱۰ جلسه دادگاه، روزنامه اطلاعات از صدور حکم اعدام برای او خبر داد: «دادگاه عادی شماره یک دادرسی ارتش به ریاست تیمسار سرتیپ قطبی و کارمندی آقایان سرهنگ قهرمانی، سرهنگ تفقدی، سرهنگ شیبانی، سرهنگ لشکری و سرهنگ گلشنی و دادستانی آقای سرهنگ فخر‌مدرسی پس از ۱۰ جلسه رسیدگی و استماع مدافعان غیرنظامیان حسین فاطمی، مهندس رضوی و دکتر شایگان و وکلای مدافع آن‌ها همچنین آخرین دفاع متهمین سرانجام در ساعت سه و ۴۵ دقیقه بعدازظهر روز یکشنبه هجدهم مهرماه ختم دادرسی را اعلام کرد و دادگاه برای صدور رأی وارد شور شد.
دادگاه پس از بررسی مدافعان متهمین و وکلای مدافع آن‌ها سرانجام ماده استنادی دادستان ارتش را علیه متهمان مورد تأیید قرار داد و به اتفاق آرا حسین فاطمی را به اعدام محکوم و در مورد غیرنظامی دکتر شایگان، چون متهم در جریان دادرسی مکررا نسبت به اعمال ناشی از خود اظهار تأسف کرده و خود را از‌جمله کسانی دانسته است که به‌کرات مورد تفقد و عنایات شاهنشاه فقید و اعلیحضرت همایونی قرار گرفته، دادگاه به اتفاق آرا با توجه به سوابق فرهنگی وی، او را مستحق یک درجه تخفیف دانسته و او را به حبس ابد محکوم می‌کند.
در مورد مهندس رضوی نظر به اینکه متهم به‌کرات از اعمال ناشی از خود شفا‌ها «و کتبا» اظهار تأسف کرده و اعمال خود را معلول وقایع روز دانسته و خود را از فداییان و خدمتگزاران شاهنشاه و مملکت معرفی کرده، دادگاه با اجازه ماده ۴۴ قانون مجازات عمومی نامبرده را نیز مستحق یک درجه تخفیف دانسته و او را حبس ابد محکوم می‌کند».
احکام این سه نفر درپی فرجام‌خواهی به دادگاه تجدیدنظر رفت. در دادگاه تجدیدنظر هرچند احکام حبس ابد دکتر شایگان و مهندس رضوی به ۱۰ سال حبس کاهش یافت، اما حکم دکتر فاطمی عینا تأیید و تصمیم دولت کودتا برای اعدام وی قطعیت یافت. چند روز بعد، یعنی در روز ۱۹ آبان سال ۱۳۳۳، فاطمی را درحالی‌که آثار بیماری و ضرب‌وشتم در او نمایان بود، کشان‌کشان تا پای جوخه اعدام بردند. بعد‌ها روایت شد که او هنگام اعدام فریاد زده بود: «بسم الله الرحمن الرحیم؛ پاینده ایران، زنده باد دکتر مصدق» و بعد صدای رگبار گلوله در میدان تیر لشکر دو زرهی تهران پیچید.
روزنامه اطلاعات، عصر آن روز نوشت: «سپیده‌دم امروز دکتر حسین فاطمی که در دادگاه بدوی و تجدیدنظر به اعدام محکوم شده بود در میدان تیر لشکر دو زرهی تیرباران شد و ساعت هفت صبح امروز این خبر از رادیو تهران انتشار یافت و بلافاصله اطلاعیه دادستان ارتش به این شرح منتشر شد: دکتر فاطمی که در اثر قیام ملی ۲۸ مرداد ۳۲ فراری و در پناه اشرار توده‌ای قرار گرفت و پس از دستگیری و تعقیب و تسلیم به دادگاه به موجب احکام صادره در دادگاه عادی و دادگاه تجدیدنظر اعمالش به منظور به‌هم‌زدن اساس حکومت تشخیص و محکوم به اعدام شد با انجام تشریفات قانونی ساعت شش صبح امروز تیرباران شد». پیکر دکتر فاطمی پس از اعدام در ابن‌بابویه شهر‌ری و در جوار شهدای ۳۰ تیر به خاک سپرده شد.
