فرشید باقری که در لیگ شانزدهم به استقلال پیوست، نتوانست تا پایان لیگ بیستم این تیم را همراهی کند تا با سه و نیم فصل حضور و ۸۱ بازی با پیراهن شماره ۱۴ استقلال، در نیم فصل دوم جمع آبی پوشان را ترک کند. باقری در حالی از این تیم جدا شد که با حجم گسترده‌ای از انتقادات هواداران این تیم مواجه بود.
باقری در این فصل سرنوشت عجیبی داشت و در حالی که دو بار هم بازوبند کاپیتانی آبی پوشان را بر بازو بست و یک بار هم برای این تیم گلزنی کرد، سرانجام ترجیح داد از استقلال جدا شود. هافبک میانی آبی پوشان در این فصل ۹ بار برای تیمش به میدان رفت که از این ۹ بار فرصت حضور، تنها در ۳ بازی مقابل فولاد و صنعت نفت در نیم فصل اول و مس رفسنجان در نیم فصل دوم در ترکیب ثابت قرار داشت. وی در ثانیه‌های پایانی دیدار مقابل فولاد از زمین خارج شد تا تنها در ۲ بازی فرصت یک بازی کامل را داشته باشد.
این هافبک میانی در ۶ بازی مقابل پیکان، شهرخودرو، ذوب آهن، گل گهر، آلومینیوم، و فولاد (نیم فصل دوم) به عنوان بازیکن جانشین به میدان رفت و در مجموع نیز ۴۱۸ دقیقه فرصت حضور در میدان را پیدا کرد. باقری در این ۴۱۸ دقیقه در یک بازی مقابل مس رفسنجان موفق به گلزنی شد و یک بار هم با کارت زرد داوران جریمه شد. وی در جدول دقایق حضور بازیکنان استقلال تا پایان هفته هجدهم با ۴۱۸ دقیقه بازی در جایگاه هجدهم قرار می‌گیرد و در بین بازیکنانی که بازی کرده‌اند، تنها بابک مرادی، حسین حسینی، سبحان خاقانی، متین کریم زاده، فردین رابط، محمد حسین فلاح، سجاد آقایی و سینا خادم پور دقایق کمتری از او به میدان رفته‌اند.
باقری در جمع این ۳ و نیم فصلی که در استقلال حضور داشت، در مجموع لیگ برتر، جام حذفی و لیگ قهرمانان آسیا ۸۱ بار با پیراهن استقلال به عنوان بازیکن فیکس و ذخیره به میدان رفت و ۶ بار هم موفق به گلزنی شد. وی در این مدت با علیرضا منصوریان، وینفرد شفر، آندره استراماچونی، محمود فکری و فرهاد مجیدی به عنوان مربی کار کرده است. در حالی که پست سازمانی این بازیکن هافبک دفاعی است، اما در چند نوبت نیز به دلیل کمبود بازیکن در پست مدافع میانی برای آبی پوشان به میدان رفت.
این هافبک ۲۸ ساله مثل اغلب بازیکنان جدا شده از استقلال، راهی گل گهر سیرجان شد تا زیر نظر امیر قلعه نویی کار کند. گل گهر بعد از صبا قم و استقلال، سومین تیم لیگ برتری است که این بازیکن کرمانی در آن حضور خواهد داشت.
