ملامحمد عمر در سال ۱۹۹۴، گروه طالبان را بنیان گذاشت و تا انتشار خبر درگذشتش، از او به عنوان رهبر رسمی این گروه یاد می‌شد.
طالبان در مراسمی که برای بزرگداشت نهمین سالگرد مرگ بنیانگذارش در کابل برگزار کرد، گفت که مرگ او بر اثر ابتلا به بیماری "سل" بوده است.
به گزارش بی بی سی، در سال ۲۰۱۵ میلادی، دولت پیشین افغانستان، اعلام کرد که ملامحمد عمر، دو سال پیش‌تر، در سال ۲۰۱۳، به علت بیماری در گذشته است.
این به معنای آن بود که مرگ مرموز ملاعمر دو سال پنهان مانده بود.
سخنگوی طالبان چند سال بعد، تاریخ مرگ او را روز ۴ اردیبهشت/ثور برابر با ۲۳ آوریل/آپریل اعلام کرد. امروز سخنگوی این گروه، بعد از ۹ سال گفت که ملاعمر در اثر ابتلا به "سل" درگذشته است.
در حالی که دولت پیشین افغانستان گفته بود که ملامحمد عمر در دو سال آخر زندگی در پاکستان بوده و همان‌جا در بیمارستانی در شهر کراچی در جنوب پاکستان "به شکل مرموزی" درگذشته؛ طالبان اما همواره تاکید کرده است که او همیشه در داخل افغانستان بود.
محل دقیق درگذشت ملاعمر اهمیت زیادی دارد. دولت پیشین افغانستان همواره تاکید می‌کرد که درگذشت ملاعمر در پاکستان نشان‌دهنده وابستگی این گروه به پاکستان است؛ "وابستگی"ای که مقامات طالبان آن را قبول ندارند. اگرچه براساس بسیاری از گزارش‌ها رهبران و فرماندهان این گروه در چند دهه گذشته در پاکستان بوده‌اند.
بعد از تایید خبر مرگ ملاعمر، اختر محمد منصور، به عنوان رهبر جدید اعلام شد. منصور، از فرماندهان برجسته طالبان و نزدیک به ملاعمر بود. ۱۰ ماه بعد از اینکه او رسما رهبری را برعهده گرفت، زمانی که به گفته پاکستانی‌ها از سفرش به ایران به پاکستان برمی‌گشت، یک هواپیمای بدون سرنشین ( پهپاد) در خاک پاکستان او را هدف قرار داد و کشت.
چند سال بعد از مرگ اختر منصور، آژانس تحقیقات فدرال پاکستان ( FIA) ادعا کرد که او در پاکستان سرگرم "خرید و فروش زمین و خانه بوده است."
در پی مرگ ملاعمر، تغییرات گسترده‌ای در ساختار گروه طالبان پدیدار شد. تنش‌های داخلی بالا گرفت و بعد از اعلام رهبری جدید، گروهی از بدنه اصلی در مخالفت با اختر محمد منصور، منشعب شدند.
چندین ماه بعد از مرگ اختر محمد منصور، هبت‌الله آخوندزاده، به عنوان رهبر گروه طالبان اعلام شد. به گفته ناظران او تا حدی توانسته طالبان را منسجم بسازد. در آغاز رهبری او، شبکه حقانی به ساختار طالبان پیوست و فرمانده این شبکه رسما به عنوان معاون رهبر طالبان منصوب شد.
شبکه حقانی اگرچه به گفته تحلیلگران همواره ارتباطی ویژه و تنگاتنگ با طالبان داشته است، در موارد بسیاری کاملا مستقل عمل می‌کرد و دستکم تا زمان رهبری آخوندزاده، رسما از آن به عنوان معاونت رهبری طالبان یاد نمی‌شد. این اقدام در تئوری و عمل باعث شد تا حقانی‌ها رسما وارد بدنه گروه طالبان بشوند و آهسته‌آهسته، به هسته اصلی قدرت گروه تبدیل شود.
طالبان در نهایت در نیمه اوت/آگوست سال گذشته میلادی وارد کابل شد و اختیار همه چیز را بدست گرفت.
بعد از تسخیر قدرت، محمد یعقوب پسر ملا عمر، وزیر دفاع دولت طالبان اعلام شد. عبدالمنان، برادر بزرگ ملاعمر، وزیر فوائد عامه و سراج‌الدین حقانی هم وزیر داخله/کشور شد.
ملامحمد عمر در سال ۱۹۹۴، گروه طالبان را بنیان گذاشت و تا انتشار خبر درگذشتش، از او به عنوان رهبر رسمی این گروه یاد می‌شد.
ملاعمر در سال ۱۹۹۶، توانست با تسخیر کابل یکی از بنیادگرایانه‌ترین حکومت‌های اخیر را در افغانستان به روی کار بیاورد.
زنان، در پنج سال سلطه طالبان، اجازه تعلیم، تحصیل و کار نداشتند؛ محاکمه‌های صحرایی به طور عادی انجام می‌شد؛ موسیقی و تلویزیون ممنوع بود و اداره "امر به معروف و نهی از منکر" آزادی‌های اساسی را از مردم گرفت. دولت طالبان توان ارائه هیچ‌گونه خدمات عمومی، مثل صحت و آموزش را نداشت. تحت نظر حکومت طالبان، مجسمه‌های بودا در ولایت بامیان، یکی از ثروت‌های معنوی افغانستان هم نابود شد.
بعد از برچیدن رژیم طالبان بدست نیروهای ائتلاف بین‌المللی به رهبری آمریکا در سال ۲۰۰۱ میلادی، رهبر طالبان پنهان شد. آمریکا ۱۰ میلیون دلار برای پیدا کردن یا کشتن او تعیین کرد. ولی ملاعمر هیچ گاه دیده نشد.
در این سال‌ها در مورد زندگی ملا محمد عمر جزئیاتی منتشر نشده بود. اما در اوایل سال ۲۰۱۵، و چند ماه پیش از روشن شدن مرگ ملاعمر، سخنگوی این گروه، زندگی‌نامه ملا عمر را در ایمیلی به پنج زبان به رسانه‌ها داد.
بر اساس این زندگی‌نامه، ملا عمر سال ۱۳۳۹ هجری شمسی (۱۹۶۰ میلادی) در جنوب افغانستان و در روستایی به نام "چاه همت" در ولسوالی خاکریز ولایت قندهار به دنیا آمده است. او از قوم "تومزی" و از قبائل اصلی پشتون به نام "هوتک" است.
ملاعمر هیچ‌گاه در انظار عمومی دیده نمی‌شد. هر سال پیام‌های منسوب به او در مناسبت‌های دینی مثل عیدها از طرف طالبان منتشر می‌شد.
جزئیات بیشتری در باره زندگی خصوصی، همسر و شمار فرزندان ملا عمر منتشر نشده است.
