نام قاضی مرتضوی که تا شهریور ۸۸ دادستان عمومی و انقلاب تهران و تا سال ۸۹ نیز معاون دادستان کل کشور بود، در جریان گزارش کمیته حقیقت‌یاب مجلس مطرح شد. مرتضوی در جلسه پنج مرداد این کمیته می‌گوید: «هم اینک حدود ۳۹۰ نفر بازداشت هستند که از این تعداد حدود ۲۵۰ نفر بازداشتی‌های میدانی صحنه اغتشاشات و ۵۰ نفر بازداشیت‌های غیرمیدانی هستند. از وی در خصوص کشته شدن سه تن از افراد بازداشت شده آقایان روح‌الامینی، کامرانی و جوادی فر پرسیده شد. وی دلیل این مساله را بنا بر بررسی‌های انجام شده از سوی پزشکی قانونی مننژیت دانست و متذکر شد که با سرعت در بازداشتگاه‌ها عملیات واکسیناسیون مننژیت در حال انجام می‌باشد.»
فرارو – محسن صالحی‌خواه؛ سعید مرتضوی یکی از جنجالی‌ترین چهره‌های قضایی کشور در حدود سه دهه گذشته است. قاضی‌ای که نامش با پرونده‌های مختلف از توقیف مطبوعات تا بازداشتگاه کهریزک گره خورده است و در انتهای دولت احمدی‌نژاد رئیس سازمان تامین اجتماعی شد و در نهایت گذرش به زندان افتاد.
به گزارش فرارو، بخشی از صحبت‌های عباس پالیزدار با یک پایگاه خبری که طی دو روز گذشته سروصدای زیادی به پا کرد، به سعید مرتضوی مربوط می‌شود. چرا که بازداشت پالیزدار در سال ۱۳۸۷ با حکم مرتضوی به عنوان دادستان تهران و مدعی‌العموم رخ داد. پالیزدار مدعی شد: «او بارها گفت که اعدام می‌شوی. در دوران انفرادی به بند ۲۴۱ اوین می‌آمد و می‌گفت فکر می‌کنی که از اینجا زنده بیرون می‌روی. مطمئن باش خودم اعدامت می‌کنم و چهارپایه را از پایت می‌کشم». در بخش دیگری از صحبت‌هایش به پرونده مرگ زهرا کاظمی عکاس ایرانی - کانادایی اشاره می کند که با روایت وزیر وقت اطلاعات در تناقض است. مرتضوی زندگی کاری پرفراز و نشیبی داشته که صرفاً بخشی از آن را مرور می‌کنیم.
سعید مرتضوی ابتدا به عنوان قاضی دادگاه مطبوعات در دهه هفتاد نامش مطرح شد. بر اساس گزارش‌های موجود او به عنوان قاضی شعبه ۱۴۱۰ مجتمع قضایی کارکنان دولت (معروف به دادگاه مطبوعات)، دادستان عمومی و انقلاب تهران طی سال‌های ۷۸ تا ۸۸ روزنامه‌ها و نشریات متعددی از جمله اعتماد ملی، شرق، هم‌میهن، جامعه، صبح امروز، خرداد، توس، نشاط، عصر آزادگان، اخبار اقتصادی، گلستان ایران، بنیان، یاس نو، وقایع اتفاقیه، مشارکت، آزاد، نوروز، جمهوریت، آریا، بهار، نوسازی، شهروند امروز، آبان، نیم‌روز، ایران فردا، کیان، آفتاب و زن را توقیف کرد. ماجرای مربوط به توقیف فله‌ای مطبوعات که اردیبهشت ۷۹ رخ داد نیز در دل همین سال‌ها بود. «تنها در یک روز ۸ روزنامه و ۴ هفته‌نامه (عصر آزادگان، فتح، ایران فردا، آفتاب امروز، آریا، پیام آزادی، بامداد نو، گزارش روز، صبح امروز، مشارکت، آزاد و بیان) توسط قاضی مرتضوی توقیف شدند. تعداد نشریات و روزنامه‌های توقیفی در کمتر از یک هفته به ۱۸ مورد رسید.» (هم‌میهن، ۴ اردیبهشت ۱۴۰۳)
مرتضوی به عنوان قاضی یا دادستان در محاکمه برخی روزنامه‌نگاران نیز نقش داشت. برخی از این فعالان مطبوعاتی در دادگاه‌های تجدیدنظر تبرئه و برخی دیگر نیز مجرم شناخته شدند و دوره محکومیت خود را طی کردند. عباس عبدی، ماشاالله شمس‌الواعظین، اگبر گنجی، احمد زیدآبادی و عمادالدین باقی از جمله شناخته‌شده‌ترین روزنامه‌نگارانی هستند که کارشان با مرتضوی گره خورده است. یک نمونه از این احکام، مربوط به عباس عبدی است. عباس عبدی به همراه حسین قاضیان و بهروز گرانپایه در ۱۲ آبان ۱۳۸۱ به اتهام جاسوسی با حکم سعید مرتضوی بازداشت شدند. عبدی در این دادگاه به اتهام فروش اطلاعات به خارج و تبلیغ علیه نظام به ۸ سال زندان محکوم شد. دادگاه تجدید نظر این حکم را کاهش داد و در نهایت عبدی سال ۱۳۸۴ به حکم دیوان عالی کشور و در حالی که زندانی بود، از اتهام‌های همکاری با دول خارجی» و «تبلیغ علیه نظام اسلامی» تبرئه شد. ماشاالله شمس‌الواعظین نیز اولین متهم مطبوعاتی سعید مرتضوی بود.
مرگ یک عکاس و خبرنگار ایرانی – کانادایی در بازداشت پلیس، در سال ۱۳۸۲ بسیار مورد توجه قرار گرفت. زهرا کاظمی ۲ تیرماه این سال هنگام عکاسی مقابل زندان اوین توسط دادستانی بازداشت و به داخل این بازداشتگاه منتقل شد. ۱۸ روز بعد نیز درگذشت. پرونده او ابعاد پیچیده‌ای به خود گرفت و اولین بار بود که نام سعید مرتضوی را به صورت گسترده‌تری در رسانه‌ها مطرح کرد. او در بازداشت نیروی انتظامی درگذشت. گزارش پزشکی قانونی حاکی از آن بود که «اصابت جسم سخت به سر و خونریزی مغزی» (ایرنا، ۱۳۹۷) علت مرگ کاظمی بوده است. با توجه به این که کاظمی توسط سعید مرتضوی به عنوان دادستان عمومی و انقلاب تهران، کارشناس ضدجاسوسی وزارت اطلاعات و همچنین پلیس مورد بازجویی قرار گرفته بود، و تحقیقات نیز نشان می‌داد که در بازداشت نیروی انتظامی اتفاقی رخ نداده است، انگشت اتهام به این دو طرف نشانه رفت. این پرونده تاثیرات زیادی بر روابط ایران و کانادا گذاشت. سعید مرتضوی هیچ وقت در جریان این پرونده به دادگاه نرفت.
یکی از جلسات دادگاه مربوط به پرونده قتل زهرا کاظمی - ایسنا
علی یونسی وزیر وقت اطلاعات سال‌ها بعد حادثه مرگ زهرا کاظمی را این طور روایت کرد: «در پرونده زهرا کاظمی، دادستان وقت (سعید مرتضوی) اصرار داشت که وی جاسوس است. برای بررسی این موضوع ما در وزارت اطلاعات دو کارشناس ضدجاسوسی این وزارتخانه را مأمور کردیم تا در هتلی با این خانم مصاحبه کنند. این کارشناسان، پس از مصاحبه با وی، رسما اعلام کردند که به لحاظ فنی و علمی، زهرا کاظمی جاسوس نیست، اما دادستان وقت تهران یعنی آقای سعید مرتضوی بر اصرار خود باقی ماند و این پرونده را از وزارت اطلاعات تحویل گرفت و به اطلاعات نیروی انتظامی واگذار کرد.
زهرا کاظمی، گویا در فرآیند بازرسی، تحویل اشیا و انتقال به بازداشتگاه و نه در بازجویی، به‌دلیل مقاومت برای تحویل اشیای همراه خود، مورد ضرب و شتم قرار می‌گیرد و سر او به جدول خیابان اصابت می‌کند و منجر به خونریزی مغزی او می‌شود که اگر چنانچه بموقع او را به بیمارستان منتقل می‌کردند حتماً او نجات می‌یافت و همچنین اگر در این وضعیت یعنی انتقال بموقع به بیمارستان و نجاتش، در هر دادگاهی، حتی دادگاه‌های کانادا در حضور وکیل کانادایی قرار می‌گرفتیم جمهوری اسلامی محکوم شناخته نمی‌شد بلکه مأمور یا مأموران دون‌پایه به‌دلیل قصور یا تقصیر، مسئول شناخته می‌شدند.» (ایسنا، ۱۳۹۶)
ماجرای بازداشتگاه کهریزک یکی از وقایعی بود که در سال ۱۳۸۸ و در جریان وقایع پس از انتخابات دهم بسیار مورد توجه قرار گرفت. سه نفر از معترضان بازداشتی به نام‌های محسن روح‌الامینی، محمد کامرانی و امیر جوادی‌فر در جریان انتقال و حضور در بازداشتگاه کهریزک کشته شدند.
نام قاضی مرتضوی نیز که تا شهریور ۸۸ دادستان عمومی و انقلاب تهران و تا سال ۸۹ نیز معاون دادستان کل کشور بود، در جریان گزارش کمیته حقیقت‌یابت مجلس مطرح شد. مرتضوی در جلسه پنج مرداد این کمیته می‌گوید: «هم اینک حدود ۳۹۰ نفر بازداشت هستند که از این تعداد حدود ۲۵۰ نفر بازداشتی‌های میدانی صحنه اغتشاشات و ۵۰ نفر بازداشیت‌های غیرمیدانی هستند.
از وی در خصوص کشته شدن سه تن از افراد بازداشت شده آقایان روح‌الامینی، کامرانی و جوادی فر پرسیده شد. وی دلیل این مساله را بنا بر بررسی‌های انجام شده از سوی پزشکی قانونی مننژیت دانست و متذکر شد که با سرعت در بازداشتگاه‌ها عملیات واکسیناسیون مننژیت در حال انجام می‌باشد.
هیات از وی پرسید به چه دلیل دستگیرشدگان روز ۱۸ تیرماه به بازداشتگاه کهریزک منتقل شدند، ایشان ضمن مناسب و استاندارد دانستن این بازداشتگاه مساله فقدان ظرفیت زندان اوین را اصلی‌ترین دلیل جهت انتقال این بازداشت‌شدگان به کهریزک دانست. در این جلسه هیات، از دادستان وقت تهران خواست اولا کسانی که دارای اتهام سنگینی نیستند هرچه سریعتر آزاد شوند، ثانیا تکلیف همه بازداشت‌شدگان براساس قواعد حقوقی هرچه سریعتر تعیین شود، ثالثا اطلاع رسانی به خانواده‌ها با سرعت انجام پذیرد تا التهابات ناشی از نگرانی آنان کاهش یابد، رابعا براساس گزارشات رسیده تخلفاتی از ناحیه برخی از ضابطین خصوصا در کهریزک وجود دارد، لذا هر چه سریعتر مسیر برخورد با آنان هموار شود.» (تابناک به نقل از ایلنا، ۱۳۸۸)
تصویری از بازداشتگاه کهریزک منتشر شده در مشرق و تسنیم
در جریان این گزارش مشخص می‌شود که بحث عدم وجود ظرفیت در بازداشتگاه اوین حقیقت نداشته است. اسماعیل احمدی مقدم فرمانده وقت نیروی انتظامی، سال ۱۳۹۲ در گفتگویی که با خبرگزاری ایسنا داشت در کنار بسیاری مسائل به موضوع کهریزک نیز پرداخت: «من تاکنون در هیچ محفلی عنوان نکرده‌ام که صبح روز جمعه جلسه‌ای پیرامون اتفاقات آن زمان برگزار شد و آقای مرتضوی اصرار داشت که افراد دستگیر شده به کهریزک منتقل شوند. من مخالفتم را به صراحت اعلام کردم و گفتم آنجا نه تنها جا نداریم، بلکه آن مکان جای خطرناکی است. اما مرتضوی اصرار داشت که این افراد دستگیر شده چاقو، قمه و زنجیر داشته‌اند و از همین حیث اراذل و اوباش محسوب می‌شوند که من در آن جلسه عنوان کردم که ضبط کنید و بنویسید که من مخالف هستم و مخالفت ناجا نیز ثبت شد. من در آن جلسه به یک نفر عنوان کردم که به بچه‌های کهریزک بسپارید اولا حواسشان باشد که این افراد در بند جداگانه و میان اراذل و اوباش فرستاده نشوند و در ثانی بدرفتاری با آنها نکنید، اما همین دهان به دهان گشتن و این به آن بگو، باعث شد که این تاکیدات من به مرحله اجرا نرسد و آمده بودند در هر بند که ظرفیت ۵۰ تن را داشت، ۱۷۰ تن را جا دادند.
با مسئول کهریزک برخورد هم شد، چرا که اگر اطلاع می‌داد و حتی عقل داشت کمی پایین‌تر مقر یگان ویژه بود و می‌توانست افراد دستگیر شده را در مسجد این یگان جای دهد یا حتی می‌توانست این افراد را در بازداشتگاه جدید که هر چند آب و برق نداشت، جای دهد تا این مشکلات به وجود نیاید.» (ایسنا، ۱۳۹۲) بیشتر احکام بازداشت چهره‌های سیاسی در حوادث پس از انتخابات نیز توسط مرتضوی صادر شد که بحثی جداگانه می‌طلبد.
سال ۱۳۸۸ سالی بود که تغییراتی در قوه قضائیه رخ داد. آیت‌الله سیدمحمود هاشمی شاهرودی پس از ۱۰ سال ریاست بر دستگاه قضایی، جای خود را به آیت‌الله صادق آملی لاریجانی داد. سعید مرتضوی در شهریور ۸۸ از دادستانی تهران برکنار و با حکم لاریجانی به عنوان معاون دادستان کل کشور (حجت‌الاسلام محسنی اژه‌ای) منصوب شد. ۲۵ آذر این سال، محمود احمدی‌نژاد رئیس دولت دهم با صدور حکمی، مرتضوی را با حفظ سمت به عنوان رئیس ستاد مبارزه با قاچاق کالا و ارز منصوب کرد. این اولین سمت دولتی مرتضوی و چند قدم مانده به پایان خدمت قضایی او بود. مرتضوی سال ۱۳۸۹ از سوی دادگاه انتظامی قضات به همراه دو مقام دیگر تعلیق شدند که هر سه آنان با نام‌های قاضی حداد (حسن زارع دهنوی معاون امنیت دادسرای تهران که سال ۱۳۹۹ به خاطر ابتلا به کرونا درگذشت) و علی‌اکبر حیدری‌فر در ماجرای کهریزک نقش داشتند. «درنهایت شکایت عبدالحسین روح‌الامینی، علی کامرانی و علی جوادی‌فر، پدران ۳ نفر از کشته‌شدگان بازداشتگاه کهریزک، اما باعث شد قاضی حداد به همراه سعید مرتضوی و علی‌اکبر حیدری‌فر (قاضی دادگاه انقلاب) از سمت خود برکنار شوند.» (اعتماد، ۱۳۹۹)
تودیع غلامحسین الهام و معارفه سعید مرتضوی به عنوان رئیس ستاد مبارزه با قاچاق کالا و ارز - ۱۳۸۸
مرتضوی که سال ۸۹ اولین سمت دولتی خود را گرفت، اسفند سال ۱۳۹۰ مدیرعامل سازمان تامین اجتماعی شد و تا مرداد ۱۳۹۲ در این سمت ماند. این انتصاب در حالی اتفاق افتاد که مرتضوی از قضاوت تعلیق شده و بر اساس گزارش‌های رسمی با ماموریت از قوه قضائیه به دولت رفته بود. انتخاب و انتصاب او از سوی وزیر کار دولت احمدی‌نژاد با واکنش نمایندگان مجلس مواجه شد. در نهایت نیز جمعی از آنان به دیوان عدالت اداری شکایت بردند و این دیوان نیز ۱۴ مرداد ۱۳۹۱ رای خود مبنی بر ابطال این انتصاب را صادر کرد. در نهایت سعید مرتضوی تا مرداد ۱۳۹۲ با حکم سرپرستی به کار خود ادامه داد، اما با تغییر در اساسنامه صندوق تامین اجتماعی! «مهم‌ترین و پر سر و صداترین تغییرات اساسنامه سازمان تامین اجتماعی مربوط به دوره مدیریت سعید مرتضوی بر این نهاد اجتماعی - اقتصادی است؛ در این دوره در پی حکم دیوان عدالت اداری مبنی بر غیرقانونی بودن مدیریت مرتضوی بر صندوق تامین اجتماعی، دولت در ۱۶ مرداد ماه ۱۳۹۱با استناد به قانون اصلاح ماده ۱۱۳ قانون خدمات کشوری، «صندوق» تامین اجتماعی را به «سازمان» تامین اجتماعی تغییر نام داد و هیات امنای سازمان تامین اجتماعی به عنوان هیات امنای سایر صندوق‌های بیمه‌ای و از جمله صندوق بیمه روستاییان و عشایر نیز منصوب شدند. تغییر بعدی اساسنامه سازمان تامین اجتماعی شش ماه بعد اتفاق افتاد، وقتی اقدامات مختلف قانونی دیوان عدالت اداری و رایزنی‌های مختلف برای متقاعد کردن رییس جمهور و عبدالرضا شیخ الاسلامی، وزیر تعاون، کار و رفاه اجتماعی به نتیجه نرسید و مجلس آخرین برگ خود را رو کرد و رای اعتماد خود به شیخ الاسلامی را پس گرفت. در پی این رویداد، هیات وزیران برای حفظ جایگاه مرتضوی در سازمان تامین اجتماعی، در اول بهمن ۱۳۹۱ با مصوبه‌ای اختیار عزل و نصب مدیرعامل این سازمان را به معاون اول رییس جمهور داد. اختیاری که تا پیش از آن، به وزیر تعاون، کار و رفاه اجتماعی واگذار شده بود.» (دنیای اقتصاد، ۱۳۹۲)
همراه با محمود احمدی‌نژاد در مراسم گرامیداشت شصتمین سال تاسیس صندوق تامین اجتماعی - ۱۳۹۲
استیضاح عبدالرضا شیخ‌الاسلامی وزیر تعاون، کار و رفاه اجتماعی احمدی‌نژاد در بهمن ۱۳۹۱ به همین دلیل اتفاق افتاد. در بخشی از طرح استیضاح آمده است: «سعید مرتضوی در سمت قبلی خویش یعنی دادستان تهران، متهم است و از حالت قضایی، تعلیق شده و پرونده‌اش هنوز مفتوح است. در گزارش تحقیق و تفحص مجلس از فاجعه کهریزک مقصر شناخته شده است. در تحقیق و تفحص از قوه قضاییه به دلیل تخلفاتش مقصر شناخته شده است. با این حال، چه ضرورتی برای نصب چنین فردی به این سمت و سپس تغییر اساسنامه برای حفظ او وجود داشته است؟» (مرکز پژوهش‌های مجلس، ۱۳۹۱) ماجرای یکشنبه سیاه مجلس در سال ۱۳۹۱ که پخش فیلمی از ملاقات فاضل لاریجانی (برادر دو رئیس قوه در آن زمان) با سعید مرتضوی توسط محمود احمدی‌نژاد در مجلس و بیرون کردن رئیس‌جمهور را به دنبال داشت، یکی از پس‌لرزه‌های ماجرای مرتضوی بود. پای مرتضوی در دوران ریاستش بر تامین اجتماعی به پرونده بابک زتجانی نیز باز شد. (جزئیات بیشتر در این گزارش)
بر اساس گزارش‌ها، سعید مرتضوی با سه پرونده شاخص درگیر بود. یک پرونده مربوط به بازداشتگاه کهریزک و دو پرونده مربوط به تامین اجتماعی. مرتضوی به جرم معاونت در قتل محسن روح‌الامینی (از درگذشتگان بازداشتگاه کهریزک) ابتدا به ۵ سال حبس محکوم شد (در آذر ۱۳۹۶) و حکم او به دلیل ابراز ندامت در دادگاه تجدید نظر به دو سال کاهش یافت. او اردیبهشت ۱۳۹۷ به زندان رفت و پس از ۱۷ ماه به دلیل حسن رفتار آزاد شد. مرتضوی سال ۱۴۰۰ در دیوان عالی کشور از اتهامات مربوط به پرونده بازداشتگاه کهریزک تبرئه شد. سال ۱۴۰۱ نیز حکم برائت او در پرونده‌های تامین اجتماعی صادر شد. «سعید مرتضوی در پرونده تحقیق و تفحص از تأمین اجتماعی پس از کش‌وقوس‌های فراوان و برگزاری جلسات دادرسی بسیار، به اتهام تصرف غیرقانونی در وجوه و اموال سازمان تأمین اجتماعی به جهت پرداخت و اختصاص این وجوه از محل بودجه غیر شمول به اشخاص متعدد به تحمل ۷۰ ضربه شلاق تعزیری محکوم شد و این محکومیت در دادگاه تجدیدنظر استان تهران نیز تأیید شد.
بعد از صدور این محکومیت، سازمان تامین اجتماعی دعوایی را تحت عنوان مطالبه ضرر و زیان ناشی از جرم در شعبه ۲۰۸ حقوقی تهران علیه مرتضوی مطرح می‌کند که دادگاه برای رسیدگی موضوع را به کارشناسان رسمی دادگستری ارجاع می‌دهد و نهایتاً کارشناس دادگستری اعلام می‌کنند اقدامات مرتضوی خلاق مقررات نبوده و در نتیجه ضرر و خسارتی به تأمین اجتماعی وارد نشده است و دادگاه هم حکم بر بی حقی تأمین اجتماعی می‌دهد و حکم مزبور نیز در تجدیدنظر تأیید می‌شود.
مرتضوی نیز همین حکم را مبنای تقاضای اعاده دادرسی خود در دیوان عالی کشور قرار می‌هد و شعبه ۲۹ دیوان نیز پس از بررسی پرونده، تقاضای مدیرعامل اسبق سازمان تأمین اجتماعی را وارد تشخیص و پرونده را به دادگاه تجدیدنظر هم عرض برای رسیدگی مجدد به پرونده ارجاع می‌دهد.
نهایتاً شعبه ۷۵ دادگاه تجدیدنظر استان تهران پس از بررسی پرونده مزبور، مرتضوی را به استناد اسناد و مدارک ارائه شده و حکم شعبه ۲۰۸ دادگاه حقوقی و حکم شعبه ۲۹ دیوان عالی کشور از اتهامات تصرف غیرقانونی در اموال تأمین اجتماعی تبرئه می‌کند.» (تسنیم، ۱۴۰۱) عباس پالیزدار نیز شکایتی از سعید مرتضوی به خاطر اظهاراتش (ابتدای گزارش ذکر شده) انجام داده بود مرتضوی در سال ۹۷ از آن شکایت تبرئه شد.
