پیش از آیت الله واعظ طبسی مقام معظم رهبری بر پیکر 5 چهره شاخص دیگر نیز نماز گزارده بودند. مقام معظم رهبری بر پیکر آیت‌الله واعظ طبسی در مشهد نماز گزاردند. پیشتر مقام معظم رهبری بر پیکر فرزند و همسر امام و نیز سه روحانی شاخص یعنی ( آقا مجتبی تهرانی، خوشوقت و مهدوی کنی) نماز گزارده بودند.
به گزارش عصر ایران، اسفند سال 1373، حاج احمد خمینی دار فانی را وداع گفت. در پیام مقام معظم رهبری در مورد مرحوم حاج احمد آقاآمده بود: «بي‌شك در آخرين ماه هاي دوران نهضت، هيچ كس در رابطه با امام بزرگوار نقشي تا بدين حد بزرگ و مؤثر از خود بروز نداده است. تلاش بي‌وقفه و پروانه‌وار ايشان در كنار مشعل فروزان وجود امام عزيز رضوان‌الله عليه، بسي بركات را منشأ گشته و بسي دشوارها را آسان نموده است. اكنون اين يادگار امام از ميان ما رفته و ما را در فقدان خود، مهموم و مغموم بجا گذاشته است. شكوه اين غم جانكاه را به پيشگاه صاحب و مولاي خود حضرت بقيه‌الله‌الاعظم مي‌بريم. و از او دعا براي صبر و تسلي مي‌طلبيم و در عين حال نخستين تسليت را هم به او مي‌گوئيم.»
27 اسفند روز تشییع پیکر حاج سید احمد خمینی، رهبری معظم بر پیکر ایشان اقامه نماز کردند. اول فروردین سال 1388 همسر گرامی امام نیز دار فانی را وداع گفت. رهبر معظم انقلاب در پیامی درباره ایشان فرمودند: آن مرحومه که خود بازمانده دودمان علمی نامداری بود، سالیان متمادی یار و همراه امام بزرگوار، و مایه آرامش ایشان در همه مراحل دشوار آن جهاد مستمر و بزرگ بود و با صبر و عزم و توکل زندگی پرافتخاری را گذرانید. مراسم اقامه نماز میت بر پیكر همسر گرامی بنيانگذار جمهوری اسلامی ايران حضرت امام خمینی به امامت آیت الله خامنه ای در دانشگاه تهران برگزار شد.
دی ماه سال 91 آقا مجتبی تهرانی از معدود مراجع تقلید ساکن تهران درگذشت. مقام معظم رهبری در پیامی درگذشت ایشان را حادثه ناگوار، ضایعه‌ای برای حوزه علمیه و روحانیت و جامعه مذهبی تهران و به ویژه ارادتمندان و شاگردان ایشان و جوانانی دانستند که از مجالس پر فیض و درس‌های سازنده این معلم اخلاق بهره می‌بردند. ایشان سپس در مراسم تشییع آیت الله تهرانی که مصادف با اربعین حسینی در مدرسه عالی شهید مطهری تهران برگزار شد حضور پیدا کرده و بر پیكر او نماز میّت را اقامه كردند.
در دوم اسفند سال 91 تهران یکی دیگر از علمای خود را از دست داد. آیت‌الله خوشوقت روحانی دیگری است که رهبری بر پیکرش نماز گزاردند. البته نسبت سببی هم داشتند. آیت الله خامنه ای در پیامی درگذشت« عالم ربانی و سالک الی الله» را مصیبتی اندوهبار برای آشنایانِ رتبه معنوی آن بزرگوار و ثلمه ای بزرگ برای شاگردان و مستفیدان محضر پر فیض آن عارف بالله خواندند و این مصیبت را به خانواده مکرّم و فرزندان محترم و وابستگان و ارادتمندان ایشان تسلیت گفتند.
در مهرماه سال 93 آیت‌الله مهدوی کنی دار فانی را وداع گفت. آیت‌الله مهدوی کنی پنجمین چهره شاخصی بود که رهبری بر پیکرشان نماز خواندند. در پیام صادره در این باره آمده بود:« همه جا و همه وقت در موضع یک عالم دینی و یک سیاستمدار صادق و یک انقلابی صریح ظاهر شد و هرگز ملاحظات شخصی و انگیزه‌های جناحی و قبیله‌ئی را به حیطه‌ی فعالیتهای گسترده و اثرگذار خود راه نداد. این انسان بزرگ و پرهیزگار، همه‌ی وزن وزین خود را در همه‌ی حوادث این دهها سال در کفه‌ی حق و حقیقت نهاد و در دفاع از راه و سیره‌ی انقلاب و نظام، کوتاهی نورزید. رحمت و رضوان الهی بر روان پاک او باد.»
آیت الله خامنه ای در تشییع پیكر شهید احمد كاظمی و جمعی از سرداران سپاه، همچنین شهیدان سپهبد علی صیاد شیرازی و مرتضی آوينی از مراسم تشییع بوده که رهبری هر چند در آن حضور پیدا کرده اند اما نماز نگزارده اند.
