جعفر جوادیشجونی در سال ۱۳۱۱ در فومن در استان گیلان به دنیا آمد. او نیز مانند بسیاری دیگری از روحانیون همنسل خود پیش از انقلاب چند بار دستگیر شد و به گفته خودش ۲۵ بار به زندان رفت که نخستینبار در سال ۱۳۳۴ به دلیل همکاریاش با گروه فدائیان اسلام بود. جعفر شجونی به عنوان نماینده کرج وارد نخستین مجلس ایران پس از انقلاب شد.