روز ۲۱ شهریور ۱۳۵۸ دادستان کل انقلاب طی اطلاعیه‌ای دخالت پاسداران، کمیته‌ها و دادگاه‌های انقلاب در کار دولت را ممنوع اعلام کرد.
به گزارش تاریخ ایرانی، «بر اساس این اطلاعیه پاسداران، کمیته‌ها، دادسرا‌ها، دادگاه‌های انقلاب حق عزل و نصب کارگران و کارمندان را ندارند. دادستان کل انقلاب جمهوری اسلامی ایران در این مورد دستور داده است که افراد این مراکز حق دادن دستور مستقیم و بازداشت، تغییر مقررات و نیز جذب کارمندان و کارگران را بطور مستقیم ندارند و به طور کلی این مراکز و افراد آنها نباید در امور دولت دخالت کنند.»
این اطلاعیه در پی ماه‌ها کشمکش میان گروهی از اعضای کمیته‌ها، دادگاه‌های انقلاب و دیگر مسئولان نهادهای انقلابی با اعضای دولت موقت مهندس مهدی بازرگان صادر شد. منتقدان با انتقاد از رویه بوروکراتیک دولت بازرگان خواهان اتخاذ سیاست‌های انقلابی از سوی دولت بودند. از آن سو بازرگان که مسئولیت دولت را در شرایط خاص ابتدای انقلاب پذیرفته بود نیز از آشفتگی و از هم گسیختگی اوضاع کشور شکایت داشت. او دخالت کمیته‌های انقلاب در امور دولت را مانع حاکمیت قانون و بازگشت کشور به روال عادی می‌دانست و چندباری به دلیل همین وضعیت تهدید به استعفا کرده بود.
در یکی از همان روز‌ها بازرگان در گفت‌وگو با نشریه لوموند فرانسه گفت: «وجود چند کانون دیگر قدرت در ایران وظیفه دولت را برای بازسازی کشور دشوار کرده است. بعد از سقوط رژیم، ژاندارمری متلاشی شد؛ ارتش غیر نیروی هوایی همه دچار آفت‌زدگی و گسیختگی فوق‌العاده شدند؛ زور نظامی و اسلحه نداریم؛ تعداد زیادی اسلحه در دست مردم است؛ مجلس نیست که از طریق قانون از ما حمایت کند؛ کمیته‌ای به نام کمیته امام، پادگان مهاباد - یعنی یک تیپ - را خلع سلاح می‌کند و وسیله‌ای می‌شود برای تحریکات و افکار تجزیه‌طلبی و جدایی و رخنه خارجی؛ اینگونه است که ما می‌گوییم اگر دخالت کمیته‌ها در امور ادامه داشته باشد، دولت قادر به هیچ کاری نخواهد بود و هیچ چاره و نتیجه‌ای جز کناره گیری نخواهد داشت.»
موضوع اختلافات میان دولت موقت و دیگر نهادهای انقلابی در گزارش‌های دیپلمات‌های غربی مقیم تهران نیز قابل ردیابی است آنچنان که ضعف دولت موقت و قدرت نیروهای موازی که اقتدار دولت بازرگان را تضعیف می‌کردند، در آنچه از سوی سر جان گراهام، سفیر وقت بریتانیا برای مسئولان کشورش ارسال شده، حائز اهمیت دیده شده است. سفیر بریتانیا در یک گزارش تفصیلی شش صفحه‌ای که به تاریخ سوم مه ۱۹۷۹ برابر با ۱۳ اردیبهشت ۱۳۵۸ نوشته و ارسال شد، به بررسی و تحلیل موقعیت نیروهای تاثیرگذاری که به موازات دولت موقت اعمال قدرت می‌کردند، پرداخته است. در این گزارش ابتدا به مساله فعالیت کمیته‌های انقلاب اسلامی و فلسفه وجودی آن پس از پیروزی انقلاب پرداخته شده و از سه دسته مشخص به عنوان «نیروهای دولت موازی» نام برده شده است.
نخست، کمیته‌های انقلاب به رهبری آیت‌الله مهدوی کنی (شامل کمیته مرکزی، کمیته‌های محلات و شهر‌ها و کمیته امام) که به گفته گراهام عملا بسیاری از وظایف دولت و دوایر محلی حکومتی را به دست گرفته بود و بدون تقسیم و اعلام شرح وظایف بیش از بقیه گروه‌ها قدرت و به رهبر انقلاب دسترسی داشت. دوم، پاسداران انقلاب که به ادعای این گزارش به دلیل آشفتگی پلیس و ارتش و در جهت ایفای نقش نظمی و حفظ امنیت تاسیس شده و یکی از وظایف بعدی آنها حفظ امنیت سفارتخانه‌ها و کنسولگری‌های کشورهای مختلف بود. گراهام افراد اصلی در سپاه را آیت‌الله حسن لاهوتی و دکتر ابراهیم یزدی معاون نخست‌وزیر در امور انقلاب می‌داند و عنوان می‌کند که «شایعاتی وجود دارد که رفسنجانی جانشین لاهوتی شده است.» به نوشته گراهام سپاه پاسداران هم همانند کمیته‌های انقلاب در امور دولتی مداخله می‌کند، ولی سران آن تاکید دارند که به کلی از کمیته‌ها مجزا هستند. سوم، سازمان مجاهدین خلق که به نوشته گراهام تا آن زمان خود را پیروی منویات رهبری انقلاب و آیت‌الله طالقانی نشان می‌دادند و برخی از اعضای آن در کمیته‌ها نیز نفوذ داشتند. با این همه سفیر بریتانیا در همان زمان پیش‌بینی کرده که رهبری مجاهدین خلق در حال کنار رفتن از مرکز قدرت و نزدیک شدن به مواضع سازمان چریک‌های فدایی خلق است که از نظر عملکرد نظامی تشابهات زیادی با هم دارند.
همزمان با این تحولات مهدی بازرگان روز به روز بیشتر با دخالت‌های گروه‌های مختلف انقلابی دچار چالش می‌شد و این موضوع دولت وی را با بحران اقتدار روبرو کرده بود. وی از یک سو از سوی انقلابیون به کندروی متهم بود و از سوی دیگر از کارشکنی‌های برخی گروه‌ها در کار دولت گلایه داشت. در این شرایط بود که رهبر انقلاب فرمان داد که «کمیته‌های انقلاب اسلامی در هر شهر موظفند تا به محض آنکه نیروهای دولت کنترل اوضاع را در دست بگیرد، اختیار را به دست دولتی‌ها بدهند.» موضوعی که هرچند در ظاهر به سود دولت بود باز هم افاقه نکرد چرا که به نوشته سفیر بریتانیا در تهران «فعالیت‌های همان کمیته‌ها مانع در دست گرفتن کنترل شهر‌ها توسط دولت شده بود.»
با بالا گرفتن انتقادات از دولت و همزمان با درگیری‌ها در غرب کشور که اوضاع را آشفته‌تر کرده بود، مهدی بازرگان شامگاه نهم شهریور ۱۳۵۸ در پیامی که از سیمای جمهوری ملی ایران پخش شد، با رد انتقادات مخالفان دولت گفت: «دولت من انقلابی است و انقلابی هم عمل می‌کند.» نخست‌وزیر دولت موقت افزود: «مدتی است که سیل انتقاد – اعتراض و اتهام رو به دولت سرازیر شده است. در مجلس ختمی که تشکیل می‌شود برای شهدای پاسداران، آقای واعظ و گوینده مطلبی خداپسندانه‌تر از حمله به دولت و اعتراض به دولت پیدا نمی‌کند. روزنامه‌ها با آنکه روزنامه‌های مخالف و ضدانقلاب جمع‌آوری شدند این روز‌ها هم مقالاتشان سرتاپا شیرین‌تر و واجب‌تر کلامی جز اثبات معایب و ایراد به دولت نیست.»
وی در ادامه با اشاره به ایراداتی که به دولت مطرح شده بود، ادامه داد: «از همه مهم‌تر پیش‌آمد تاسف‌انگیز پاوه است. ایراد دوم که از اول بود و حالا بیشتر شده این است که دولت قاطعیت ندارد. ایراد سوم می‌گویند اصلا دولت کاری نکرده و کاری انجام نمی‌دهد. می‌خورد و می‌خوابد. یک عده بر این اضافه می‌کنند که نه تنها کاری نمی‌کند بلکه در آنچه می‌کند و کرده هم بد عمل کرده است!»
وی در پاسخ به ایراد اول گزارشی از وقایع پاوه و اقدامات دولت بیان و از این طریق به انتقادات پاسخ گفت. وی در مورد دوم درباره عدم قاطعیت دولت خاطرنشان کرد: «مخالفین و دشمنان را با ورد و تمنا و قربان صدقه نمی‌شود از بین برد. حالا فکر کنید به یک کسی چاقویی می‌دهند اما تیغه چاقو را به کس دیگری می‌دهند. وضع ما این است.» و در پاسخ به انتقاد سوم که چرا دولت انقلابی عمل نمی‌کند، گفت: «اگر مقصود از انقلابی عمل کردن زدن و کشتن و پاروی همه اصول و قانون گذاشتن باشد یک عمل جدایی است، دولتی که من از اعضای آن تمنا کردم و دعوت نمودم بیایند و شخص بنده اگر این باشد انقلابی نیستیم اما اگر بناست که نظم و مقررات و سیستم و کار اساسی باشد که انقلاب واقعی در مرحله مثبت که چندمین بار گفتم غیر از این نمی‌تواند باشد بله ما انقلابی هستیم. شورای طرح‌های انقلابی درست کردیم. طرح‌های اقتصادی – آموزشی و چیزهای دیگر درست شد. اقلا در این مدت ما ۲۰۰ لایحه قانونی از هیأت وزرا و شورای انقلاب گذراندیم ...»
همزمان با این سخنان، بنیانگذار جمهوری اسلامی در عین تاکید بر اینکه «از آشفتگی‌هایی که بعد از انقلاب هست نمی‌شود اجتناب کرد» به دفاع از عملکرد دولت پرداخت و گفت: «دولت زیاد کار می‌کند اما نمی‌گوید.» امام که ۱۴ شهریور ۵۸ در دیدار با اعضای جهاد سازندگی سخن می‌گفت، با مقایسه عملکرد دولت‌های پیش و پس از انقلاب افزود: «این را به آقای بازرگان و دیگران گفته‌ام که شما کار می‌کنید و عرضه نمی‌کنید. دیگران کار نمی‌کنند و می‌گویند. این‌ها خیلی کار کرده‌اند، اما عرضه نمی‌کنند. چند دفعه من به آنها گفته‌ام آقا شما این پاکسازی را عرضه کنید، آن خانه‌سازی را عرضه کنید، آن امداد را که در همه جا دادید عرضه کنید به مردم. این چیزهایی که تا حالا شده است بگویید. فقط در تمام این مدت یک روز آقای هاشمی سلام‌الله تعالی در مدرسه فیضیه شمرد ۵۰ تا یا ۳۰ تا تقریبا یک یک شمرد که تا حالا انجام شده است. این را باید در روزنامه بنویسند. اما اینقدر اشکالات در کار است که به این زودی نمی‌شود درست کرد یک مملکت آشفته‌ای را. به این زودی نمی‌شود اصلاحش کرد. این پافشاری لازم دارد. باید مایوس نشد. هیچ وقت یاس را در قلب خودتان وارد نکنید.»
بنیانگذار جمهوری اسلامی ۶ روز بعد نیز در دیدار با نمایندگان عشایر در قم گفت که همراهی ملت، شرط موفقیت دولت است، اما با تاکید بر اینکه کشور نیاز به آرامش دارد، خاطرنشان کرد: «بعد از انقلاب همیشه یک به هم ریختگی‌هایی هست. خصوصاً که همۀ این‌ها ارث‌هایی است که از دولت سابق ما بردیم. در جمهوری اسلامی که پنج ماه، شش ماه از عُمرش میگذرد این مسائل در آن پیش نیامده، این مسائل از سابق بوده و این باید جبران بکند. و این بچه شش ـ هفت ماهه است الآن جمهوری ما، این باید یک قدری به آن مهلت بدهند. یک قدری این اغتشاشاتی که این مفسدین درست کردند این‌ها یک قدری کم بشود و آن وقت رسیدگی کامل بشود.»
امام در جمع اعضای حزب جمهوری اسلامی نیز با بیان اینکه راه حل مشکلات این نیست که هر روز یکدیگر را متهم و دولت را تضعیف کنیم، گفت: «مجموع قضیه این است که شما از مشکلات مملکت بحث کردهاید. و این هم همه میدانید که مشکلات زیاد است، اما حالا راه حل این است که همه با هم تفاهم داشته باشند. دولت با شورای انقلاب؛ همه با حزب جمهوری اسلامی و اگر بشود، با حزب‌های دیگر که بتوانند تفاهم کنند و درگیری واقع نشود بین مثلاً دولت و حزب و یا دولت و شورا، یا مثلاً رادیو ـ تلویزیون و دیگران. در یک وقتی که الآن درگیری‌ها صددرصد مضر است، یعنی ما الآن احتیاج داریم به اینکه یک آرامشی باشد و یک تفاهمی باشد. مشکلات شک ندارد زیاد است؛ و شک ندارد به این زودی رفع شدنی نیست؛ یعنی شما بخواهید یک رادیو ـ تلویزیونی که پنجاه و چند سال، پنجاه سال، در خدمت رژیم فاسد بوده و افرادی هم که در او بوده است از آن سنخ فکر میکردهاند و از آن سنخ بودند، حالا یک‌دفعه این‌ها تبدیل بشود به یک اشخاص مؤمنی، اشخاص مسلمانی که فکرشان فکر اسلامی و ملی باشد، این یک مطلبی است که آرزویش هست؛ اما به این زودی درست نمی‌شود. چنانچه دولت هم بخواهید در این ظرف مدت کم بتواند این کار‌ها را انجام بدهد، این هم نمی‌شود. یا اجزای دولت بخواهید صددرصد در طریق ما باشد؛ این هم نیست. من از آنان میبینم اشخاصی که در این راه نیستند. لکن علاج این نیست که ما یک درگیری حالا ایجاد کنیم و یک مثلاً به هم زدن اوضاع؛ فرض کنید برویم سراغ دولت و هِی افراد را بدین صورت بگوییم که این کنار برود، او کنار برود، او کنار برود. برویم سراغ تلویزیون و بگوییم که باید امروز این عوض بشود و فردا هم دوباره یکی دیگر بیاید؛ یک دستۀ دیگر با او مخالفند او عوض بشود، و همین طور سایر قشر‌ها.
به نظر من میرسد که امروز باید ما کوشش کنیم که حتیالامکان اشکالات وارد را هم یک قدری غَمضِعَین کنیم تا بلکه یک استقراری پیدا بکند؛ تا بلکه مجلس خبرگان کارشان انشاءاللّه به همت آقایان زود‌تر تمام بشود و برویم سراغ مجلس شورا و مجلس شورا را درست بکنیم و محول بشود کار به ملت و به نمایندگان ملت، و کار‌ها انشاءاللّه با محول شدن به ملت و به اشخاصی که متعهد هستند، و توانستیم و توانستید که یک منتخباتی داشته باشید که آنها صددرصد انشاءاللّه اسلامی و ملی و متفکر و همۀ جهات در آنان جمع باشد؛ آن وقت انشاءاللّه با این‌ها کار‌ها اصلاح بشود.
اما حالا ما بخواهیم که اوضاع را هی هر روز به هم بزنیم و خوب، هر کسی از آن وقت تا حالا من دیدم، هر کس آمده توی کار و رأس یک [جایی] شده، یک عدهای فوراً آمدهاند به اینکه آن چطور. مثلاً آقایان بعد از تفتیش زیاد و چه، یک نفر برای رئیس ستاد درست کردند؛ به مجرد اینکه او را گذاشتند، یک‌دفعه شروع کرده‌اند که این چه و چه و چه. نمی‌شود که ما تا چهار نفر پیدا شدند گفتند نه، آنی که انتخاب شده کنار بگذاریم و یکی دیگر بیاوریم باز یک دسته دیگر بیایند او را جلو بگیرند ـ این اسباب این می‌شود که ما هیچ کاری نتوانیم انجام بدهیم، باید ما الآن یک قدری دست به عصا راه برویم، نه تضعیف کنیم دولت را به طوری که [...] خوب، بعضی از آقایان همت گماشتهاند به اینکه مثلاً تضعیف کنند و از بین ببرند دولت را. هرکس، هر فردی، در دولت هست یک‌دفعه میبینیم می‌گویند که این آنی است که از همه خیانتکار‌تر بوده! این آنی است که از همه جنایتکار‌تر بوده، و اینطور حرف‌ها هست ـ که گاهی وقت‌ها به واسطۀ یک سوء نیت نیست؛ لکن سوء تشخیص است ـ واقع می‌شود...»
اینچنین بود که در پی سخنان امام مبنی بر تقویت دولت و کمک به آن برای انجام وظایف محوله، دادستان کل انقلاب با صدور اطلاعیه‌ای دخالت پاسداران، کمیته‌ها و دادگاه‌های انقلاب در کار دولت را ممنوع اعلام کرد. متن کامل این اطلاعیه که در تاریخ ۲۱ شهریور ۱۳۵۸ صادر شد، به این شرح بود: «بسمه تعالی. پیرو فرمان رهبر عالیقدر انقلاب اسلامی ایران حضرت امام خمینی مدظله‌العالی برای آنکه دولت موقت جمهوری اسلامی ایران بتواند با قاطعیت به مسئولیت‌ها و وظایف محوله عمل نماید بدین وسیله اعلام می‌شود که هیچیک از پاسداران و کمیته‌ها و دادسرا‌ها و دادگاه‌های انقلاب و مقامات دیگر حق دخالت در امور دولت را از قبیل عزل و نصب کارمندان و کارگران و دستور مستقیم بازداشت و همچنین تغییر یا لغو مقررات را ندارند و چنانچه دادسرا و دادگاه‌های انقلاب بازداشت یا محاکمه کارمندی را ضروری بدانند، لازم است این امر با اطلاع قبلی مافوق کارمند مزبور انجام گیرد. دادستان کل انقلاب جمهوری اسلامی ایران؛ علی قدوسی»
