همه تصور مي‌کنند علت اصلي قهر ناطق‌نوري از جامعه روحانيت مبارز و ترک آن، به سال ٨٨ و آن مناظره‌هاي معروف بازمي‌گردد.
به گزارش شرق، احمدي‌نژاد در آن مناظره گفته بود: «پسر آقاي ناطق چطوري ميلياردر شد؟ خود آقاي ناطق چطوري دارد زندگي مي‌کند؟»؛
غلامرضا مصباحي‌مقدم، سخنگوي جامعه روحانيت مبارز ديروز براي چندمين بار گفته که ناطق‌نوري از جامعه روحانيت انتظار داشته که از مواضع او در برابر احمدي‌نژاد حمايت کند؛ کاري که جامعه روحانيت نکرد و ناطق هم عملا راهش را از آنها جدا کرد.
سخنگوي جامعه روحانيت مبارز ديروز به ايلنا گفته است: «شخصا به دفتر ناطق‌نوري و در مدرسه‌اي که در شميرانات دارند، رفته‌ام و با او درباره حضورش در جامعه روحانيت تقاضا و صحبت کرده‌ام و دوستان ديگري هم با ايشان صحبت کرده‌اند. حتي گاهي دراين‌باره در حاشيه نشست‌هاي مجمع تشخيص مصلحت با او گفت‌وگو شده است و آيت‌الله موحدي‌کرماني با آقاي ناطق‌نوري صحبت کرده‌اند اما اظهار علاقه و آمدن نمي‌کنند و دليل آن را اظهار نکردند.
اما به تعبيري مبناي نيامدن آقاي ناطق‌نوري عدم رضايتش از مناظره انتخاباتي سال ۸۸ بود که آقاي احمدي‌نژاد داشت و اينکه جامعه روحانيت مبارز در حمايت از ايشان موضع‌گيري نکرد».
در فضاي رسمي و سياسي هم پذيرفته شده که علت دلخوري ناطق همين است اما همه واقعيت اين نيست. ريشه اختلاف ناطق و جامعه روحانيت قديمي‌تر و جدي‌تر بود. ماجراي مناظره‌ها فقط تير آخر ترکش اين جدايي بود. اختلاف اصلي به انتخابات سال ٨٤ بازمي‌گشت. زماني که عامليت در انتخابات از جامعه روحانيت گرفته و به يک عضو آن داده شد.
ناطق‌نوري، عضو جامعه روحانيت مبارز، به واسطه شخصيت حقيقي خود وارد كارزار ائتلاف شده و جامعه روحانيت مبارز را پشت سر گذاشته بود. او رئيس شوراي هماهنگي نيروهاي انقلاب شده بود.
