ششم تیر ۱۳۶۰ تنها چند روز از عزل بنی‌صدر می‌گذشت. جنگ با عراق و شورش منافقین بعد از اعلام جنگ مسلحانه علیه جمهوری اسلامی، بحث داغ محافل بود. آیت‌الله خامنه‌ای که از جبهه‌ها برگشته و خدمت امام رسیده بود، بعد از دیدار، طبق برنامه‌ی شنبه‌ها، عازم یکی از مساجد جنوب‌شهر برای سخنرانی بود.
به گزارش ایسنا، خودروی حامل آیت‌الله خامنه‌ای که از جماران حرکت می‌کرد، آن روز مهمان ویژه‌ای داشت؛ خلبان عباس بابایی که می‌خواست درد دل‌هایش را با نماینده امام در شورای عالی دفاع در میان بگذارد. آن‌ها نیم ساعت زودتر از اذان ظهر به مسجد ابوذر رسیدند و گفت‌وگویشان را در همان مسجد ادامه دادند. نماز ظهر تمام شد.
آقای خامنه‌ای رفت پشت تریبون. نمازگزاران همان‌طور منظم در صفوف نماز نشسته بودند. پرسش‌های نوشته مردم را به سخنران می‌دادند، اگرچه بعضی از پرسش‌ها تند و حتی گاهی بی‌ربط بود. امام جمعه موقت تهران در سخنرانی مقدمه‌ای چید تا به اینجا رسید که "امروز شایعات فراوانی بین مردم پخش شده و من می‌خواهم به بخشی از آن‌ها پاسخ بدهم".
بین جمعیت ضبط صوتی دست به دست شد تا به جوانی با قد متوسط و مو‌های فر و کت و پیراهن چهارخانه و صورتی با ته‌ریش مختصر رسید. خودش را به تریبون رساند و ضبط را روی تریبون گذاشت؛ درست مقابل قلب سخنران.
یک دقیقه نگذشت که بلندگو شروع به سوت کشیدن کرد. آیت‌الله خامنه‌ای همین‌طور که صحبت می‌کرد، گفت: «آقا این بلندگو را تنظیم کنید.» بعد خودش را به سمت چپ کشید و از پشت تریبون کمی عقب آمد و به صحبت ادامه داد: «در زمان امیرالمؤمنین، زن در همه جوامع بشری -نه فقط در میان عرب‌ها- مظلوم بود.
نه می‌گذاشتند درس بخواند، نه می‌گذاشتند در اجتماع وارد بشود و در مسائل سیاسی تبحر پیدا بکند، نه ممکن بود در میدان‌های…» ناگهان صدای انفجار فضای مسجد را پر کرد.
سخنران که هنگام سخنرانی رو به جمعیت و پشت به قبله بود، با یک چرخش ۴۵ درجه‌ای به طرف چپ جایگاه افتاد. اولین محافظ خودش را بالای سر او رساند. مسجد کوچک بود و همان یک محافظ، به تنهایی تلاش کرد که او را بیرون بیاورد. امام جماعت مسجد، متحیر وسط مسجد مانده بود.
چشمش به یک ضبط صوت افتاد که مثل یک کتاب، دو تکه شده بود. روی جداره‌ی داخلی ضبط شکسته، با ماژیک قرمز نوشته بودند "عیدی گروه فرقان به جمهوری اسلامی".
گروهک فرقان به سرکردگی جوانی به نام اکبر گودرزی در سال‌های ۵۶ و ۵۷ تشکیل شد. او با راه‌اندازی جلسات تفاسیر قرآن، برداشت‌های مادی از منابع دینی را مطرح می‌کرد.
فراگیری تب تفاسیر مادی و مارکسیستی در سال‌های منتهی به انقلاب که توسط افراد و جریان‌های التقاطی ارائه می‌شد، حساسیت برخی چهره‌های فکری انقلاب مثل شهید مطهری را برانگیخت. کار آنقدر بالا گرفته بود که گودرزی جوان بیست و چند ساله، ۲۰ جزوه تفسیر قرآن، شرح صحیفه سجادیه و نهج‌البلاغه نوشته بود.
شهید مطهری در مباحث خود در سال‌های ۵۶ و ۵۷ اقدام به پاسخ‌گویی به این تفاسیر مادی کرده بود و در چاپ هشتم کتاب "علل گرایش به مادیگری" مقدمه‌ای را با همین عنوان اضافه کرد.
شهید مطهری با انتقاد از باب شدن تفاسیر مادی و التقاطی به نام اسلام، به آن‌ها لقب "ماتریالیسم منافق" داد: «مطالعه نوشته‌های به اصطلاح تفسیری که در یکی دو سال اخیر منتشر شده و می‌شود تردیدی باقی نمی‌گذارد که توطئه عظیمی در کار است. در اینکه چنین توطئه‌ای از طرف ضد مذهب‌ها برای کوبیدن مذهب در کار است من تردید ندارم.
آنچه فعلاً برای من مورد تردید است این است که آیا نویسندگان این جزوه‌ها خود اغفال شده‌اند و نمی‌فهمند که چه می‌کنند؟ و یا خود این‌ها عالماً عامداً با توجه به اینکه با کتاب مقدس هفتصد میلیون مسلمان چه می‌کنند، دست به چنین تفسیر‌های ماتریالیستی زده و می‌زنند.
ما نظر به اینکه در این نوشته‌ها آثار و علائم خامی و بیسوادی را فراوان می‌بینیم و به چند نمونه اشاره خواهیم کرد ترجیح می‌دهیم که فعلاً ماتریالیستی را که به صورت تفسیر آیات قرآن در این یکی دو سال اخیر تبلیغ می‌شود، ماتریالیسمی اغفال شده بنامیم و اگر پس از این تذکرات، باز هم راه انحرافی خود را تعقیب کردند ناچاریم آن ماتریالیسم را «ماتریالیسم منافق» اعلام نماییم.»
گروه فرقان از اردیبهشت ۵۸ موج ترور‌های خود را با به شهادت رساندن شهید محمدولی قرنی رئیس ستاد مشترک ارتش آغاز کرد. شهید مطهری در ۱۱ اردیبهشت، حجت‌الاسلام هاشمی‌رفسنجانی سوم خرداد، شهید تقی حاجی‌طرخانی ۱۶ تیر، آیت‌الله سیدرضی شیرازی ۲۴ تیر، شهید عراقی و فرزندش حسام ۴ شهریور، شهید قاضی طباطبایی امام‌جمعه تبریز ۱۰ آبان و شهید مفتح در دانشکده الهیات دانشگاه تهران ۲۷ آذر توسط فرقان ترور شدند. فرقان در صحنه هر ترور تعدادی جزوه که در آن به چرایی علت ترور پرداخته پخش می‌کرد و این‌گونه مسئولیت ترور را برعهده می‌گرفت.
این ترور‌ها دارای جنبه‌های مختلفی بودند؛ ترور‌های سیاسی که شخصیت‌ها را هدف گرفته بود و ترور‌هایی که برخاسته از ایدئولوژی فرقان بودند و گاهی هم ریشه در دشمنی شخصی گودرزی داشت؛ مثل ترور‌های شهید مفتح و حاجی‌طرخانی که از افراد اصلی مسجد قبا بودند که گودرزی را طرد کرده بودند.
دستگیری‌ها توسط تیم بررسی که به دستور امام (ره) شروع به کار کردند از همان اردیبهشت ۵۸ شروع شد و چند ماه کار اطلاعاتی منجر به شناسایی بیش از ۱۰ خانه تیمی فرقان شد.
نهایتاً طی عملیاتی در ۱۸ دی ۵۸ عناصر اصلی فرقان از جمله اکبر گودرزی رهبر این گروهک دستگیر شدند. با توجه به اینکه اغلب اعضای فرقان جوانان فریب‌خورده بودند، بنابراین دست‌اندرکاران پرونده با برگزاری جلسات صحبت و پرسش و پاسخ کوشیدند ذهن آن‌ها را روشن کرده و از گمراهی نجات دهند.
رسیدگی قضائی به جرایم افراد و بحث‌های عقیدتی که ساعت‌ها به طول می‌انجامید به طور موازی دنبال می‌شدند. بحث‌ها و پرسش و پاسخ‌ها در نهایت منجر به بازگشت تعداد قابل توجهی از فرقانی‌ها و توبه آن‌ها شد.
اکبر گودرزی نهایتاً سوم خرداد ۵۹ به همراه جمعی دیگر از اعضای فرقان اعدام شد. تعدادی از اعضای فرقان نیز که دستشان به جنایت و قتل آلوده نبود به حبس محکوم شدند. برخی توابین هم به جبهه رفتند و بعد‌ها شهید شدند. پس از اعدام گودرزی فرقان شماره ۲۵ نشریه را به گودرزی اختصاص داد و با چاپ تصویری از وی در ذیل عکس، عبارت "مجاهد تشیع مظلوم، شهید ششم ایدئولوژیک شیعه اکبر گودرزی" را درج کرد. فرقان پیش از این پس از شهید اول، شهید ثانی و شهید ثالث؛ مجید شریف‌واقفی را شهید چهارم و علی شریعتی را شهید پنجم نامیده بود.
محمد متحدی مسئول شاخه نظامی فرقان بود که در دستگیری‌های اولیه در اردیبهشت ۵۸ دستگیر شد، اما با معرفی خود به عنوان یک فرد عادی و با توجه به اینکه هنوز اعضای اصلی فرقان دستگیر نشده بودند آزاد شد. او یک بار دیگر در آبان‌ماه دستگیر شد، اما خود را مهدی سیفی معرفی کرد و پس از حدود یک ماه که در بازداشت به سر می‌برد لوله شوفاژ زیر پنجره را کج کرد و با بریدن میله پنجره فرار کرد.
اغلب ترور‌ها با تأیید اکبر گودرزی و محمد متحدی انجام می‌شد و متحدی خود در سه ترور شهید عراقی، تقی حاجی‌طرخانی و شهید قاضی طباطبایی حضور داشت. او عامل شستشوی مغزی تعدادی از جوانان و جذب آن‌ها به فرقان بود. متحدی پس از اعدام گودرزی با جمع کردن اعضای باقی‌مانده‌ی فرقان تشکیلات "رهروان فرقان" را راه‌اندازی کرد.
رهروان فرقان که به نوعی همان تشکیلات تبریز فرقان بودند با هدف انتقام خون به اصطلاح شهدای فرقان به تهران آمدند و ترور آیت‌الله ربانی‌شیرازی، آیت‌الله موسوی‌اردبیلی، حجت‌الاسلام عبدالمجید معادیخواه از حکام شرع دادگاه فرقان و آیت‌الله خامنه‌ای را در دستور کار قرار دادند. ترور‌هایی که بیش از آنکه جنبه سیاسی یا ایدئولوژیک داشته باشد، جنبه انتقام‌گیری از نظام و ابراز وجود و حیات فرقان در عرصه را داشت.
۸ فروردین ۶۰ آیت‌الله ربانی‌شیرازی در شیراز هدف گلوله قرار گرفت، ولی به شهادت نرسید. رهروان فرقان پس از ترور ناموفق آیت‌الله ربانی‌شیرازی چندین بار برای ترور آیت‌الله موسوی‌اردبیلی و حجت‌الاسلام معادیخواه اقدام کردند، اما موفق نشدند. هر بار یا بمبی که در مسیر کار گذاشته بودند عمل نمی‌کرد، یا مسیر خودروی حامل شخصیت عوض می‌شد.
ناموفق بودن ترور به شیوه بمب‌گذاری در مسیر عبور شخصیت‌ها و بالا بودن ریسک ترور به شیوه سوار بر موتور، رهروان فرقان را به سمت ایده جدید استفاده از ضبط صوت بمب‌گذاری شده برد. ایده‌ای که اولین‌بار توسط محمد متحدی مطرح شد.
مسعود تقی‌زاده در این‌باره می‌گوید: «این طرح مخصوصاً بعد از عدم موفقیت در کار‌های [حجت‌الاسلام]معادیخواه یا [آیت‌الله]موسوی‌اردبیلی خیلی فکر مهدی را مشغول کرده بود. یک طرحی را برای من کشیده بود که از روی آن یکی را درست کنم و آن یک مکعب مستطیل بود که در آن چند سوراخ به نظر ۹ میلیمتری با فواصل مساوی تعبیه شده بود و سپس بعد از تهیه آنکه من به یک تراشکاری دادم و حتی وی مشکوک شده بود و اوستایش گفته بود که این برای اسلحه است و من با هزار مکافات و توجیه بالاخره گرفتم و مهدی بعد از چند روز کار روی آن چیزی درست کرده بود به قرار زیر که چهار تا فشنگ در سوراخ‌ها قرار می‌داد (در هر سوراخ یک عدد) و سپس یک صفحه را که چهار میخ به آن وصل کرده بود و توسط یک محور وسط این صفحه را به سمت مکعب مستطیل می‌کشید که اگر ضامن را کشیده و صفحه را به عقب برده و رها می‌کردیم، میخ‌ها بر روی فشنگ‌ها خورده و آن‌ها هم عمل می‌کردند.
البته به نظر درست بود، ولی وقتی من و رضا در جاده سولقان آن را هر چه امتحان کردیم عمل نکرد. اولین دفعه با ماشین رفتیم، حسین هم بود که عمل نکرد. وقتی دفعه دوم که مهدی می‌گفت: حتماً ضامنش را نکشیده‌اید با رضا رفتیم، باز هم نتیجه نداد. به این ترتیب مسئله مانده بود تا اینکه مهدی طرحش را تغییر داده و این بار به جای چهار سوراخ یک سوراخ گذاشته بود.
قسمتی با قطر بزرگ و این همان طرحی بود که در ضبط [ترور آیت‌الله]خامنه‌ای استفاده شد. البته این را امتحان کرده بودم و خوب هم عمل کرده بود. البته به غیر از من، مهدی خودش امتحان کرده بود و این دفعه در انتهای آن سوراخ که قطرش حدود یک سانتی‌متر بود به یک سوراخ کوچک منتهی می‌شد، آن سیم چاشنی برق از آنجا خارج می‌شد و سپس مقداری باروت روی چاشنی ریخته و سپس هم تعدادی ساچمه بلبرینگ روی آن ریخته و دایره پلاستیکی و چسب روی آن‌ها گذاشته و ثابت می‌کردند.»
به این ترتیب طرح ترور آیت الله خامنه‌ای عضو شورای انقلاب، امام جمعه موقت تهران، نماینده مجلس اول و از اعضای ارشد حزب جمهوری اسلامی اجرا شد.
پس از رساندن آقای خامنه‌ای به اتومبیل، بیرون از مسجد، در آغوش محافظ، لحظاتی به هوش آمد. سرش را بالا آورد، اما زود سرش افتاد. محافظ‌ها بلیزر سفید را انگار که ترمز نداشت، با سرعتی غیر قابل تصور می‌راندند. در مسیر بیمارستان، هر وقت به هوش می‌آمد، زیر لب زمزمه‌ای می‌کرد؛ شهادتین می‌گفت. لب‌ها و چشم‌ها خیلی کم تکان می‌خوردند.
در خیابان قزوین، خودرو به یک درمانگاه کوچک رسید. پنج نفر آدم با قیافه خون‌آلود و اسلحه به دست، وارد درمانگاه شدند و مجروح را روی دست این طرف و آن طرف بردند. با آن صورت خون‌آلود، کسی امام جمعه شهر را نشناخت. دکتری با گوشی، ضربان قلب را گرفت و گفت که "نمی‌شود کاری کرد".
محافظ‌ها با سرعت به سمت در خروجی رفتند. پرستاری که تازه از راه رسیده بود، پرسید که "ایشان کی هستند؟ دارند تمام می‌کنند". اسم آقای خامنه‌ای را که شنید، گفت: «ببریدشان بیمارستان؛ اما یک کپسول اکسیژن هم با خودتان ببرید.»
انگار کسی صدای آن پرستار را نشنید. کپسول را برداشت و خودش را به ماشین رساند و گفت که "آقا این کپسول لازمتان است". کپسول اکسیژن و پایه آهنی چرخ‌دار را نمی‌شد داخل ماشین برد. پایه‌های کپسول را تکیه دادند روی رکاب ماشین، پرستار هم نشست بالای سر مجروح. در تمام راه، ماسک اکسیژن را روی صورت آقای خامنه‌ای نگه داشت و به همه دلداری داد.
یکی از محافظ‌ها پرسید که "حالا کجا برویم؟ " پرستار گفت: «بیمارستان بهارلو، پل جوادیه». ماشین انگار ترمز نداشت. محافظ بی‌سیم را برداشت. کُدشان "حافظ هفت"بود. «مرکز ۵۰- ۵۰»؛ این رمز آماده‌باش بود، یعنی حافظ هفت مجروح شده. کسی که پشت دستگاه بود، بلند زد زیر گریه. محافظ یک‌دفعه توی بی‌سیم گفت: «با مجلس تماس بگیر.» اسم دکتر فیاض‌بخش و چند نفر دیگر از پزشک‌های مجلس را هم گفت؛ «منافی، زرگر، … بگو بیایند بیمارستان بهارلو.»
ماشین را از در عقب بیمارستان بهارلو داخل محوطه بردند. برانکارد آورند و مجروح را پشت در اتاق عمل رساندند. دکتر محجوبی که از همدان به بیمارستان بهارلو آمده بود تازه جراحی‌اش را تمام کرده بود. داشت دستش را می‌شست که از اتاق عمل خارج شود. آقای خامنه‌ای را که با آن وضع دید، گفت: خیلی سریع دوباره اتاق عمل را آماده کنند.
سمت راست بدن پر از ترکش و قطعات ضبط صوت بود. قسمتی از سینه کاملاً سوخته بود. دست راست از کار افتاده و ورم کرده بود. استخوان‌های کتف و سینه به راحتی دیده می‌شد. ۳۷ واحد خون و فرآورده‌های خونی به مجروح زدند.
این همه خون، واکنش‌های انعقادی را مختل کرد. دو سه بار نبض افتاد. چند بار مجبور شدند پانسمان را باز کنند و دوباره رگ‌ها را مسدود کنند. کیسه‌های خون را از هر دو دست و هر دو پا به بدن تزریق می‌کردند، اما باز هم خون‌ریزی ادامه داشت.
یک‌دفعه یکی از دکتر‌ها دست از کار کشید. دستکش‌اش را درآورد و گفت که "دیگر تمام شد". فشار تقریباً صفر بود. یکی دیگر از دکتر‌ها به او تشر زد که "چرا کشیدی کنار؟ " فشار کم‌کم بالا آمد و دوباره شروع کردند. دکتر منافی، همان طور که به بیمارستان بهارلو می‌آمد، تلفن زده بود که دکتر سهراب شیبانی، جراح عروق و دکتر ایرج فاضل هم بیایند. آیت‌الله بهشتی هم دکتر زرگر را خبر کرده بود. دکتر محجوبی که حال و روز دکتر زرگر را دید، گفت که "نگران نباش، من خون‌ریزی را بند آورده‌ام".
عمل تا آخر شب طول کشید، اما دیگر نمی‌شد درمان را آنجا ادامه داد. کنترل امنیتی بیمارستان بهارلو مشکل بود. تنها بیمارستانی هم که می‌شد بعد از عمل مراقبت‌های لازم را به عمل آورد، بیمارستان قلب به ریاست دکتر میلانی‌نیا بود. چند ماه بعد، نام همین بیمارستان را گذاشتند "بیمارستان قلب شهید رجایی".
هلی‌کوپتر خبر کردند. نمی‌توانستند بیمار را از میان ازدحام مردم نگران بیرون ببرند. محافظ پشت بی‌سیم گفته بود که قلب ایشان صدمه دیده؛ رادیو هم همین را اعلام کرده بود. مردم نگران بودند که نکند قلب ایشان از کار افتاده باشد، آمده بودند و می‌گفتند که "قلب ما را بردارید و به ایشان بدهید". با هزار ترفند، هلی‌کوپتر را وسط میدان بیمارستان نشاندند. تا به بیمارستان قلب برسند، خط مونیتور وضعیت نبض، دو بار ممتد شد.
دکتر‌ها می‌گفتند آقای خامنه‌ای چند مرتبه تا مرز شهادت رفته و برگشته. یک‌بار همان انفجار بمب بود، یک‌بار خون‌ریزی بسیار وسیع و غیرقابل کنترل بود، یک‌بار هم جمع شدن پروتئین‌ها در ریه و حالت خفگی. همه این‌ها گذشت، اما بیمار تب و لرز شدیدی داشت. چند پتو می‌انداختند روی او.
آقای خامنه‌ای لوله تنفس داشت و نمی‌توانست حرف بزند. خودش کاملاً حس کرده بود که دست راستش کار نمی‌کند. اولین چیزی که با دست چپ نوشت، دو سوال بود؛ «همراهان من چطورند؟»، «مغز و زبان من کار خواهد کرد یا نه؟»
بحث دکتر‌ها این بود که بالاخره تکلیف این دست چه می‌شود؟ شکستگی‌اش رو به بهبود بود، ولی هیچ علامت حرکتی نداشت. چند نفر از جراحان و ارتوپد‌ها بحث می‌کردند که دست قطع شود یا بماند.
امام مرتب پیغام می‌دادند و از اطرافیان می‌پرسیدند که "آقاسیدعلی چطورند؟ " پیامشان ساعت دو بعد از ظهر پخش شد. دکتر میلانی‌نیا رادیو را گذاشت کنار گوش آقای خامنه‌ای. آن موقع ایشان به هوش بودند؛ روح تازه‌ای انگار در وجودشان دمید، جان گرفتند.
حال آیت‌الله خامنه‌ای بهتر بود، اما هنوز قضیه‌ی ۷۲ تن و شهادت شهید بهشتی را نمی‌دانست. از تلویزیون برای تهیه گزارش آمدند. پرسیدند حالتان چطور است؟ گفت: «من بحمدالله حالم خیلی خوب است» و شعر رضوانی شیرازی را خطاب به امام خواند: «بشکست اگر دل من به فدای چشم مستت، سر خُمِّ می‌سلامت شکند اگر سبویی».
امام جمعه موقت تهران کم‌کم به اطرافیان فشار می‌آورد که "آقاجان من باید از وضع کشور اطلاع پیدا کنم. شما هم رادیو را از من گرفته‌اید، هم تلویزیون را". دکتر‌ها بهانه می‌آوردند که امواج رادیویی، دستگاه‌های درمانی ما را به‌هم می‌ریزد و عملکردشان را مختل می‌کند! خیلی از چهره‌های انقلاب برای عیادت می‌آمدند، اما آقای خامنه‌ای مرتب از شهید بهشتی می‌پرسید و اینکه "چرا همه می‌آیند، اما ایشان نمی‌آید؟ " شک کرده بود که یک خبر‌هایی هست.
اطرافیان هم مانده بودند که چطور به او بگویند. دکتر منافی پیشنهاد داد که بهترین راه این است که حاج احمد آقا و آقایان رجایی و باهنر و هاشمی‌رفسنجانی بیایند و کم‌کم ایشان را مطلع کنند. جمع شدند، اما باز هم نتوانستند بگویند. گفتند فقط یکی دو نفر شهید شده‌اند.
آقای خامنه‌ای از جمع آن شهیدان به دو نفر خیلی علاقه داشت؛ دکتر بهشتی و محمد منتظری. اولین کسی هم که به بیمارستان بهارلو آمده بود، محمد منتظری بود.
آقای خامنه‌ای اول پرسیدند که "آقای بهشتی چطورند؟ " گفتند یک مقدار پاهایش مجروح شده است. آقایان که رفتند، آقای خامنه‌ای رو کرد به دکتر میلانی‌نیا و پرسید که "شما از حال ایشان خبر داری؟ " دکتر گفت: «بله، از وضعشان باخبرم.» پرسید: «مراقبت جدی از حال ایشان می‌شود؟ آنجا هم سر می‌زنید؟» بعد هم دکتر را سؤال‌پیچ کرد. دکتر میلانی‌نیا با بغض از اتاق بیرون رفت.
دوباره که آمد، آقای خامنه‌ای را دید که بچه‌های همراه را جمع کرده و از آن‌ها بازجویی می‌کند. دکتر هم نشست و یکی یکی اسم همه شهدای حزب جمهوری اسلامی را که فردای سوءقصد به آیت‌الله خامنه‌ای به شهادت رسیده بودند به او گفت. هفتم تیر ۶۰، هنوز خبر ترور روز گذشته آیت‌الله خامنه‌ای داغ بود که ساختمان حزب جمهوری در خیابان سرچشمه تهران منفجر شد و شهید بهشتی به همراه ۷۲ نفر از اعضای حزب جمهوری به شهادت رسیدند. حدود دو ماه بعد هم با انفجار دفتر نخست‌وزیری، رئیس‌جمهور محمد علی رجایی و نخست‌وزیر محمدجواد باهنر به شهادت رسیدند.
پس از این اتفاقات آیت‌الله خامنه‌ای به اصرار اعضای حزب و موافقت امام (ره) کاندیدای انتخابات ریاست جمهوری شد و در حالی که هنوز جراحت دستش بهبود پیدا نکرده بود در سومین انتخابات ریاست جمهوری در ۱۰ مهر ۱۳۶۰ با کسب ۱۵ میلیون و ۹۰۵ هزار و ۹۸۷ رأی (۹۵ درصد آرا) به عنوان سومین رئیس جمهوری اسلامی ایران انتخاب شد. ریاست جمهوری آیت‌الله خامنه‌ای تا ۱۴ خرداد ۱۳۶۸ ادامه یافت تا اینکه با درگذشت امام (ره)، در جلسه تاریخی خبرگان اعضای این مجلس ایشان را به عنوان رهبر جمهوری اسلامی انتخاب کردند.
ترور آن روز فرقان پس از رهبری آیت‌الله خامنه‌ای به صورت ترور شخصیتی و توسط افراد و گروه‌های مختلف به خصوص دشمنان انقلاب اسلامی تا امروز ادامه پیدا کرده است. حالا هم خبر رسیده که دولت آمریکا به ریاست دونالد ترامپ، رهبر جمهوری اسلامی و اطرافیان ایشان را در لیست تحریم‌های خود قرار داده است.
شاید هنوز ترامپ و آمریکایی‌ها نمی‌دانند کسی که در ششم تیر ۱۳۶۰ از گزند بمبی که در چند سانتی‌متری او قرار داشت با وجود جراحات فراوان توانست خود را به سلامت عبور دهد و قطار انقلاب را هم پس از امام تا اینجا با وجود تمام فراز و نشیب‌ها به سلامت هدایت کرده، ترسی از تحریم خود و اطرافیانش ندارد.
