آیت‌الله هاشمی در این باره گفت: «در مورد سخنان اخیر آقای یزدی همان‌گونه که قبلاً هم گفتم جوابم تا کنون به سخنان توام با عصبانیت و غرض‌آلود ایشان سلام بوده است، ولی با صحبت‌های دیروز ایشان و اطلاعات رسیده، این بار بوی توطئه به مشام می‌رسد و درباره مسائل ایشان در زمان امام راحل و در جلسه انتخاب رهبری بعد از ارتحال امام و در قوه قضاییه به صورت کتبی مطالبی را گوشزد خواهم کرد.»
اعتمادآنلاین نوشت: با وجود تکذیبه روابط‌عمومی جامعه مدرسین حوزه علمیه قم در مورد تازه‌ترین نقل قول منتسب به آیت‌الله یزدی، این اولین بار نیست که اظهارنظر او حاشیه‌ساز می‌شود. صحبت‌های آیت‌الله یزدی به عنوان رئیس یکی از معروف‌ترین و بانفوذترین جوامع حوزوی کشور و دبیر شورای عالی حوزه‌های علمیه هم مسبوق به سابقه است و هم هر از گاهی جنجالی می‌شود.
صحبت‌های منتشرشده به نقل از آیت‌الله محمد یزدی بار دیگر جنجال‌آفرین شد. فرید مدرسی، روزنامه‌نگار حوزه‌های علمیه و روحانیون شیعه، در کانال تلگرامی خود مطلبی منتسب به آیت‌الله محمد یزدی، رئیس جامعه مدرسین حوزه علمیه قم، منتشر کرده است که در آن انتقادهای تندی خطاب به آیت‌الله صادق آملی لاریجانی، رئیس مجمع تشخیص مصلحت نظام؛ حسن روحانی، رئیس‌جمهوری و آیت‌الله علوی بروجردی مطرح شده است. مباحثی که بار دیگر واکنش‌های گسترده‌ای را در پی داشته است.
آیت‌الله مقتدایی: اگر در زمان مسئولیت به فرد تذکر داده نشد، بعد از آن هم باید سکوت کرد
اگرچه پس از مدتی از انتشار این مطلب در کانال فرید مدرسی، روابط‌عمومی جامعه مدرسین طرح این موضوع از سوی آیت‌الله محمد یزدی را تکذیب کرد اما آیت‌الله مقتدایی با تایید تلویحی این صحبت به «ایرناپلاس» گفته است: «آقای یزدی این‌گونه مطالب را که در ذهنشان بود گاهی در جلسات جامعه مدرسین مطرح می‌کردند و حالا علنی آن را بیان کرده‌اند. اگر با من مشورت می‌شد می‌گفتم طرح علنی این مسائل به مصلحت نیست، ولی حالا خودشان صلاح دیدند. ولی من در این قضیه به طور کلی وارد نمی‌شوم.»
او در ادامه با اشاره به انتقاد آیت‌الله یزدی نسبت به آیت‌الله آملی لاریجانی تاکید کرد: «به نظرم همین شخص اگر کار خلافی داشته، اگر صلاح می‌دانستند، همان وقت تذکر می‌دادند، ولی اگر صلاح نمی‌دانند و سکوت کردند، باید همیشه سکوت کنند. اگر کسی سر پستی بود و رفت، بعد انتقاد کنند این کار درستی نیست. به نظر من هم این کار صحیحی نیست.»
اما این اولین بار نیست که صحبت‌های آیت‌الله یزدی حاشیه‌ساز می‌شود. صحبت‌های او به عنوان رئیس یکی از معروف‌ترین و بانفوذترین جوامع حوزوی کشور و دبیر شورای عالی حوزه‌های علمیه هم مسبوق به سابقه است و هم هرازگاهی جنجالی می‌شود.
نامه تهدیدآمیز آیت‌الله به آیت‌الله العظمی شبیری زنجانی
پنج آبان ماه سال 97 آیت‌الله یزدی نامه‌ای سرگشاده خطاب به آیت‌الله سیدموسی شبیری زنجانی، مرجع تقلید منتشر کرد که تا مدت‌ها مورد توجه جوامع سیاسی و حوزویان قرار داشت. چندی قبل از انتشار این نامه عکسی از دیدار برخی شاگردان آیت‌الله شبیری زنجانی با او منتشر شد که خطاب و تذکر یزدی هم درباره همان عکس بود.
اما داستان این عکس چه بود؟ عبدالله نوری، سیدمحمد موسوی‌خوئینی‌ها، سیدمحمد خاتمی، غلامحسین کرباسچی و عبدالمجید معادیخواه که همگی از شاگردان آیت‌الله سیدموسی شبیری زنجانی هستند دیداری با او در منزل عبدالله نوری ترتیب داده و با او ملاقات کردند. انتشار این عکس و حضور سیدمحمد خاتمی در این جلسه گویا به مذاق آیت‌الله یزدی و برخی دیگر خوش نیامده بود و برهمین اساس هم رئیس جامعه مدرسین حوزه علمیه قم در نامه‌ای گزنده خطاب به آیت‌الله شبیری زنجانی، هم‌نشینی با برخی از چهره‌ها را نامناسب دانسته و خواستار رعایت شئون اسلامی از طرف او شده بود. اگرچه شخص آیت‌الله شبیری زنجانی و دفتر ایشان واکنشی نسبت به آن نامه نشان ندادند اما بسیاری تحلیل‌ها از اختلافات میان اعضای جامعه مدرسین پس از انتشار این نامه حکایت داشت. بر همین اساس آیت‌الله محمد عندلیب همدانی از اعضای این جامعه همان زمان استعفای خود را تقدیم آیت‌الله یزدی کرد و بسیاری آن را آغاز انشقاق در میان این جامعه روحانی دانستند.
حمله به آیت‌الله هاشمی رفسنجانی و تهدید به انتشار نامه کتبی
پیش از این هم آیت‌الله یزدی در سال 88 و در اوج تنش‌های بعد از انتخابات سال 88 موضوعی را خطاب به مرحوم آیت‌الله هاشمی‌رفسنجانی مطرح کرد که با واکنش صریح او روبه‌رو شد و در نهایت هم گویا با میانجی‌گری برخی چهره‌های روحانی موضوع فیصله یافت.
بعد از روزهای پرتنش پس از انتخابات سال 88 و حوادث پس از آن صحنه سیاسی کشور محل انتقادات تند برخی مسئولان بود. پس از آن وقایع و در بهمن‌ماه سال 88 آیت‌الله هاشمی رفسنجانی با تاکید بر این موضوع که اصلح‌ترین فرد برای حل مشکلات فعلی رهبر انقلاب هستند، گفت: «با کمک افراد معتدل از هر دو جناح موجود کشور و با تدبیر رهبری مسائل موجود قابل حل و فصل است.»
این صحبت‌های آیت‌الله هاشمی‌رفسنجانی که در آن زمان ریاست مجلس خبرگان رهبری و مجمع تشخیص مصلحت نظام را بر عهده داشت با واکنش تند آیت‌الله یزدی روبه‌رو شد. او صحبت‌های رئیس مجلس خبرگان را نوعی توهین و جسارت به رهبری انقلاب تفسیر کرد.
رئیس جامعه مدرسین حوزه علمیه در ادامه گفته بود: «من این نوع اظهارات را نمی‌فهمم؛ شما با حکم رهبری مسئولیت گرفته‌اید آن وقت این طوری صحبت می‌کنید. هر جا که آیت‌الله خامنه‌ای بروند ملت و ما دنبال ایشان خواهیم بود؛ اما آقای هاشمی این را بدانید که دنبال شما نمی‌آییم.»
با طرح این موضوعات از طرف رئیس جامعه مدرسین حوزه علمیه قم، آیت‌الله هاشمی رفسنجانی تهدید به انتشار کتبی برخی مباحث کرد.
آیت‌الله هاشمی در این باره گفت: «در مورد سخنان اخیر آقای یزدی همان‌گونه که قبلاً هم گفتم جوابم تا کنون به سخنان توام با عصبانیت و غرض‌آلود ایشان سلام بوده است، ولی با صحبت‌های دیروز ایشان و اطلاعات رسیده، این بار بوی توطئه به مشام می‌رسد و درباره مسائل ایشان در زمان امام راحل و در جلسه انتخاب رهبری بعد از ارتحال امام و در قوه قضاییه به صورت کتبی مطالبی را گوشزد خواهم کرد.»
هرچند بعد از طرح این موضوع سیداحمد خاتمی، امام جمعه موقت تهران، نقش میانجی را بازی کرد و با تماسی که با هاشمی رفسنجانی داشت او را از انتشار نامه کتبی منصرف کرد.
