پنج روز پس از انفجار دفتر نخست‌وزیری و شهادت محمدعلی رجایی و محمدجواد باهنر، هاشمی‌رفسنجانی در خطبه دوم نماز جمعه تهران به رد اتهاماتی که ازسوی منافقین وارد می‌شد، پرداخت و از بهزاد نبوی دفاع کرد. پیش‌تر پس از انفجار مقر حزب جمهوری اسلامی در هفتم تیر همان سال، شایع شده بود که هاشمی‌رفسنجانی، بهزاد نبوی و محمدعلی رجایی لحظاتی قبل از انفجار مقر حزب را ترک کرده‌اند.
شرق در ادامه نوشت: پس از انفجار دفتر نخست‌وزیری در هشتم شهریور‌ماه نیز بهزاد نبوی، سخنگوی وقت دولت، به‌دلیل اینکه او مسعود کشمیری را به رجایی معرفی کرده بود، در مظان اتهام قرار گرفت. به گزارش «انتخاب»، هاشمی‌رفسنجانی در آن نماز جمعه گفته بود: «ما نمی‌توانیم بگوییم ازدست‌دادن این دو شهید [رجایی و باهنر]خسارت نبود بلکه خسارت بزرگی بود و هر فردی مانند این‌ها را از دست بدهیم، باز هم خسارت است، ولی چون در راه خداست با خواست خدا جبران می‌شود.
کمتر کسی به اندازه من می‌تواند درباره شهید باهنر و شهید رجایی چیزی بداند. از سال۳۴ تقریبا همیشه با دکتر باهنر بودم. روز‌های اول ورودشان به قم با هم آشنا شدیم و نشریه‌ای به نام «مکتب تشیع» را با هم منتشر می‌کردیم، در یک حجره با هم زندگی می‌کردیم و درنهایت تفاهم با هم کار می‌کردیم. اولین مقاله‌ای که دکتر باهنر در مکتب تشیع منتشر کرد، آن‌چنان در حوزه علمیه قم درخشید که مورد توجه تمام صاحب‌نظران قرار گرفت...».
هاشمی نظر خود را درباره شهید رجایی هم این‌گونه بیان کرد: «شهید رجایی مردی عارف بود که خدا را واقعا شناخته بود و به راستی ایمان داشت. مقاومتش در تمام دوره زندان بی‌نظیر است. ما در تمام دوران مبارزه از سال۴۱ تا ۵۷ کسی را نداریم که بیست‌وچندماه در یک سلول بماند و مرتب زیر شکنجه باشد و حرف نزند. بعد از ۱۳ماه اسارت ایشان، وقتی من به زندان رفتم، دیدم بعد از این مدت شکنجه و سلول انفرادی تازه ناخن‌هایش را کشیده‌اند.
زندان‌رفته‌ها می‌دانند که شکنجه در همان یکی، دو هفته اول معمول بود که اگر کسی حرفی داشت می‌زد والا پرونده‌اش را تکمیل کرده و او را به زندان عمومی می‌فرستادند. رجایی مردی باتقوا و زاهد بود و کسی بود که اگر امام تکلیف نمی‌کرد حاضر نبود با ماشین شخصی حرکت کند و اصرار داشت با اتوبوس از این طرف به آن طرف برود. همان‌طور که خانواده او این‌طور هستند. او همیشه آماده کار بود...».
هاشمی درباره اتهامات مطرح شده ازسوی منافقین هم گفت: «اینکه می‌گویند منافق کور و در ظلمات گرفتار می‌شود، این است، اما در کنار ترور اشخاص، ترور شخصیت‌ها نیز در نظر است. یعنی یکی را می‌کشند و دیگری را بدین وسیله بدنام می‌کنند. به دنبال این شایعات اخیر می‌شنویم که در صددند شخصیت بهزاد نبوی، یکی از اشخاص معتبر این مملکت را در همین رابطه زیر سؤال قرار دهند که تحقیقا به این نتیجه رسیده‌ایم که سرمنشأ این جریان به لیبرالیسم و منافقین می‌رسد و ما باید تقوای سیاسی داشته باشیم و حرف‌های بی‌اعتبار را به‌صورت شایعه پراکنده نکنیم که این مهم‌ترین تقواست.
در کنار ترور اشخاص برنامه ترور شخصیت‌های مشابه هم هست؛ یعنی برنامه می‌ریزند یکی را بکشند، یکی هم در کنار او بدنام کنند. برای اینکه دو کار کرده باشند. گاهی موفق می‌شوند.
آن روزی که بمب در دفتر حزب جمهوری اسلامی منفجر شد و ۷۲ نفر شهید شدند زیرکانه نوشتند که هاشمی‌رفسنجانی، رجایی و بهزاد نبوی بنا بود در آن مجلس باشند، ولی به‌طور معجزه‌آسا و یا مرموز یکی‌شان یک ساعت زودتر رفت و یکی نبود و یکی فلان و یک‌جوری نوشتند کأنه جو را آلوده بکنند که این‌ها خودشان این کار‌ها را کرده‌اند. بعضی‌ها هم نوشتند که مثلا آیت‌الله بهشتی در مقام امام یک فلان حرفی زده و حادثه این‌جوری پیش آمده برای اینکه محیط را آلوده بکنند و سوءظن بکنند.
اخیرا من شنیدم تلفن‌هایی به کار افتاده و افرادی جریان‌هایی که تحقیقا ریشه‌اش در لیبرالیسم است و یا خود منافقین است شخصیت بسیار معتبر این جمهوری، آقای بهزاد نبوی را دارند زیر علامت سؤال قرار می‌دهند و این ترور دوم است؛ یعنی آن تروری بوده که خواسته‌اند در کنارش این ترور هم باشد.
اگر رجایی را بیرون کردند، بهزاد را هم این‌جوری بیرون کنند و بعد بدنامی برای دیگران درست بکنند. ملت ما باید رشید باشد و عاقل باشد و جایی که مسئولان اعتماد دارند و می‌شناسند و اعتماد می‌کنند زیر بار این‌گونه توطئه‌ها نروند و این بدنامی‌ها را که می‌خواهند برای اشخاص درست بکنند، این‌ها با صبر سیاسی دفع بکنند. (تکبیر حاضرین) و ما باید تقوای سیاسی داشته باشیم که حرف‌های بی‌اعتبار را به‌صورت شایعه و نقل و این‌طور کار‌ها را نکنیم که خیلی بد است. مهم‌ترین تقوی همین‌جاست».
