گرچه روایت مرعشی رخ داده است و هاشمی در پی باخت از احمدی‌نژاد یک روز هم مسئولیتش در مجمع تشخیص را رها نکرد و همان فردایش در مجمع حاضر شد، اما می‌شد دریافت که از این باخت و البته هجمه‌هایی که علیه‌اش انجام شد، به‌شدت ناراضی بود.
انتخابات ریاست‌جمهوری سال ۸۴ نقطه عطف مهمی برای اصلاح‌طلبان به شمار می‌رود؛ بزنگاهی که آنها نتوانستند با اتخاذ سیاستی جامع، بر بال سرمایه اجتماعی خود بنشینند و اصلاحات را در سیاست رسمی ادامه دهند.
به گزارش شرق؛ برگزارکننده انتخابات دولت اصلاحات بود. آرای نامزد‌های اصلاح‌طلب یعنی کروبی، معین و مهرعلیزاده، صرف‌نظر از آرای هاشمی (آن زمان هاشمی اصلاح‌طلب شناخته نمی‌شد)، به قدری بود که اگر اجماع رخ می‌داد، حتما یکی از آنها به دور دوم می‌رفت و در نهایت رقیب یعنی احمدی‌نژاد آن‌قدر ناشناخته بود که پیروزی بر او اصلا سخت نباشد؛ اما به گواه تاریخ و اقرار تمام فعالان سیاسی اصلاح‌طلب، اصلاح‌طلبان در آن دوره به خود باختند تا سرنوشت سیاسی خودشان و حتی کشور تغییر کند.
اصلاح‌طلبان تا آن زمان هم هنوز هاشمی‌رفسنجانی را به‌عنوان یک نیروی هم‌جهت با خود به رسمیت نمی‌شناختند و حتی در جریان انتخابات ریاست‌جمهوری آن سال نیز تا زمانی که امید به نامزد‌های خود داشتند، هیچ حمایتی از هاشمی نکردند؛ هرچند پر‌بیراه نبود اگر گزینه اصلی جبهه اصلاحات مهدی کروبی می‌شد و مهرعلیزاده و معین به نفع او کنار می‌رفتند؛ کروبی اگر در دور اول پیروز نمی‌شد، می‌توانست به جای احمدی‌نژاد با هاشمی رقابت کند و بر اساس آمار مشخص است اگر چنین می‌شد، کروبی در مقابل هاشمی پیروز میدان می‌شد؛ اما به هر روی اصلاح‌طلبان علاوه بر آنکه با نامزد‌های متعدد برای یک وزن‌کشی سیاسی وارد صحنه انتخابات شده بودند، می‌کوشیدند با نفی هاشمی، آرا را به نفع خود جذب کنند.
ناگفته نماند که هاشمی هم تمایلی به انتصاب به اصلاح‌طلبان نداشت و گفته بود: «اگر فرد شایسته‌ای در عرصه حضور نیابد، وارد انتخابات خواهم شد» که این سخن به مذاق اصلاح‌طلبان خوش نیامد و با نامه کروبی خطاب به هاشمی مشخص شد اختلاف‌ها کاملا علنی و محسوس است.
او با لحنی گلایه‌مند نوشته بود: «اگر روند تحقیر سایر کاندیدا‌ها و گروه‌های سیاسی ادامه یابد، چاره‌ای جز طرح ناگفته‌های دیگر درباره عملکرد اجرائی گذشته شما نخواهد بود. بیانیه شما گویای آن است که ظاهرا جنابعالی به این نتیجه رسیده‌اید که تنها فرد قادر به رفع نگرانی‌ها خود حضرتعالی هستید؛ در‌حالی‌که معتقدم بذر بسیاری از نگرانی‌ها در دولت جنابعالی کاشته شد و اکنون چیزی را درو می‌کنیم که خود حضرتعالی سال‌ها شاهد کاشته‌شدن و روییدن آن بودید و متأسفانه در برابر آن سکوت یا رفتار تأییدآمیز داشتید».
کروبی در این نامه با اشاره به رد صلاحیت تعدادی از «نیرو‌های انقلابی» در دوران ریاست‌جمهوری هاشمی آورده بود: «آیا در جریان هستید که بر اساس اخبار موجود، جرم اصلی همسر شهید رجایی که منجر به رد صلاحیت او شد، ادعای اهانت به جنابعالی و خانواده محترم‌تان بود؟».
همین دست اختلاف‌ها که به نوعی ادامه اختلاف‌های نیرو‌های چپ با هاشمی در دهه ۷۰ بود، باعث شد اصلاح‌طلبان و هاشمی مسیر مستقل خود را بروند تا آنجا که اصلاح‌طلبان از سر استیصال و در دوگانه هاشمی-احمدی‌نژاد، هاشمی را برگزینند که البته دیگر دیر بود و بدنه اجتماعی این چرخش ناگهانی را نپذیرفت و شد آنچه برای همه مردم ایران بسیار عجیب بود؛ هاشمی انتخابات را واگذار کرد و احمدی‌نژاد که تا آن زمان شناسنامه خاصی در عالم سیاست نداشت، فاتح انتخابات و رئیس پاستور شد؛ فردی که به گفته شخصیتی اصولگرا مانند مهدی چمران، تصور نمی‌شد فردی مانند او رئیس‌جمهور ایران شود.
چمران چندی‌پیش در گفتگو با سایت «فردا» گفته بود: «من سال‌ها در حوزه معماری و شهرسازی کار کرده بودم و با این عرصه آشنا بودم و سال‌ها هم بر طرح جامع تهران کار کرده‌ام. به همین دلیل ارتباط نزدیکی با آقای احمدی‌نژاد برقرار شد. چندی‌قبل از انتخابات ریاست‌جمهوری سال ۸۴ یعنی در راهپیمایی ۲۲ بهمن سال ۸۳، بنا شد با هم به راهپیمایی برویم. نزدیک میدان انقلاب جایی قرار گذاشتیم و با هم به سمت میدان انقلاب حرکت کردیم. مردم که ما را می‌دیدند، به سلام و علیک می‌پرداختند و به آقای احمدی‌نژاد می‌گفتند که خودت بیا و برای ریاست‌جمهوری نامزد بشو. من در آن زمان این حرف را کاملا معمولی می‌دانستم که حالا عده‌ای از شهردار چنین درخواستی را می‌کنند؛ اما بعدش احساس کردم این موضوع جدی شده است. آقای احمدی‌نژاد در فروردین سال ۸۴ به من گفت می‌خواهم نامزد ریاست‌جمهوری شوم. من با نامزدی او در انتخابات ریاست‌جمهوری مخالف بودم. آقای دکتر شیبانی که در شورای شهر بزرگ ما بود نیز به‌شدت مخالف بود و می‌گفت وقتی در مسئولیت شهرداری خوب کار می‌کنی، چه دلیلی دارد به ریاست‌جمهوری فکر کنی؟ از سوی دیگر، من گفتم امکان رأی‌آوری با وجود شخصیت‌های دیگر و فعالیت جناح‌های مختلف بسیار سخت است؛ اما آقای احمدی‌نژاد اصرار داشت که می‌خواهم نامزد شوم که در نهایت ما هم تصمیم گرفتیم همکاری کنیم».
حالا و بعد از گذشت ۱۶ سال از انتخابات نهمین دوره ریاست‌جمهوری، سید‌حسین مرعشی در گفت‌وگویی به ذکر روایتی تازه از شب انتخابات در دور دوم پرداخته و از واکنش هاشمی‌رفسنجانی به باختش در مقابل احمدی‌نژاد گفته است.
روایت مرعشی این‌گونه است: «در سال ۸۴ که مرحله دوم انتخابات بود، ساعت ۱۰و‌نیم شب آقای هاشمی به من زنگ زدند و گفتند از آیت‌الله خامنه‌ای پیامی به من رسیده که جشن نگیرید و من به حاج آقا گفتم که جشن را قرار است رقیب ما بگیرد، چون ما انتخابات را واگذار کردیم. آقای هاشمی به من گفتند من دارم می‌خوابم، نتیجه که نهایی شد من را بیدار نکنید و فردا صبح به من بگویید و ایشان واقعا ساعت ۱۰و نیم شب خوابیدند و من شش صبح از آقای کرباسچی و آقای محمد هاشمی خواهش کردم به خانه بروند و به ایشان بگویند و ایشان ساعت هشت در جلسه مجمع حضور پیدا کردند. شخصیتی در سطح آقای هاشمی به احمدی‌نژاد باخته و این شوک بزرگی به‌طور طبیعی است، ولی به آقای هاشمی شوک وارد نمی‌شد و هیچ وقت هم بعد از این تصمیم نگرفتند که در انتخابات شرکت نکنند».
گرچه روایت مرعشی رخ داده است و هاشمی در پی باخت از احمدی‌نژاد یک روز هم مسئولیتش در مجمع تشخیص را رها نکرد و همان فردایش در مجمع حاضر شد، اما می‌شد دریافت که از این باخت و البته هجمه‌هایی که علیه‌اش انجام شد، به‌شدت ناراضی بود.
او در نامه‌ای سرگشاده خطاب به مردم نوشت شکایت خود را به خدا می‌برم: «بنا ندارم که در مورد انتخابات، شکایت به داورانی که نشان دادند نمی‌خواهند یا نمی‌توانند کاری بکنند، ببرم و شکایت خود را فقط همانند مورد قبل در دادگاه عدل الهی مطرح می‌کنم؛ خدایی که با توکل بر او و برای جلب رضایتش به صحنه آمدم و با او معامله کردم و می‌دانم در انتقام الهی اگر کسی معاقب شود، قطعا مردم، انقلاب اسلامی و ایران نخواهند بود و فقط مجرمان واقعی مجازات می‌شوند. آنها که برای تضعیف رقیب، از راه تضعیف انقلاب وارد شدند، چون می‌دانستند او در هر حالت از انقلاب دفاع می‌کند و ابایی از بر‌عهده‌گرفتن مسئولیت‌ها ندارد و آنها که به گونه‌ای بی‌سابقه با هزینه‌های ده‌ها میلیاردی از بیت‌المال، اینجانب و بستگانم را ظالمانه تخریب کردند و آنها که با استفاده از امکانات نظام به صورت سازمان‌دهی‌شده و نامشروع در انتخابات دخالت کردند. تردیدی ندارم که جزای چنین ظلمی به کشور و مردم و من جز خسران دنیا و آخرت نخواهد بود. دائما از خداوند مهربان می‌خواهم که این انقلاب و این کشور و مردم را از شر دشمنان و فرصت‌طلبان بی‌منطق و بی‌ایمان حفظ نماید و راه امام راحل و ثمره مجاهدات شهدا، جانبازان، مفقودان، آزادگان و خانواده‌های گران‌قدرشان را پاینده دارد. لازم می‌دانم از کسانی که در انتخابات در حمایت از اینجانب متحمل زحماتی شدند و بیش از ۱۰ میلیون از مردمی که به رغم تخریب‌های کوه‌شکن با رأی خود به من ابراز اعتماد کردند، تشکر نمایم».
هاشمی در آن سال انتخابات را باخت تا هم او و هم اصلاح‌طلبان در شرایط سختی قرار بگیرند؛ شرایطی که از نظر فضای سیاسی برای هر دو آنها سخت شد؛ از انتخابات ریاست‌جمهوری سال ۸۸ که متعاقبش انزوای کامل چهارساله ایشان را رقم زد تا سال ۹۲ که دیگر هاشمی حتی صلاحیتش در انتخابات هم تأیید نشد تا حالا که دایره صلاحیت‌دار‌ها آن‌قدر محدود شده است که علاوه بر همه نامزد‌های اصلی اصلاح‌طلبان، فرزند هاشمی و حتی اصولگرایانی که تنها در برخی زمینه‌ها هم‌نظر اصلاح‌طلبان‌اند نیز ردصلاحیت شدند. با این اوصاف، به دقت می‌توان گفت انتخابات ریاست‌جمهوری سال ۸۴ بزنگاهی است که بیشترین تأثیر را بر سرنوشت هاشمی و اصلاح‌طلبان گذاشت.
