به عقیده برخی از کارشناسان، در عصر خوارزمشاهیان نیز بازسازی زیادی در حرم امام رضا (ع) صورت گرفت و مقدار زیادی از کاشی‌های زرین‌فام و سنجری حرم، متعلق به این دوران است. دو کتیبه مربوط به دوران خوارزمشاهیان بر دیوار شمالی گنبدخانه به نام «صفه شاه‌طهماسبی» جای دارند.
باغ «حمید بن قحطبه» حاکم و والی خراسان در روستای «سناباد» حالا خیلی وقت است که نامش «مشهدالرضا» است و این باغ کوچک امروز، پایتخت معنوی ایران است و روز‌های پرغرور و یا پرچالش زیادی را به خودش دیده است.
به گزارش ایسنا، حرم امام رضا (ع) که به حریم رضوی نیز شناخته می‌شود، برای شیعیان و همین‌طور اهل سنت به عنوان یک زیارتگاه و کانون معنوی همیشه حائز اهمیت بوده است. اما این حرم مطهر از سال ۲۰۳ هجری قمری تا امروز دستخوش تخریب، بازسازی و رویداد‌های متعددی شده است.
از وضعیت حرم مطهر تا پیش از دوره سامانیان اطلاعاتی در دست نیست و صرفا گمانه زنی می‌شود که پیش از اسلام در این منطقه، آتشکده‌ای وجود داشته‌است که گنبدی بر فراز آن بوده‌است، اما دوره دیلیمیان به نوعی دوره رونق حرم محسوب می‌شود.
در زمان «عضدالدوله دیلمی» بود که بقعه تعمیر و تا حد زیادی به تزئینات متنوع آراسته شد. اطراف باغ «حُمید بن قحطبه» خانه‌های مسکونی ساخته شد و دژ مستحکمی هم آن را محافظت می‌کرد. درست در این روزگار بود که زیارت حرم امام رضا (ع) رواج بیشتری میان مسلمانان پیدا کرد.
اما در دوره «غزنویان» همه چیز فرق کرد. «سبکتین» پادشاه متعصب غزنوی که در سال‌های۳۸۷ تا ۳۶۶ قمری در منطقه حکمرانی می‌کرد، حرم مطهرامام رضا (ع) را ویران و زیارت آن حضرت را ممنوع کرد. با این حال محمود غزنوی، قبه را که به دست پدرش تخریب شده بود، از نو ساخت و بنایی زیبا بر روی آن برپا کرد. امیران غزنوی هرکدام قدم‌هایی برای بازسازی حرم رضوی برداشتند و باعث شدند در برهه‌ای مشهد رونق بگیرد.
پس از آن سلجوقیان روی کار آمدند و در قرن‌های ششم و هفتم تعمیرات و خدمات زیادی در آنچه امروز «روضه منوره» نامیده می‌شود، انجام دادند. سلطان سنجر سلجوقی پس از مرمت بنا، گنبدی با آجر‌های زرد رنگ بر روی بقعه حرم مطهر بنا کرد. پس از مدتی گنبد را با کاشی‌های ممتاز زرین‌فام مزین و مناره‌ای کنار آن ساخت. گفته می‌شود که این کاشی‌ها هنوز در حرم موجود هستند.
به عقیده برخی از کارشناسان، در عصر خوارزمشاهیان نیز بازسازی زیادی در حرم امام رضا (ع) صورت گرفت و مقدار زیادی از کاشی‌های زرین‌فام و سنجری حرم، متعلق به این دوران است. دو کتیبه مربوط به دوران خوارزمشاهیان بر دیوار شمالی گنبدخانه به نام «صفه شاه‌طهماسبی» جای دارند.
علاوه بر این در ضلع شمالی رواق دارالحفاظ، کتیبه‌ای با کاشی ممتاز مربوط به همین دوره وجود دارد. دو محراب از کاشی یکپارچه نیز که در گذشته داخل حرم نصب شده‌بودند و اکنون در موزه جای دارند از کار‌های هنری همین دوران است. محراب جنوب‌غربی و در طلای جنوبی گنبدخانه نیز متعلق به این دوره تاریخی است.
با اینکه حمله مغول‌ها کشتار و غارت مردم شهر را در پی داشت، اما حرم خسارت زیادی ندید؛ زیرا کتیبه‌های سال ۶۱۲ هجری قمری که قبل از این حمله نصب شده بوده هنوز برجاست. با این حال فرسودگی‌ها و احیانا خرابی‌ها و خسارات واردشده به حرم در دوره حکومت ایلخانیان بازسازی شد.
قاجاریان نیز سهم بسزایی در توسعه حرم داشتند. در عهد فتحعلی شاه رواق دارالضیافه و سومین ضریح حرم احداث شدند. بنای صحن آزادی (صحن نو) نیز در سال ۱۲۳۳ به فرمان ناصرالدین شاه ساخته و ایوان غربی آن طلاکاری شد. همچنین احداث رواق دارالسعاده در محوطه بین صحن آزادی و رواق گنبد حاتم‌خانی در سال ۱۲۵۱ در این دوره انجام شد.
ناصرالدین‌شاه نیز در زمان حکومتش دستور داد که ایوان ناصری و سقف مقرنس آن را با خشت‌های طلا بپوشانند. کمی بعد در دوران حکومت مظفرالدین شاه، دو صحن عتیق و جدید مرمت شدند. پس از آن و در پی وقایع انقلاب مشروطه در ایران، ارتش روسیه تزاری به حرم امام رضا (ع) حمله برد و آن را گلوله‌باران کرد. در پی این حملات، گنبد و بخش‌هایی از حرم آسیب دید که با فعالیت‌های حسین میرزا نیرالدوله و کمک نیکوکاران، خرابی‌های تصحیح شدند.
در سال ۱۳۰۷ هجری شمسی حریم امام ضا (ع) بار دیگر دستخوش تعمیرات اساسی شد و فلکه‌ای به شعاع ۱۸۰ متر از نوک گنبد و به پهنای ۳۰ سانتی‌متر بر گرد حرم تأسیس شد. کمی بعد نیز ساختمان‌های موزه، کتابخانه و تالار تشریفات نیز به حرم اضافه شد.
در سال ۱۳۵۳ خشت‌های طلایی گنبد را که شفافیت خود را از دست داده بود، برداشتند و پس از رنگ‌آمیزی مجدد با آب طلا، در جای خود قرار دادند. در دوران پهلوی، ضریح نیز مرمت شد. همچنین با توسعه حرم، سقف فرسوده مسجد بالاسر با سقفی جدید و بتنی جابجا شد و این سقف از نو کاشی‌کاری و تزئین شد.
حرم از ضلع شمالی نیز گسترش یافت و به «دارالشکر» متصل شد. در طرح توسعه حرم در این دوران، ساختمان‌های جدیدی به آستان اضافه شد و ساختمان موزه تأسیس شد. همچنین در فضای مشهد نیز تغییراتی همچون تعریض خیابان‌ها رخ داد. دیواره قدیمی حرم در سمت بالاسر که ضخامتی به مقیاس ۲٫۹۰ داشت و وزن گنبد بر روی آن قرار گرفته بود، تخریب شد و به جای آن پایه‌هایی بتنی جایگزین شد. بر همین اساس قسمت بالاسر گسترش و فضای حرم توسعه یافت.
از وقایع ایام پایانی حکومت پهلوی، مسئله تیراندازی مأموران ساواک به چند فراری در آبان ۱۳۵۷ بود که بر اثر آن چند گلوله به توحیدخانه و دیواره‌های کفشداری گنبد «اللهوردی‌خان» اصابت کرد.
مأموران همچنین در حرم گاز اشک‌آور پرتاب کردند و سرآخر موفق به دستگیری فراریان نشدند. در نهایت استاندار خراسان در رادیو مشهد، از مردم عذرخواهی کرد و مردم نیز به نشانه اعتراض، راهپیمایی برگزار کردند.
پس از انقلاب اسلامی ایران طرح توسعه حرم دنبال شد و گسترش زیادی پیدا کرد. در این دوره، طلای گنبد که بر اثر زمان ساییده شده بود با طلای جدید جایگزین شد و گزارش این تعویض در لوحه‌ای نوشته و بر گنبد نصب شد.
از دیگر اقدامات صورت گرفته در این دوره، ساخت رواق دارالولایه، صحن قدس، یک ایوان جدید، سقاخانه، صحن جمهوری اسلامی، دو گلدسته در پشت در‌های شمالی و جنوبی، بست شیخ بهایی، کتابخانه جدید، دانشگاه علوم رضوی و توسعه فلکه حرم و اجرای زیرگذر در زیر حرم است.
صحن جامع رضوی، رواق‌های دارالولایه، دارالهدایه، دارالرحمه و دارالاجابه از رواق‌های ساخته شده در این دوران است در سال ۱۳۵۸ رواق پشت سر توسعه پیدا کرد و فضا‌های پیش رو و پایین پا تعریض شدند.
در این دوره چند بست همچون بست شیخ طبرسی و ساختمان‌های مختلفی، چون ساختمان دانشگاه علوم اسلامی تأسیس شدند. در این دوره صحن عتیق به صحن انقلاب و صحن موزه به صحن امام خمینی (ره) تغییر نام پیدا کردند.
در سال ۱۳۵۹ فضای داخلی بنای حرم توسعه یافت و ایستایی گنبد افزایش پیدا کرد و در‌های ورودی به بنای حرم در سمت پیش‌رو و پایین پای مدفن، گشایش یافت آخرین ضریح نصب شده بر روی قبر علی بن موسی الرضا، ضریح مشهور به ضریح آفتاب است که در اسفند ۱۳۷۹ نصب شد.
صحن جمهوری اسلامی، پیامبر اعظم (ص)، هدایت، کوثر و رواق امام خمینی (ره) در این دوره ساخته شد و مساحت حرم از ۱۲ هکتار در دوره‌های گذشته به ۷۰ هکتار تا سال ۱۳۹۲ رسید.
