در شرایطی که تکنولوژی دفاعی پیشرفت خواهد کرد، روش‌هایی برای مقابله با این موشک‌ها نیز ابداع خواهد شد، از جمله سلاح‌های با انرژی پرتابی هدایت شده و مستقیم، اشعه‌های ذره‌ای و سلاح‌های غیرجنبشی که می‌توانند گزینه‌های مناسبی برای دفاع موثر در مقابل موشک‌های هایپرسونیک باشند.
امکان رهگیری موشک‌های مخوف هایپرسونیک با هیچ کدام از سیستم‌ها دفاع موشکی کنونی وجود ندارد.
به گزارش دیجیاتو، موشک‌های هایپرسونیک بسیار ارزشمند هستند، به این دلیل که در حال حاضر هیچ روش عملیاتی و قابل اتکایی برای رهگیری و نابودی آنها وجود ندارد.
اما در شرایطی که تکنولوژی دفاعی پیشرفت خواهد کرد، روش‌هایی برای مقابله با این موشک‌ها نیز ابداع خواهد شد، از جمله سلاح‌های با انرژی پرتابی هدایت شده و مستقیم، اشعه‌های ذره‌ای و سلاح‌های غیرجنبشی که می‌توانند گزینه‌های مناسبی برای دفاع موثر در مقابل موشک‌های هایپرسونیک باشند. اگر چه موشک‌های هایپرسونیک تهدید قابل توجهی برای سیستم‌های دفاع سطح به هوا و هوا به هوای امروزی دارند، چنین سیستم هایی، به ویژه در نقش تهاجمی نقطه زن متعارف، به رشد بیشتر در زمینه شبکه هوش برتر، تجسس، رهگیری هدف و پایش (ISTAR) نیاز خواهند داشت.
هدفگیری و پشتیبانی شبکه‌ای سینتیک و از طریق ابزار‌هایی مانند حملات سایبری و الکترونیکی می‌تواند به مقدار قابل توجهی تاثیرگذاری عملیاتی موشک‌های هایپرسونیک دوربرد را کاهش دهد. علاوه بر این، عملیات‌های ضدحمله‌ای که پلتفرم‌های پرتاب را با تاکتیک «هدف قرار دادن در لحظه پرتاب» اتخاذ می‌کنند می‌توانند به کار گرفته شوند، اگر چه این تاکتیک در مورد سیستم‌های برد بلندی مانند Kinzhal و Avangard موثر نیست. در بحث میان مدت و درازمدت هم، سلاح‌های با انرژی هدایت شونده مستقیم و توپ‌های ریلی الکترومغناطیسی در کنار رهگیر‌های موشکی با عملکرد بالا می‌توانند گزینه‌هایی برای دفاع در مقابل تهدید‌های هایپرسونیک باشند.
گزینه دیگری که توسط آژانس دفاع موشکی پیشنهاد شده، شبکه از سنسور‌ها و ماهواره‌های مستقر در فضا است که از لحاظ تئوریک می‌توانند اولین گام بزرگ در زمینه دفاع از موشک‌های هایپرسونیک باشند. همچنین، لاکهید مارتین قراردادی به ارزش ۲.۹ میلیارد پوند با پنتاگون برای توسعه ماهواره‌های مادون قرمز ثابت موسوم به Next-Generation Overhead Persistent Infrared Satellites بسته است. شانس زیادی وجود دارد که این ماهواره‌ها بتوانند شکافی که اکنون برای شناسایی زودهنگام موشک‌های سوپرسونیک و هایپرسونیک وجود دارد را پر نمایند.
اما این‌ها همه تکنولوژی آینده هستند و در حال حاضر رقابت برای موشک‌های عملیاتی هایپرسونیک بین کشور‌های ایالات متحده، روسیه و چین نیز بسیار شدید است. در هر صورت، هنوز هم هیچ دفاع موثری در مقابله با بارانی از موشک‌های بالستیک قاره پیمای متعارف نیز وجود ندارند.
