مسجد بهبهانی از ابتدا محل برپایی نمازجماعت، مراسم عزاداری، احیای شب‌های قدر و مجلس روضه‌خوانی بوده و شهروندان زیادی از نقاط مختلف شهر تهران به آن مراجعه می‌کردند، حتی ناصرالدین‌شاه و درباریان هم در برنامه‌های این مسجد حاضر می‌شدند.
مسجد بهبهانی در محله سرپولک، از مساجد مشهور، قدیمی و بزرگ تهران است که قدمتی نزدیک به ۲۰۰سال دارد. این مسجد مساحت کمی داشت تا اینکه به‌دلیل استجابت دعای مردم برای بارش باران، گسترش یافت.
به گزارش همشهری، مسجد بهبهانی از ابتدا محل برپایی نمازجماعت، مراسم عزاداری، احیای شب‌های قدر و مجلس روضه‌خوانی بوده و شهروندان زیادی از نقاط مختلف شهر تهران به آن مراجعه می‌کردند، حتی ناصرالدین‌شاه و درباریان هم در برنامه‌های این مسجد حاضر می‌شدند.
این مکان مذهبی به مسجد «سرپولک» معروف بود تا اینکه آیت‌الله «سیداسماعیل بهبهانی» از محله ملامحسنی‌ها در بهبهان به محله سرپولک مهاجرت کرد و ساکن اینجا شد. گفته می‌شود ناصرالدین‌شاه در یکی از سفرهایش به نجف، با ایشان آشنا و شیفته اخلاق، رفتار پسندیده و خصلت‌های او شد. همین باعث شد تا از سیداسماعیل بخواهد برای ارشاد و هدایت مردم، همچنین تعلیم احکام و تعالیم اسلامی به تهران مهاجرت کند. او هم برای انجام وظیفه شرعی و اجرای تکالیف دینی، این دعوت را پذیرفت و با خرید خانه‌ای در کنار همین مسجد، امامت جماعت آن را برعهده گرفت. همان زمان خشکسالی شد و این مجتهد و مرجع عالیقدر، نماز باران اقامه کرد. دعای مردم مورد استجابت قرار گرفت و باران بارید. همین باعث شد تا اهالی و خیّران، این مسجد بزرگ را بسازند.
پس از ارتحال ایشان در سال۱۲۵۸ و دفن پیکرش در نجف، فرزندش آیت‌الله «سیدعبدالله بهبهانی» متولی مسجد شد. او از مخالفان عین‌الدوله، وزیر اعظم دوره مظفرالدین‌شاه و احمدشاه بود و پس از اینکه موسیو ژوزف نوز بلژیکی (وزیر گمرکات در عصر مظفرالدین شاه) در یک میهمانی با لباس روحانی و عمامه به‌سر عکس گرفته بود، به او اعتراض کرد. در نهایت، سیدعبدالله دستور استقرار مشروطه را صادر کرد و ۲۴ تیر سال۱۲۸۹ در خانه‌اش به‌دست چندنفر ترور شد.
