در ماجرای برجام، شمخانی هر چند در ابتدا (و در کلیت ماجرا) نگاه خوش‌بینانه داشت، اما بعد‌ها به منتقد جدی روند توافق و خسارات آن تبدیل شد و فراتر از آن، در دبیرخانه شورا نقش مؤثری در هماهنگی سه قوه برای تصویب نهایی قانون اقدام متقابل مجلس ایفا کرد؛ در حالی که روحانی و برخی اطرافیانش بی‌اعتنا به عبرت‌ها و خسارت‌های برجام، مجدداً دنبال توافق به هر قیمت با آمریکا بودند و اگر همکاری مجلس و دبیرخانه شورا نبود، قطعاً خسارت‌های اقتصادی و سیاسی و امنیتی به مراتب بزرگ‌تری برای کشور رقم خورد.
کیهان نوشت: تلاش افراطیون غربگرا برای مصادره آقای شمخانی برای مطلوب خویش است و حال آنکه وی، مرزبندی‌های جدی با این جریان داشت.
به‌عنوان مثال در ماجرای برجام، او هر چند در ابتدا (و در کلیت ماجرا) نگاه خوش‌بینانه داشت، اما بعد‌ها به منتقد جدی روند توافق و خسارات آن تبدیل شد و فراتر از آن، در دبیرخانه شورا نقش مؤثری در هماهنگی سه قوه برای تصویب نهایی قانون اقدام متقابل مجلس ایفا کرد؛ در حالی که روحانی و برخی اطرافیانش بی‌اعتنا به عبرت‌ها و خسارت‌های برجام، مجدداً دنبال توافق به هر قیمت با آمریکا بودند و اگر همکاری مجلس و دبیرخانه شورا نبود، قطعاً خسارت‌های اقتصادی و سیاسی و امنیتی به مراتب بزرگ‌تری برای کشور رقم خورد.
