آیت‌الله مصباح صبح روز ۱۲ فروردین ۵۸ در رفراندوم انتخاب نظام سیاسی شرکت کرد و در مسجد آبشار قم، رأی خود به جمهوری اسلامی را به صندوق انداخت.
کیهان نوشت: یکی از شبهات تکراری برخی مخالفان علیه آیت‌الله مصباح، مخالفت با مقوله انتخابات و جایگاه رأی مردم در حکمرانی است.
طبعا اگر این قبیل شبهات درست می‌بود، شخص ایشان نمی‌بایست در انتخابات‌های مختلف مشارکت داشته باشد. حال آنکه بنا به گفته فرزندان، ایشان در تمام انتخابات‌های پس از پیروزی انقلاب اسلامی مشارکت داشته است. اولین و مهم‌ترین انتخابات سرنوشت‌ساز کشور، رفراندوم انتخاب نظام سیاسی بود که در فروردین ۱۳۵۸ برگزار شد و اکثریت قاطع مردم ایران به جمهوری اسلامی رأی دادند. آیت‌الله مصباح نیز مانند آحاد مردم، در این رفراندوم شرکت کرده است.
حجت‌الاسلام والمسلمین مجتبی مصباح در گفتگو با نگارنده خاطره جالبی در مورد این روز نقل کرد. حسب نقل ایشان، آیت‌الله مصباح صبح روز ۱۲ فروردین به اتفاق فرزندش علی آقا در رفراندوم انتخاب نظام سیاسی شرکت کرد و در مسجد آبشار قم، رأی خود به جمهوری اسلامی را به صندوق انداخت. جالب آنکه آقا مجتبی با دوربین شخصی خود از این صحنه عکس‌برداری کرده و آن تصویر موجود است. گفتنی است به دلیل جابه‌جایی کتابخانه جناب آقای علی مصباح، جست‌وجو برای یافتن عکس مورد نظر به جایی نرسید.
