یکی از رفتار‌های دور از انتظار او در سال‌های انزوا حضور در مراسم تدفین مهندس بازرگان در قم بود. در سوز سرمای آرامگاه بیات در بهمن ۱۳۷۳ و دور از جمعیت کسانی یک روحانی را دیدند که عبا بر سر نظاره می‌کند.
مهرداد خدیر در عصر ایران نوشت: در بیستمین سالگرد درگذشت شیخ صادق خلخالی نکاتی را می‌توان یادآور شد که به بهانۀ آنها بخش‌هایی از رخداد‌های بعد از پیروزی انقلاب هم مرور می‌شود.
۲۰ سال قبل و در ۵ آذر ۱۳۸۲ صادق خلخالی در انزوای کامل بود و از بیماری پارکینسون هم رنج می‌برد، اما اشتهار او چنان بود که درباره خبر درگذشت او بار‌ها بر شبکه تلویزیونی الجزیره این عبارت نقش بست: وفاه الشیخ الصادق الخلخالی رییس المحاکم الانقلابیه الاسلامیه سابق.
او نخستین حاکم شرع و رییس اولین دادگاه انقلاب ۵۷ است و با این که شمار کسانی که به فرمان او اعدام شدند از اعدام شده‌ها با احکام افرادی، چون آیت‌الله محمدی گیلانی بسیار کمتر است، اما چون محکومین دادگاه‌های خلخالی بسیار مشهور بودند و از همه بیشتر امیر عباس هویدا با سابقه ۱۳ سال نخست‌وزیری در رژیم پهلوی و ژنرال‌ها و مقامات درجه اول گذشته نام او بیشتر بر سر زبان‌ها افتاد خاصه بعد از آن که سلطنت‌طلبان از رسانه‌های فرامرزی گسترده برخوردار شدند.
در واقع برخورد قضایی خلخالی با سه گروه بود: نخست فرماندهان و امرای ارتش شاه و کارگزاران ارشد رژیم پهلوی. دوم آنچه در کردستان و مشخصا پاوه انجام داد و سومین ماموریت او مبارزه با قاچاق مواد مخدر بود. اما از سال ۶۰ دیگر هیچ سمتی در دستگاه قضایی نداشت و وارد سیاست شد. حتی سودای ریاست جمهوری داشت و اگر امام روحانیون را از کاندیداتوری منع نکرده بود نامزد می‌شد.
نکته قابل توجه این که به رغم اشتهار بنی‌صدر به عنوان چهره‌ای لیبرال و خلخالی به خشونت‌طلبی او از بنی‌صدر حمایت کرد و اتفاقا پایگاه مردمی و اجتماعی هم داشت و چه بسا در موفقیت بنی‌صدر هم اثر گذاشت کما این‌که خود خلخالی هم بار‌ها با رای مردم نماینده مجلس شورای اسلامی و خبرگان رهبری شد در روزگاری که نظارت استصوابی در کار نبود.
رابطه بنی‌صدر با خلخالی البته بر سر تخریب آرامگاه رضاشاه پهلوی در شهرری شکرآب شد اگرچه اولین رییس جمهوری از او به سبب ماجرای دادگاه هویدا - اعدام زودهنگام یا کشتن قبل از اعدام رسمی- هم ناخرسند بود.
به هویدا اشاره شد و جا دارد یادآوری شود بخش قابل توجهی از شهرت صادق خلخالی به خاطر محاکمه امیر عباس هویدا و صدور حکم اعدام برای او بی توجه به توصیه‌های مهندس بازرگان و تلاش‌های بنی‌صدر است و مهم‌تر از همه معمای مرگ او ساعتی بعد از صدور حکم حال آن که قاعدتا سحرگاه روز بعد باید اجرا می‌شد.
توجه جهانی به محاکمه هویدا چنان بود که ۷ نخست‌وزیر سابق فرانسه که در میان آنها نام ژاک شیراک رییس جمهوری فرانسه هنگام مرگ خلخالی هم بود درباره او نامه‌ای سرگشاده یا سرگشوده خطاب به شخص امام خمینی نوشتند و در آن تصریح کردند: «تقاضا داریم دادرسی امیرعباس هویدا که با ما دوستی نزدیک داشته با اصول انسانیت و انصاف و عدالت - همچنان که از آن ماست از آن اسلام نیز هست انجام شود».
این مکاتبه‌ها، اما بیش از آن که هویدا را نجات دهد به زیان او تمام شد، زیرا خلخالی و همفکران او را به این نتیجه رساند که هر روز که بگذرد احتمال اعدام هویدا کاهش می‌یابد و نگران بود نزدیکان امام خصوصا بنی‌صدر یا نخست‌وزیر دولت موقت از امام در این باره دست‌خط بگیرند یا شورای انقلاب دخالت کند.
از این رو شتاب کرد و هویدا ۱۸ فروردین ۱۳۵۸ و تنها یک هفته بعد از رفراندوم جمهوری اسلامی تیرباران یا کشته شد در حالی که در همه‌پرسی شرکت کرده بود، ولی مانند عبدالله ریاضی رییس مجلس شورای ملی و عباس‌علی خلعت‌بری وزیر امور خارجه نگفت رای آری به صندوق انداخته بلکه تصریح کرد: رای هر کس باید مخفی باشد.
هر چند نزد اقشاری نماد عمل انقلابی بود، اما هر چه هیحانات فروکاست نامحبوبیت خلخالی هم سال به سال بیشتر شد تا جایی که اعضای مجمع روحانیون مبارز محترمانه از او خواستند از عضویت کنار بکشد و ترجیح داد در قم مدعی مرجعیت تقلید شود.
هر چه سن بیشتری از او گذشت و خاصه بعد از امام که حذف شد از گفتار و رفتار قبل بیشتر فاصله گرفت، اما هیچ گاه ابراز پشیمانی نکرد. این قول هوادارانی دارد که اگر مجاهدین خلق یا کمونیست‌ها به قدرت رسیده بودند شمار بسیار بیشتری از سران رژیم شاه و امرای ارتش را به جوخه‌های آتش می‌سپردند و بیشتر انتقاد‌های داخلی بر سر حکم هویدا و حساسیت خارجی به خاطر اعدام حاج حبیب‌الله القانیان رییس انجمن کلیمیان تهران بود که موجب تنش شدید در روابط ایران و آمریکا در بهار ۱۳۵۸ و اعتراض سناتور‌ها شد.
خلخالی در خاطرات خود می‌گوید:
«دادگاه انقلاب با قاطعیت کار خود را شروع کرد و در بدو امر افراد سرشناس رژیم مانند مهندس ریاضی، علامه وحید، سرلشکر پاک‌روان، سرلشکر نادر جهان بانی، جواد سعید نایب رییس محلس شاه، دانشیان و سرهنگ زمانی شکنجه‌گر زندان قصر، خواجه‌نوری دادستان کل ارتش، سرلشکر بیدآبادی فرماندار نظامی تبریز، سرلشکر یزدجردی فرماندار نظامی مشهد، کوچصفهانی رییس شکنجه‌گر‌های ساواک در زندان اوین و تعداد زیادی از ر‌وسای ساواک مراکز استان‌ها و فرماندار نظامی نجف‌آباد و جهرم و بعضی از نمایندگان شاه و افراد وابسته به ان‌ها محاکمه انقلابی و جوخه اعدام سپرده شدند و در این کار ما شب و روز به خود راه ندادیم.
شب‌ها تا صبح بیدار بودیم و من می‌دانستم اگر جو فروکش کند دست‌و‌پای ما را خواهند بست؛ لذا تا مجال داشتیم به حرف هیچ‌کس گوش فراندادیم و با همان حکمی که در دست داشتیم همه آنها را به حکم قرآن و تحت عنوان مفسدین فی‌الارض به جزای عمل خود رساندیم.»
او در ادامه از کارشکنی‌های بسیار سخن می‌گوید که روشن است به دخالت‌های مهندس بازرگان و در مواردی بنی‌صدر اشاره دارد تا روند را آهسته کنند.
با این همه و اگرچه مدعی بود در مجلس خبرگان رهبری در سال ۶۸ یکی از پیشنهاد دهندگان رهبر جدید بوده در دهه ۶۰ کنار گذاشته شد و در دهه دوم کاملا برکنار و منزوی بود و به همین سبب نام کتاب خاطرات خود را ایام انزوا گذاشت و در صفحه نخست این شعر نیما را گذاشت:
نازک‌آرای تن ساقه گلی
که به جانش کِشتم
و به جان دادمش آب‌ای دریغا به برم می‌شکند
رفتار‌های او در ۱۰ سال آخر عمر متفاوت شده بود، اما همه او را با اعدام‌های دو سال اول به یاد می‌آوردند نه آن رفتار‌ها و فاصله گرفتن‌ها و خاصه با آن پاسخ صریح به خبرنگار بی‌بی‌سی که پرسید شب‌ها سر راحت بر بالین می‌گذارد یا نه و گفت: بله. آسوده‌تر از آنچه شما تصور می‌کنید.
یکی از رفتار‌های دور از انتظار او در سال‌های انزوا حضور در مراسم تدفین مهندس بازرگان در قم بود. در حالی که هیچ قرابتی با او نداشت. در سوز سرمای آرامگاه بیات در بهمن ۱۳۷۳ و دور از جمعیت کسانی یک روحانی را دیدند که عبا بر سر نظاره می‌کند. او شیخ صادق خلخالی بود با نام واقعی صادق‌گیوی و شاید خیلی‌ها ندانند خانم اهل اندیشه و مداراجویی که در رسانه‌ها هم گاه گفتگو می‌کند دختر اوست و هر چه می‌خواهد به پدر نپردازد انگار نمی‌شود.
از کتاب خاطرات صادق خلخالی به جز شعر نیما در جلد نخست این جمله او در جلد دوم هم در یاد‌ها مانده: «به قول فرانتس فانون انقلاب فرزندان صادق خود را می‌خورد. چه رسد به من که نامم هم صادق است!»
