هاشمی‌رفسنجانی در خاطرات روز پنجم آذر از برخی ملاقات‌های روزانه نوشته‌است. او همچنین به انتقادات از دولت خاتمی نیز اشاره کرده‌است.
در بخشی ازخاطرات آیت الله هاشمی رفسنجانی که شرق منتشر کرده در تاریخ ۵ آذر سال ۷۹ آمده است:
آقای [داود]عبادیانی، [معاون سابق سازمان امور اداری و استخدامی]از گزینش آمد و گفت، بعد از ادغام سازمان برنامه [و بودجه]و [سازمان]امور [اداری و]استخدامی، هر دو سازمان دچار مشکل شده‌اند و امور استخدامی، عملاً به صورت معاونت سازمان برنامه درآمده و سردرگمی حاکم است. آقای [محمد]باقریان که طراح این ادغام بوده، اکنون پشیمان است و حاضر نیست که در این محدوده کار بکند و ناراضی است؛ گویا منتظر بوده که به خودش بسپارند. خواست که در مجمع [تشخیص‌مصلحت‌نظام]کار کند.
دکتر [مهدی]اکبرزاده، مسئول تحقیقات سموم کشاورزی آمد و خواست که به وزارت نیرو و سازمان برنامه [و بودجه]، بگویم که مشکلاتش را رفع کنند. نگران بود، از سرنوشت این مؤسسه پس از ادغام جهاد کشاورزی و آمدن وزیری غیر از دکتر [عیسی]کلانتری، [وزیرکشاورزی]که از او حمایت نمی‌کنند. گفت، ملاقاتی با آقای [سیدمحمد]خاتمی، [رئیس‌جمهور]، داشته، ایشان توجهی به اهمیت کار نکرده است. از خطبه‌های دیروز تمجید کرد.
عصر آقایان [ابوالفضل]توکلی‌بینا و [محمدرضا]اعتمادیان، مشاوران رئیس‌جمهور [در امور اصناف و بازرگانی]آمدند و از ادامه این وضع کشور، در صورت انتخاب مجدد آقای خاتمی، اظهارنگرانی‌کردند. فکر می‌کنند اگر چهار سال دیگر به همین منوال بگذرد، چیزی برای انقلاب و اسلام نمی‌ماند. آقای اعتمادیان از من گله کرد؛ به خاطرگفتن تسلیت به آقای عبدالله نوری، در فوت مادرش، به‌خاطر اینکه محکوم نظام است. گفتم، حساب امور انسانی و عاطفی را باید از حساب امور سیاسی جدا کرد. از خطبه‌های نمازجمعه دیروز ستایش‌کردند.
در گزارش‌های محرمانه آمده که آیت‌الله [حسین]وحیدخراسانی، [از مراجع تقلید]، در جلسات خود، صریحاً از کار دولت آقای [سیدمحمد]خاتمی انتقاد می‌کنند؛ به خاطر تضعیف امور دینی و اخلاقی و عدم توجه به مسائل و مشکلات زندگی مردم و امنیت کشور و نیز عدم انجام قول‌ها و وعده‌هایی‌که به مردم دادند و یا در ملاقات‌های خصوصی به علما می‌گویند و به خصوص از تقویت اهل‌سُنت و تضعیف شیعه در مناطق سُنی‌نشین کشور.
