یک روزنامه اصلاح‌طلب ماجرای چگونگی انتخاب علی شمخانی به‌عنوان دبیر شورای‌عالی امنیت ملی در دولت حسن روحانی را روایت کرده است.
علی شمخانی، دبیر پیشین شورای‌عالی امنیت ملی، اخیراً به‌دلیل اظهارنظرهایی که کرده، نام خود را بر سر زبان‌ها انداخته است.
روزنامه سازندگی در این رابطه نوشت:
مصاحبه علی شمخانی، دبیر پیشین شورای عالی امنیت ملی یک بار دیگر نام او را بر سر زبان‌ها انداخت. او در این گفت‌و‌گو که سایت نورنیوز، پایگاهی خبری که افراد نزدیک به او تاسیس کرده‌اند، درباره خیلی از مسائل صحبت کرد و از قطعی اینترنت در آبان ۹۸ دفاع کرد. به اختلافات قدیمی خودش با حسن روحانی پرداخت و تلاش کرد در این مصاحبه پاسخی به روحانی نیز بدهد. آنجا که روحانی گفته بود: «پیشنهاد اولیه من آقای ناطق‌نوری بود و پس از امتناع ایشان آقای محمد فروزنده هم این مقام را قبول نکردند.
در نهایت آقای علی شمخانی را پیشنهاد کردم که البته ابتدا رهبری قبول نمی‌کردند، اما با اصرار من- که فکر می‌کنم نادرست بود- در نهایت پذیرفتند؛ هرچند که پشیمان هم شدم، اما دیگر راه بازگشت مناسبی وجود نداشت. اگر افرادی مانند آقای ناطق‌نوری و محمد فروزنده پیشنهاد مرا قبول می‌کردند شاید من هم پرونده را به وزارت امور خارجه منتقل نمی‌کردم.
در نهایت رهبری با شرط اینکه من خودم به عنوان رئیس شورای عالی امنیت ملی مسئول پرونده هسته‌ای باشم، انتقال پرونده به وزارت خارجه را قبول کردند و این به نظرم کار مهم و موفقیت بزرگی بود چنانکه در دولت سیزدهم هم جای پرونده تغییر نکرد و در وزارت خارجه باقی ماند. آقای شمخانی هم فکر نمی‌کرد، من ایشان را معرفی کنم، چون دامادشان در جریان انتخابات علیه شخص من فعال بود، اما می‌گفتند، دامادش را قبول ندارد و با او رابطه ندارد!»
حسن روحانی تصمیم داشت به انتخاب شمخانی برای دبیری شورای عالی امنیت ملی، بخشی از نیرو‌های سپاه را- به‌ویژه کادر قدیمی سپاه- به همکاری فراخواند و از دافعه میان دولت و سپاه پرهیز کرده باشد. اما نهایتاً با شمخانی به مشکل برخورد و دیگر نتوانست او را برکنار کند.
