وصیت آیت‌الله بروجردی این بود که آرامگاه ایشان که هم سطح زمین است، در مسیر رفت و آمد زایران حضرت معصومه (س) قرار گیرد و خاك كفش زایران روی آرامگاه ایشان بریزد.
آیت الله سید محمد جواد علوی بروجردی نوه حضرت آیت الله العظمی بروجردی(ره) درباره جایگاه و محل آرامگاه پدربزرگ گرامی‌اش و مرجع تقلید وارسته آن زمان و دلیل قرار گرفتن آرامگاه ایشان در مکان خاصی در حرم مطهر حضرت معصومه(س) می‌گوید: زمانی که آیت‌الله العظمی بروجردی قدس سره مرجع تقلید روزگار خویش بود، اطراف حرم مطهر حضرت معصومه (س) خانه و مغازه و مسافرخانه بود.
ایشان به منظور ساخت مسجد اعظم، این زمینها و خانه‌ها را خریداری کردند تا اینکه حدود چهارده هزار متر زمین فراهم شد و بنای مسجد اعظم را در آنجا برپا کردند که هم اکنون جزو حرم مطهر شده است. 
ایشان در ادامه سخنانش توضیح می‌دهد: به یاد دارم که هنوز همه زمین های اطراف حرم تصرف نشده بود که آیت الله بروجردی خانه كوچكی به مساحت 60 متر مربع را که هم اکنون محل آرامگاه ایشان است، از مال شخصی خود خریدند. بعد از مشخص نمودن محل دفن خود، باقی زمینها را وقف مسجد كردند و به همین دلیل، اکنون در اطراف آرامگاه ایشان نمی‌توان کسی را دفن کرد. آیت الله بروجردی در این زمینه دو وصیت كرده بودند: 
1- آرامگاه ایشان مساوی زمین باشد و آن را بلند نكنند.
2- اینکه خانه‌ای که آرامگاه ایشان در آن قرار دارد، مسیر حرم باشد. چنان که تا مدت ها این محل، راهرویی بود که خیابان موزه را به صحن مسجد اعظم متصل می‌کرد. وصیت آیت‌الله بروجردی این بود که آرامگاه ایشان که هم سطح زمین است، در مسیر رفت و آمد زایران حضرت معصومه ( س)قرار گیرد و خاك كفش زایران روی آرامگاه ایشان بریزد و بدین ترتیب، آرامگاه‌شان به خاک قدم زایران آن حضرت متبرك شود .
