فعالیتهای علامه جعفری در عرصه مبارزاتی تا اندازهای بارز بود که ساواک ایشان را تحت نظر داشت؛ سازمان اطلاعات و امنیت کشور چندین بار علامه جعفری را احضار کرد سؤالاتی را از وی در زمینه فعالیتهایش پرسید.
در بخشی از کتاب «علامه محمدتقی جعفری، سرگذشت و ایام، آرا و اندیشهها» ماجرای ترک سیگار علامه جعفری نقل شده است: در اوایل سال ۱۳۶۱ ش، روزی خانمی از همسایگان برای پرسیدن یک سوال به بنده تلفن کرد و گفت: آیا مصرف سیگار حلال است یا حرام؟ گفتم: مباح است. علت سوال شما چیست؟ آن خانم گفت: من پسر جوانی دارم که سیگار میکشد و وقتی به او میگویم سیگار نکش، در پاسخ میگوید: اگر سیگار بد بود، آقای جعفری سیگار نمیکشید.با شنیدن این سخن، انگار که دیوار زندگی شکاف بردارد و ابدیت را نشان دهند، احساس عجیبی مرا فرا گرفت که: خدایا! این جوان به علت اینکه من سیگار میکشم، دست به چنین کاری میزند و از این بابت در پیشگاه تو نمیتوانم جوابگو باشم و....
میری میگوید که علامه محمدتقی جعفری معتقد است که عدم وحدت معرفتی منجر به تجزیه وجودی انسان خواهد شد؛ این تجزیه تبعات وجودی دارد و منجر به ویرانی حیات انسان و عدم دستیابی به حیات معقول میشود.