فعالیت‌های علامه جعفری در عرصه مبارزاتی تا اندازه‌ای بارز بود که ساواک ایشان را تحت نظر داشت؛ سازمان اطلاعات و امنیت کشور چندین بار علامه جعفری را احضار کرد سؤالاتی را از وی در زمینه فعالیت‌هایش پرسید.
فارس نوشت: «.. با توجه به مطالعه عمیق واعظ مذکور [علامه جعفری]همواره دانشجویان و افراد روشنفکری که زمینه‌های مذهبی آماده‌ای داشته‌اند، مشتاق به شرکت در جلسات مورد بحث بوده‌اند و گزارش‌های واصله حاکی از آن است که تعدادی از افراد شرکت‌کننده در جلسات مورد بحث را تقریباً همیشه پاره‌ای از دانشجویان ناراحت تشکیل داده‌اند»
خطه آذربایجان و در راس آنها تبریز، شهر اولین‌ها به خاطر وجود علمای بزرگی، چون علامه طباطبایی (صاحب تفسیرالمیزان)، علامه امینی (صاحب الغدیر) و علامه جعفری (فیلسوف شرق)، به شهر علامه‌ها مشهور است.
عبارت دیگر روز‌های ۲۴ و ۲۵ آبان ماه به ترتیب سالروز درگذشت دو تن علمای بزرگ این خطه، یعنی نویسنده تفسیرالمیزان، علامه طباطبایی (ره) و علامه محمد تقی جعفری فیلسوف، فقیه، متفکر، عارف وحکیم برجسته معاصر است. از این رو، با توجه به رسالت خطیر حرفه‌ای که اصحاب رسانه در قبال جامعه دارند، سالگرد رحلت این دو عالم بزرگ آذربایجان را بهانه کردیم، تا اینکه هم به رسالت و وظایف حرفه‌ای و اخلاقی خویش در این راستا عمل کرده باشیم.
علامه محمدتقی جعفری از اندیشمندان، فلاسفه و عرفای معاصر اسلامی و ایرانی است که در طی نیم قرن اخیر، تلاش‌های علمی و دیدگاه‌های مختلف ایشان، آشنای اهل معرفت بوده است.
علی‌رغم این موضوع که ظاهراً به نظر می‌رسد علامه جعفری به عنوان اندیشمند و فیلسوف صرفاً به تبیین و تشریح اصول فلسفه اسلامی اشتغال داشته و در نتیجه نقشی در زمینه مسائل سیاسی ـ اجتماعی عصر خویش نداشته است، با نگاهی به سوابق عملکرد این اندیشمند، نقش ارزشمند وی در دفاع از مبانی اسلامی در مقابل هجمه‌های منتقدان و مخالفان و روشنگری و آگاه‌سازی اذهان جامعه، به‌خصوص قشر جوان و دانشجویان نقش وی در این زمینه بیشتر نمایان می‌گردد.
فعالیت‌های علامه جعفری در عرصه مبارزاتی تا اندازه‌ای بارز بود که ساواک ایشان را تحت نظر داشت. سازمان اطلاعات و امنیت کشور چندین بار علامه جعفری را احضار نمود سؤالاتی را از وی در زمینه فعالیت‌هایش پرسید. همچنین مکالمات تلفنی علامه به طور مرتب توسط مأموران ساواک کنترل می‌شد.
ساواک به مأموران خود دستور داده بود سخنرانی‌های استاد در حسینیه ارشاد را تحت کنترل و مراقبت شدید قرار دهند. چنان‌که در یکی از گزارش‌های این مأموران آمده است که: «.. با توجه به مطالعه عمیق واعظ مذکور [علامه جعفری] همواره دانشجویان و افراد روشنفکری که زمینه‌های مذهبی آماده‌ای داشته‌اند، مشتاق به شرکت در جلسات مورد بحث بوده‌اند و گزارش‌های واصله حاکی از آن است که تعدادی از افراد شرکت‌کننده در جلسات مورد بحث را تقریباً همیشه پاره‌ای از دانشجویان ناراحت تشکیل داده‌اند».
در این زمینه فرزند علامه حکایتی را نقل می‌کنند: «در سال ۵۵ جوانی به استاد مراجعه می‌کند و ضمن ابراز علاقه به استاد، خود را فرد غریبی در شهر تهران معرفی می‌کند که به دنبال مکانی برای سکونت می‌گردد. استاد ضمن ابراز محبت، یکی از اتاق‌های منزل خود را در اختیار آن جوان می‌گذارد. آن جوان برای مدت شش ماه در منزل استاد اقامت می‌کند و در درس‌های ایشان حاضر می‌شود. در تمام این مدت خرج جوان و غذای او از ناحیه استاد و بیت استاد تأمین می‌شد. در طول مدت اقامت آن جوان تعدادی از دوستان استاد به ایشان اظهار می‌کنند که ممکن است آن شخص مأمور ساواک باشد. استاد به این حرف‌ها توجهی نمی‌کند و همچنان جوان را مورد محبت خویش قرار می‌دهد. پس از شش ماه آن جوان از منزل استاد می‌رود و به طور کلی ناپدید می‌شود. پس از آن گاهی که صحبت از آن جوان و احتمال مأمور بودن او پیش می‌آمد، استاد می‌فرمود: «من می‌دانستم که او مأمور ساواک است».
سرانجام علامه نیز مانند سایر افراد دیگر در مبارزه‌ی سیاسی‌ـ فرهنگی در دوران رژیم شاه از تعرض نیرو‌های رژیم در امان نماند. اما علی‌رغم تمامی تلاش‌ها که حتی منجر به حمله به منزل ایشان در سال ۱۳۵۲ و بازرسی کتابخانه‌ی وی گردید، رژیم در جلوگیری از فعالیت‌های ایشان ناکام بود.
