روزنامه جمهوری اسلامی در سرمقاله خود با عنوان «آقاي رئيس جمهور! استقلال قوا را به رسميت بشناسيد»، نوشت:
1 - رأي عدم اعتماد اكثريت نمايندگان مجلس شوراي اسلامي به دكتر فرجي دانا وزير علوم، تحقيقات و فناوري، طبق قانون اساسي و همانگونه كه رئيس‌جمهور روحاني گفته است، براي دولت لازم‌الاتباع است و همه بايد به اين رأي تمكين نمايند.
2 - با شناختي كه از علم، ديانت، مديريت و توانائي‌هاي دكتر فرجي دانا وجود دارد، رفتن او از وزارت علوم، تحقيقات و فناوري، موجب خسران اين وزارتخانه و دولت و كشور است، ولي از آنجا كه لازمه حاكميت رأي اكثريت به اقتضاي قانون اساسي پاي بندي به قانون است، بايد اين خسران را در برابر منفعت بالاتر كه فصل‌الخطاب بودن قانون است پذيرفت و به آن رضايت داد.
3 - تأكيد رئيس‌جمهور روحاني بر ضرورت جلوگيري از فاصله ايجاد شدن ميان دولت و مجلس، يك سياست اصولي است زيرا همكاري قواي سه گانه و نزديك بودن آنها با يكديگر از مقدمات نظام جمهوري اسلامي و برگرفته از متن و روح قانون اساسي اين نظام است. قطعاً دشمنان تلاش زيادي براي فاصله انداختن ميان قواي سه گانه نظام جمهوري اسلامي به عمل مي‌آورند و طبيعي است كه براي ناكام نمودن دشمنان بايد سران اين قوا و افراد مؤثر آنها از هيچ تلاش و كوششي فروگذار ننمايند.
4 - نزديك بودن قوا به همديگر و همكاري آنها با يكديگر، به معناي مداخله يكي از آنها در كار ديگري نيست. قانون اساسي قواي سه گانه مقننه، مجريه و قضائيه را مستقل دانسته و هيچيك از آنها حق دخالت در ديگري را ندارند. همانگونه كه قواي مقننه و مجريه حق دخالت در قوه قضائيه را ندارند و قضات بايد با استقلال كامل و بدون دخالت ديگران به پرونده‌ها رسيدگي نمايند و حكم صادر كنند، قوه مقننه نيز بايد فقط به قانونگذاري و نظارت اكتفا نمايد و قوه مجريه نيز بايد از ورود به امور غيراجرائي پرهيز كند. وظايف قواي سه‌گانه در فصول جداگانه‌اي در قانون اساسي مدون و مرزها نيز دقيقاً مشخص شده‌اند.
5 - عدم مداخله قوا در امور يكديگر يك امر تشريفاتي و تعارفي نيست. اين، يك قانون است كه التزام به آن براي هرچه بهتر اجرا شدن قانون اساسي و اداره شدن صحيح كشور ضروري است. به عبارت روشن‌تر، هيچيك از قواي سه گانه نمي‌توانند وظيفه خود و يا بخشي از آن را به قوه‌اي ديگر تفويض نمايند. مثلاً رئيس قوه قضائيه نمي‌تواند از رئيس و اعضاء قوه مجريه بخواهد درباره فلان پرونده حكم صادر كنند يا رئيس قوه مقننه نمي‌تواند از رئيس قوه قضائيه يا قضات بخواهد قانونگذاري نمايند كما اينكه رئيس‌جمهور و اعضاء دولت نيز نمي‌توانند وظايف اجرائي خود را به نمايندگان مجلس يا قضات بسپارند و از آنها مسئوليت بخواهند. اينها همه از مسلمات قانون اساسي و از مقومات نظام حكومتي اكثريت است.
6 - سخن اصلي و مهمي كه اين مقاله درصد مطرح كردن آنست اينست كه رئيس‌جمهور روحاني در يكسال رياست خود برقوه مجريه، تاكنون دوبار برخلاف استقلال قوا عمل كرده است. به همين دليل از ايشان با اصرار مي‌خواهيم اين دو مورد را اصلاح و جبران كنند و به معناي واقعي كلمه استقلال قوا را به رسميت بشناسند.
مورد اول به اولين ماه رياست جمهوري دكتر روحاني مربوط مي‌شود كه در گردهمائي سالانه ائمه جمعه سراسر كشور گفتند انتخاب استانداران و فرمانداران را با نظر نمايندگان مجلس و ائمه جمعه انجام خواهيم داد. انصافاً هم ايشان و مسئولين وزارت كشور دولت يازدهم به اين وعده عمل كرده‌اند و تاكنون در اين زمينه هيچ تخلفي از آنها سرنزده است درحالي كه اصل اين وعده، خلاف قانون اساسي بود و عدم تخلف از آن در واقع تخلف از قانون اساسي جمهوري اسلامي است.
همانگونه كه توضيح داديم، قانون اساسي نظام جمهوري اسلامي براي هر يك از قواي سه گانه وظايف و حقوقي را در نظر گرفته و آنها را مستقل از يكديگر دانسته، دخالت قوا در وظايف يكديگر را جايز نمي‌داند و چون اين استقلال امري واقعي است و تشريفاتي نيست، هيچيك از سران قوا نمي‌توانند كل يا بخشي از وظايف يا حقوق خود را به قوه‌اي ديگر واگذار نمايند. بنابر اين، از آنجا كه انتخاب استانداران و فرمانداران و ساير مسئولين اجرائي كشور از وظايف و حقوق قوه مجريه است، دخالت دادن نمايندگان مجلس در اين امر، خلاف قانون اساسي است.
در يكسال اخير، دولت يازدهم مشكلات زيادي براي انتخاب استانداران و فرمانداران داشته بطوري كه تا هفت ماه بعد از استقرار اين دولت كار تعيين آخرين استاندار به درازا كشيد و البته بعضي انتخاب‌ها مطلوب نبوده و قبل از آنكه عمر دولت به يكسال برسد ناچار شد يكي از آنها را تغيير دهد و تغيير بعضي ديگر از آنها نيز مورد درخواست مردم است.در مورد فرمانداران نيز وضعيت بدتر از اينست بطوري كه بسياري از فرمانداران به دليل مخالفت نمايندگان مجلس هنوز تغيير نكرده‌اند و در مواردي هم بعضي نمايندگان مجلس اصرار بر تغيير فرمانداراني دارند كه خوب كار كرده‌اند و مردم از آنها رضايت دارند.
مورد دوم، بودجه كلاني است كه دولت در اختيار استانداران قرار داده تا با نظر نمايندگان استان‌ها هزينه شود. هزينه كردن بودجه از وظايف و اختيارات مسئولين قوه مجريه است و نمايندگان مجلس حق دخالت در آن را ندارند كما اينكه در مورد پاسخگوئي و چگونگي هزينه شدن‌ها نيز مسئوليتي ندارند. طبيعي است كه نمايندگان مجلس از اين اقدام دولت استقبال مي‌كنند زيرا به تقويت جايگاه آنها در حوزه انتخابيه‌شان منجر مي‌شود. به عبارت روشن‌تر، دولت دكتر روحاني با انجام يك اقدام خلاف قانون به تقويت جايگاه نمايندگان مجلس در حوزه‌هاي انتخابيه‌شان پرداخته است.
روشن است كه دولت اگر با خيرخواهي اقدام به دادن اين دو امتياز خلاف قانون به نمايندگان مجلس كرده باشد حداقل اينست كه مرتكب خلاف قانون شده و نمي‌توان نمايندگان را پاسخگوي عملكردها در اين دو مورد دانست. و اگر هدف دولت از اين دو اقدام، جلب نظر و رأي نمايندگان بوده باشد، مي‌بينيم كه به اين هدف نرسيده است و نتيجه استيضاح وزير علوم تازه‌ترين شاهد بر اين مدعاست. هر چند در اين زمينه نمي‌توان نمايندگان را سرزنش كرد زيرا آنها به حق قانوني خود عمل كرده‌اند. حتي اگر دولت مي‌توانست با اين اقدامات به هدف خود برسد باز هم زير سؤال بود زيرا مسئولين حق ندارند با اقدامات خلاف قانون درصدد تحقق اهداف خود حتي اگر خيرخواهانه باشد بر آيند.
اين تجربه نشان مي‌دهد پاي‌بندي به قانون، همواره ارزشمند و مفيد است. سران قوا بايد بيش از ديگران براي حفاظت از استقلال قوا بكوشند و در اين ميان رئيس‌جمهور كه بيش از دو رئيس قوه ديگر در اجراي قانون اساسي مسئوليت دارد بايد مواظبت بيشتري در اين زمينه داشته باشد و در عمل استقلال قوا را به رسميت بشناسد.
