محمدنبی حبیبی برای چندمین‌بار اعلام کرد صدور فرمان اقدام مسلحانه و قتل حسنعلی منصور با فتوای شهید مطهری بوده است. این ادعا بارها به بهانه‌های مختلف از سوی اعضای این حزب تکرار شده است. بااین‌حال برخی مانند علی مطهری، فرزند شهید مطهری، با وجود تأیید نقش پدر ولی اشاره‌ای به ماجرای فتوا نمی‌کند. محمد غرضی هم منکر نقش شهید مطهری در ماجرای ترور و اقدام مسلحانه شده است.
به گزارش شرق، دبیرکل حزب مؤتلفه اسلامی در مراسم سالگرد شهدای مؤتلفه گفته است: «مرحوم شهید مطهری در یک جلسه در تشکیلات مؤتلفه اسلامی گفت که دیگر سخنرانی و بیانیه‌دادن علیه رژیم فایده‌ای ندارد، بلکه باید چند نفر از سران رژیم شاه به خاک افکنده شوند تا این رعب و یأس بشکند».
محمدنبی حبیبی اردیبهشت‌ماه سال گذشته در دیدار اعضای حزب مؤتلفه اسلامی با خانواده آیت‌الله مطهری در سالروز شهادتش هم گفته بود: «در ملاقاتی که با آیت‌الله سیستانی در چند سال پیش داشتم، گفتم در زمان رعب و یأس رژیم ستمشاهی در سال ۴۲ شهید مطهری بود که جرقه کار مسلحانه در مؤتلفه اسلامی را زد و پیشنهاد اعدام انقلابی حسنعلی منصور را داد که این مطلب حتی مورد تعجب آیت‌الله سیستانی بود. این مسئله نشان می‌دهد ابعاد مختلف شخصیتی شهید مطهری مغفول مانده است».
حبیب‌الله عسگراولادی، دبیرکل حزب مؤتلفه، در خرداد ۹۱ هم در سخنرانی خود در نماز جمعه تهران گفته بود: «شهید مطهری که عضو شورای روحانیت مؤتلفه بود با توجه به وجود شرایط استبداد در کشور، ذلت اربابان رژیم در مقابل بیگانگان، وجود جو رعب و یأس در بین مردم به این نتیجه رسیدند که دیگر سخنرانی و مقاله‌دادن نتیجه نمی‌دهد و نیاز به کار مسلحانه است. ازاین‌رو شهید مطهری اظهار کردند باید چند نفر از سران رژیم شاه به خاک بیفتند تا این جو شکسته شود». آیت‌الله هاشمی‌رفسنجانی هم چند سال قبل در مراسمی به مناسبت سالگرد شهادت استاد مطهری تأکید کرده بود که «آیت‌الله مطهری در یک حرکت سری، فتوای ترور منصور را داده بودند و این خیلی سری بود.
من هم آن روز [اول بهمن ۱۳۴۳، روز اجرای عملیات ترور منصور] به مدرسه مروی رفتم و قیافه آقای مطهری را دیدم. هیچ‌گاه از ایشان این خوشحالی و خنده‌های بی‌اختیار را ندیده بودم، طوری که می‌دانست موفق بوده و کار اصیلی انجام شده است... اگر من حالت‌های مختلف ایشان را کنار هم بگذارم، حدس قوی می‌رود که آقای مطهری فتوای این ترور را داده است». این درحالی است که مرحوم آیت‌الله انواری که خودش در پی ترور حسنعلی منصور؛ به دست مأموران اطلاعات شهربانی دستگیر و روانه بازداشتگاه شده بود، بعدها در خاطراتش گفته بود که آیت‌الله مطهری توافقی با مشی مسلحانه نداشت و می‌گفت قبل از آموزش صحیح جوانان انقلابی با توجه به شرایط محیطی، به‌ویژه رونق افکار الحادی در جامعه، این کار نتیجه عکس خواهد داد.
بااین‌حال در «پایگاه اطلاع‌رسانی آستان مقدس امام‌خمینی» نوشته شده که «پس از تبعید حضرت امام به ترکیه، یاران مؤتلفه پس از کسب اجازه از آیت‌الله مرتضی مطهری و اذن آیت‌الله العظمی سیدمحمد هادی میلانی، تصمیم به ترور انقلابی حسنعلی منصور نخست‌وزیر سرسپرده شاه گرفتند».
علی مطهری، فرزند آیت‌الله مطهری پیش‌تر گفته بود: «بعد از ۱۵ خرداد شهید مطهری با جمعیت مؤتلفه اسلامی ارتباط داشت و یکی از رابط‌های این جمعیت با امام بود. بعد از مدتی ترور حسنعلی منصور (نخست‌وزیر وقت) پیش آمد که شهید مطهری در این واقعه نقش داشت زیرا محمد بخارایی (ضارب منصور) از شاگردان شهید مطهری بود و در دادگاه هم اسمی از شهید مطهری برده بود ولی چون قاضی دادگاه ارادت زیادی به پدرم داشت و ظاهرا در قم پای درس ایشان نشسته بود به بخارایی می‌گوید ساکت باش و به هر حال پدرم از این ماجرا جان سالم به‌در برد، درحالی‌که آیت‌الله انواری که نقش کمتری در این قضیه داشت به ۱۴ سال زندان محکوم شد». محمد غرضی منکر نقش آیت‌الله مطهری در ترور منصور شده و گفته است: «آقای هاشمی سهم پیدا کرد و آقای مطهری و آقای بهشتی سهم پیدا نکردند».
در زندگی‌نامه‌ای که در پایگاه اطلاع‌رسانی آیت‌الله مطهری منتشر شده، هیچ اشاره‌ای به پیشنهاد ایشان برای ترور منصور نشده است. در این زندگی‌نامه آمده است: «پس از تشکیل هیئت‌های مؤتلفه اسلامی، استاد مطهری از سوی امام‌خمینی همراه چند تن دیگر از شخصیت‌های روحانی عهده‌دار رهبری این هیئت‌ها می‌گردد. پس از ترور حسنعلی منصور نخست‌وزیر وقت توسط شهید محمد بخارایی کادر رهبری هیئت‌های مؤتلفه شناسایی و دستگیر می‌شود ولی از آنجا که قاضی که پرونده این گروه تحت نظر او بود مدتی در قم نزد استاد تحصیل کرده بود به ایشان پیغام می‌فرستد که حق استادی را به جا آوردم و به‌این‌ترتیب استاد شهید از مهلکه جان سالم بدر می‌برد».
منصور، نخستین دبیرکل حزب ایران نوین و نخست‌وزیر وقت در روز اول بهمن ۱۳۴۳ به دست گروهی از مخالفان مسلح رژیم در مقابل مجلس شورای ملی ترور شد. به دنبال بازداشت عوامل این ترور از جمله محمد بخارایی [ضارب]، مرتضی نیک‌نژاد، رضا صفارهرندی و صادق امانی مشخص شد که طرح این ترور از سوی گروهی از جوانان مذهبی که از چند ماه پیش از آن تحت عنوان «هیئت‌های مؤتلفه اسلامی» فعالیت خود را سامان داده بودند، برنامه‌ریزی شده است؛ جمعی که بعدها نطفه تشکیل «حزب مؤتلفه اسلامی» شدند؛ تشکلی سیاسی که در دو دهه نخست پس از انقلاب نقش‌آفرین مهمی در عرصه سیاست ایران بود.
