پس از بیانات رهبر انقلاب در اعتراض به شورای نگهبان، علی لاریجانی به رهبر انقلاب نامه نوشت.
فرارو- رهبر انقلاب روز جمعه در دیدار تصویری با مردم در سخنانی به مناسبت سی و دومین سالروز رحلت حضرت امام خمینی (ره) فرمودند: در جریان عدم احراز صلاحیت به برخی کسانی که صلاحیتشان احراز نشد جفا شد. به خودشان و خانواده‌هایشان نسبت‌هایی داده شد که معلوم شد خلاف است. فضای مجازی بدون هیچ قید و بندی این مسایل را منتشر کردند.
پس از سخنان رهبر انقلاب، عباسعلی کدخدایی سخنگوی شورای نگهبان گفت: فرمایشات مقام معظم رهبری مدظله العالی فصل الخطاب است و حکم ایشان لازم الاتباع. شورای نگهبان با اذعان به اینکه مصون از خطا نمی‌باشد بزودی نظر خود را اعلام خواهد کرد.
بلافاصله، اما عضو ارشد دفتر حفظ و نشر آثار آیت‌الله خامنه‌ای احتمال تایید صلاحیت علی لاریجانی را رد کرد.
مهدی فضائلی در توییتر نوشت: تعریض رهبرانقلاب به جفا و ظلم به برخی نامزد‌ها در جریان احراز صلاحیت برای ریاست جمهوری، متوجه شورای محترم نگهبان نیست و تاثیری در نتیجه اعلام شده از سوی این شورا ندارد.
از طرف دیگر منصور حقیقت پور مشاور علی لاریجانی نیز گفت: ما آماده جلسه اضطراری امروز شورای نگهبان هستیم تا فرمان رهبر انقلاب و امام ما روی زمین نماند. ما خواهش می‌کنیم از اعضای محترم شورای نگهبان که جلسه اضطراری تشکیل دهند وحق را به حق دار برسانند.
محمد مهاجری از دیگر مشاوران علی لاریجانی نیز خواهان تایید صلاحیت علی لاریجانی شد و از حسن روحانی رئیس جمهور خواست که انتخابات را به عقب بیاندازد.
اما پس از گمانه‌زنی‌های بسیار سرانجام شورای نگهبان اعلام کرد که گزارش‌های نادرست در بررسی صلاحیت‌ها موثر نبوده است.
در اطلاعیه شورای نگهبان آمده است: "شورای نگهبان ضمن تاکید بر حفظ حرمت اشخاص و محکوم نمودن هتک حرمت و حیثیت داوطلبان و خانواده‌های ایشان از کلیه رسانه‌ها موکدا می‌خواهد با توجه به محرمانه بودن بررسی صلاحیت‌ها در این شورا و با عنایت به اینکه در بررسی‌ها مجموعه‌ای از موضوعات، مستندات و مدارک مورد ارزیابی قرار گرفته و برخی گزارش‌های نادرست در نظریه نهایی شورای نگهبان موثر نبوده است، از گمانه‌زنی و استناد به امور غیرواقعی و نادرست اجتناب نمایند."
پس از انتشار بیانیه شورای نگهبان علی لاریجانی به رهبر انقلاب نامه نوشت. متن نامه علی لاریجانی بدین شرح است:
بسمه تعالی
محضر مبارک رهبر فرزانه انقلاب اسلامی
حضرت آیت‌الله خامنه‌ای دامت برکاته
با سلام و عرض ارادت.
بیانات حکیمانه حضرتعالی در سالگرد رحلت پیشوای بزرگ انقلاب اسلامی امام خمینی (قدس سره) برای آینده کشور، بار دیگر پایه‌های استوار و عقلانی نظام جمهوری اسلامی را ظهور بخشید.
تذکر و مطالبه جنابعالی نیز در رفع ظلم و جفایی که در بررسی صلاحیت کاندید‌های ریاست‌جمهوری رخ داد؛ بزرگی و بزرگواری و روحیه حق‌طلبی آن حضرت را بیش از پیش عیان نمود.
سپاسگزارم
از خداوند متعال طول عمر با عزّت برای آن جناب خواستارم.
بنده خدا
علی لاریجانی
