در ابتدای پیروزی انقلاب بحث‌هایی در جامعه سیاسی مذهبی پیرامون مواجهه آیت الله خویی با مسائل انقلاب مطرح شد. این بحث آنجا حساس‌تر می‌شد که ایشان تقریبا در حوادث ۱۳۴۲تا ۱۳۵۷ سکوت کرده بودند و همین سکوت، شائبه‌هایی را در بین مقلدان ایشان ایجاد کرده بود.
موسسه مطالعات و پژوهش‌های سیاسی نوشت: مرحوم آیت الله العظمی سیدابوالقاسم خویی در سیاست ورود نمی‌کرد و شاگردان ایشان هم کمابیش از شیوه او پیروی می‌کردند.
در ابتدای پیروزی انقلاب بحث‌هایی در جامعه سیاسی مذهبی پیرامون مواجهه آیت الله خویی با مسائل انقلاب مطرح شد. این بحث آنجا حساس‌تر می‌شد که ایشان تقریبا در حوادث ۱۳۴۲تا ۱۳۵۷ سکوت کرده بودند و همین سکوت، شائبه‌هایی را در بین مقلدان ایشان ایجاد کرده بود.
اما نزدیک شدن به زمان رفراندوم برای نظام جمهوری اسلامی، سکوت این مرجع تقلید را شکست و در تاریخ ۸فروردین ۱۳۵۸ در نامه‌ای دیدگاه خود را در مورد تشکیل نظام جمهوری اسلامی و مراعات مذهب شیعه اثی اعشری درتصویب قوانین آن اعلام کرد.
متن نامه که به زبان فارسی و در ربیع‌الثانی سال ۱۳۹۹ قمری مصادف با هشتم فروردین ۱۳۵۸ شمسی نوشته شده بدین شرح است:
شکر و سپاس بی حد خداوند متعال را که ملت مسلمان غیور ایران در اثر مجاهدات و فداکاری‌های خود توانستند آزادانه و بدون هیچ تحمیلی رای خود را اظهار دارند و در این زمینه رای اینجانب این است که همگی نسبت به تشکیل حکومت جدید جمهوریت اسلامی را انتخاب نمایند و از آنجایی که اکثریت ساحقه این ملت شیعه اثناعشری می‌باشند لازم است برای مراعات حقوقشان قوانین مجعوله نسبت به این اکثریت موافق مذهب آن‌ها گردد.
این مرجع تقلید در روز شنبه، ۸ صفر ۱۴۱۳ ـ ۱۷ مرداد ۱۳۷۱، به علت بیماری قلبی در سن ۹۴ سالگی در نجف درگذشت و در مسجد الخضراء صحن حرم علی بن ابیطالب دفن شد. در فضای امنیتی حکومت صدام اجازه مراسم تشییع پیکر ایشان با حضور مردم داده نشد.
