برخورد کشور‌های غربی با سازمان مجاهدین خلق نشان‌دهنده بهره‌برداری سیاسی آنها از این سازمان در راستای اهداف خود است. درحالی‌که کارنامه اقدامات تروریستی سازمان مجاهدین کاملاً روشن و بارز است، اما آمریکا و کشور‌های عضو اتحادیه اروپا در رفتار‌های متضاد با نادیده گرفتن اقدامات تروریستی و فرقه‌ای این سازمان به بهره‌برداری از آن روی آورده است. این رفتار فصلی و بدون ثبات فاقد ویژگی‌های یک رفتار حقوقی و مشخصاً حقوق بشری است و به درستی مایه نگرانی ایران است.
هم‌میهن نوشت: وقتی جورج بوش در ۲۸ اردیبهشت ۱۳۸۲ پایان عملیات رزمی برای اشغال عراق و سرنگونی صدام حسین را اعلام کرد، علاوه بر سرنگونی رژیم بعثی، طومار حضور بیست‌ودوساله سازمان مجاهدین خلق (منافقین) نیز در عراق بسته شد و در مدت کوتاهی در اروپا و سایر مناطق جهان نیز مورد هجوم قرار گرفت. فرانسه که مقر سیاسی منافقین محسوب می‌شد نیز بلافاصله به سرکوب و دستگیری رهبران این گروه تروریستی در خاک خود دست زد. اما چه شد که دوباره پای منافقین به کشور‌های اروپایی باز شد و مریم رجوی رهبر این گروهک، مهمان مجالس اروپایی شد که دو دهه قبل‌تر این گروه را وحشی‌ترین و بی‌رحم‌ترین فرقه‌ها در جهان معرفی می‌کردند.
سازمان مجاهدین خلق که خیلی زود پس از پیروزی انقلاب و استقرار جمهوری اسلامی در ایران لقب منافقین به خود گرفت با عملیات‌های تروریستی هفتم‌تیر مجبور به فرار از ایران و استقرار در کشوری دیگر شد. فرانسه به‌عنوان محل استقرار پیشین امام‌خمینی (ره) و ابوالحسن بنی‌صدر، نخستین رئیس‌جمهور عزل‌شده، گزینه عجیبی بود. کشوری که میزبان رهبران نظام جدید شده بود در کمتر از سه سال مخالفان تروریست همین نظام جدید را به همراه رئیس‌جمهور فراری در خاک خود پذیرفت و به مقر سیاسی سازمان بدل شد و با مشارکت ابوالحسن بنی‌صدر نهادی به نام شورای مقاومت ملی ایران را تاسیس کردند. رجوی به سرعت راه اتحاد با رژیم صدام را طی کرد و در جنگ تحمیلی در کنار ارتش بعثی علیه ایران جنگید و عراق به پایگاه اصلی و نظامی سازمان منافقین بدل شد، اما حضور در پاریس به‌عنوان یکی از مراکز خبری و سیاسی جهان از اهمیت فوق‌العاده‌ای برای منافقین برخوردار بود و برنامه‌های سیاسی و خبری منافقین عموماً در فرانسه انجام می‌شد.
با وجود مشارکت سازمان منافقین در اقدامات تروریستی که به شهادت نزدیک به ۱۷ هزار نفر ایرانی منجر شد، دولت فرانسه تا زمان حمله آمریکا به عراق از اقدام علیه این سازمان اجتناب کرد. با حمله آمریکا به عراق بود که جنایت‌های تروریستی سازمان مجاهدین خلق در مشارکت با رژیم بعثی عراق به‌ویژه علیه شهروندان عراقی مورد توجه کشور‌های غربی قرار گرفت. سازمان مجاهدین خلق در زمستان ۱۳۶۹ در سرکوب قیام شعبانیه مردم عراق و همچنین عملیات انفال علیه کرد‌های شمال عراق مشارکت کرد که هر کدام از این سرکوب‌ها منجر به مرگ هزاران شهروند عراقی شد و همین موضوع عامل نفرت و انزجار اپوزیسیون عراق از این گروه تروریستی بود و اخراج آنان از عراق و پیگرد در سایر مناطق جهان علاوه بر جمهوری اسلامی ایران به یکی از خواسته‌های اپوزیسیون عراقی نیز بدل شد. با سرنگونی رژیم بعثی در اردیبهشت ۱۳۸۲ پیگرد مجاهدین خلق در فرانسه نیز به جریان افتاد. هرچند این پیگرد با مذاکرات هسته‌ای ایران و اتحادیه اروپا نیز بی‌ارتباط نبود.
با روی کار آمدن دولت تندرو جورج بوش در آمریکا مذاکرات هسته‌ای با محوریت اروپا و ایران پیگیری شد و پیشرفت قابل ملاحظه‌ای نیز داشت. خاویر سولانا مسئول سیاست خارجی اتحادیه اروپا در مذاکرات با حسن روحانی دبیر شورای عالی امنیت ملی به تعهدات امنیتی دوجانبه رسیده بودند که به‌معنای برخورد با مخالفان جمهوری اسلامی در اروپا نیز بود. در واقع ایران در جریان مذاکرات هسته‌ای شکایت‌های امنیتی خود را در زمینه حمایت کشور‌های غربی از اپوزیسیون مسلح و تروریستی خود مطرح کرده و از آنان خواست که حسن‌نیت خود را در قبال جمهوری اسلامی به اثبات برسانند و دست از حمایت از سازمان مجاهدین خلق بردارند. این درخواست با قطعنامه‌های سازمان ملل برای تحریم مالی سازمان تروریستی پس از حادثه یازده سپتامبر نیز در یک راستا بود؛ در واقع تصمیم اتحادیه اروپا برای قرار دادن نام سازمان مجاهدین خلق در فهرست گروه‌های تروریستی در سال ۲۰۰۲ مبتنی بر اقداماتی بود که پس از حملات ۱۱ سپتامبر سال ۲۰۰۱ برای احترام به قطعنامه شماره ۱۳۷۳ شورای امنیت سازمان ملل متحد در پیش گرفته شد. طبق این قطعنامه، اعضای سازمان ملل متحد به قطع هرگونه کمک مالی به گروه‌های تروریستی ملزم شدند. هرچند متحدان و طرفداران سازمان مجاهدین خلق اتحادیه اروپا را متهم کردند که با هدف راضی نگه داشتن ایران و در چارچوب مذاکرات هسته‌ای نام این گروه را در فهرست سازمان‌های تروریستی قرار داده است.
دولت استرالیا یکی از نخستین کشور‌هایی بود که در پی قطعنامه سازمان ملل، در دسامبر سال ۲۰۰۱ سازمان مجاهدین خلق را یک گروه تروریستی اعلام کرد. وزیر امور خارجه و دادستان کل استرالیا طی بیانیه مطبوعاتی مشترکی در خصوص اقدامات این کشور مبنی بر اعلام اسامی سازمان‌های تروریستی، سازمان مجاهدین خلق را جزو سازمان‌های تروریستی اعلام کرد و اموال و دارایی‌های آنها را مسدود و هرگونه همکاری مالی و ارائه کمک اتباع و شرکت‌های استرالیایی با آنها را ممنوع اعلام کرد. در این بیانیه اعلام شد دولت استرالیا ارجحیت بسیار بالایی در اطمینان از اجرای جامع و عادلانه این تصمیم قائل می‌باشد. این اقدام براساس قطعنامه شماره ۱۳۷۳ و اقدامات ضدتروریستی شورای امنیت سازمان ملل در مورد مسدود نمودن دارایی‌های افراد و گروه‌های تروریستی انجام پذیرفت. در سال ۱۹۹۱، گروهک منافقین در یک اقدام تروریستی و خلاف کنوانسیون و عرف بین‌الملل، به سفارت جمهوری اسلامی ایران در کانبرا حمله مسلحانه نموده و با به آتش کشیدن نمایندگی، بعضی از پرسنل آن را مورد ضرب و شتم قرار داد. این حمله خشن و تروریستی به‌صورت کامل فیلمبرداری و در مطبوعات و رسانه‌های استرالیا انعکاس یافت. با این وجود استرالیا تا سال ۲۰۰۱ و در زمان قطعنامه‌های سازمان ملل از اقدام شاخصی علیه مجاهدین خلق اجتناب کرد.
فرانسه به‌عنوان یکی از رهبران اتحادیه اروپا و مقر سازمان مجاهدین خلق و نهاد سیاسی وابسته به آن (شورای ملی مقاومت) در پی قطعنامه سازمان ملل و مذاکرات با ایران، به برخورد سختی با سازمان روی آورد. نیروی ضدتروریسم فرانسه بهار سال ۱۳۸۲ با حکم «لویی بروگر» قاضی مشهور ضدتروریسم فرانسوی در اقدامی هماهنگ به مقر‌های سازمان مجاهدین حمله کرد و روز بعد «نیکولا سارکوزی» وزیر کشور وقت فرانسه که بعد‌ها به ریاست‌جمهوری برگزیده شد، گفت: «گروهک تروریستی مخالف دولت ایران با عملیات مأموران ضدتروریست فرانسه به‌طور کامل در این کشور منهدم شده است. مأموران این کشور به حکم «لویی بروگر» قاضی ضدتروریسم فرانسه اقدام به دستگیری اعضای این گروهک کردند. پلیس ضدتروریسم فرانسه در مقر‌های گروهک منافقین در پاریس مقادیر زیادی تجهیزات لجستیکی و عملیاتی کشف کرد.» به گفته سارکوزی «ژان‌لویی برو گیر» قاضی ضدتروریسم فرانسه در سراسر جهان به‌خاطر کارآمدی در مبارزه با تروریسم مشهور است و حکم او نتیجه ماه‌ها تحقیق و بررسی بوده است.
مقر‌های اعضای گروهک مجاهدین در حومه پاریس به‌عنوان مهم‌ترین پایگاه‌های این گروه در اروپا محسوب می‌شد. مأموران ضدتروریسم فرانسه ساعت شش صبح ۱۷ ژوئن ۲۰۰۳ طی عملیاتی به ۱۳ مقر گروهک منافقین در حومه پاریس حمله کرده و ۱۶۵ تن از اعضای آنان را دستگیر کردند. در جریان این عملیات مریم رجوی، برادر وی و برادر مسعود رجوی نیز دستگیر شده‌اند. سارکوزی به خاطر عملیات پلیس فرانسه بر ضد مقر این گروهک در «اوور سور اوئاز» نزدیک پاریس، توسط نمایندگان چپ به مجلس سنای فرانسه احضار شد و در آنجا نیز قاطعانه از عملکرد نیرو‌های امنیتی و قضایی دفاع کرد و اطمینان داد که فرانسه نمی‌تواند استقرار ستاد فرماندهی یک سازمان بین‌المللی تروریستی را در خاک خود تحمل کند. سارکوزی گفت که فکر نمی‌کند صحیح باشد کوچک‌ترین جنجالی درباره این مسئله برای افرادی که لیاقت آن را ندارند، صورت داد. وی مجاهدین خلق را جزو وحشی‌ترین و بی‌رحم‌ترین فرقه‌های افراطی دانست.
سارکوزی به سناتور‌های کمونیست که وی را به سنا فراخوانده بودند، گفت: «اگر آنها ۲۰ سال است که در فرانسه هستند باید این پرسش را مطرح کرد که چرا تاکنون آنها اینجا هستند و نه اینکه چرا ما بر ضد آنان وارد عمل شدیم. این عملیات همچنین این پیام را دارد که از زمانی که سازمانی در فهرست سازمان‌های تروریستی اتحادیه قرار گرفت، همبستگی فرانسه در قبال جامعه بین‌المللی ایجاب می‌کند باید آنچه را که لازم است، انجام دهند.»
«دومینیک پرپن» وزیر دادگستری فرانسه نیز از دستگیری اعضای گروهک منافقین توسط پلیس ضدتروریست این کشور ابراز خرسندی کرد. پرپن در بیانیه‌ای اعلام کرد: «همکاری سرویس‌های مختلف امنیتی، قضایی و پلیسی فرانسه در دستگیری ۱۶۵ تن از اعضای گروهک مجاهدین ایران موجب خوشحالی است. کیفیت این همکاری بسیار عالی بود؛ به‌طوری‌که دستگیری اعضای این سازمان بدون هیچ مشکلی انجام شد. این عملیات براساس تحقیقات کامل «ژان لویی بروگر» قاضی تروریسم فرانسه انجام شده است. در این عملیات از ستاد فرماندهی این گروه مقادیر قابل ملاحظه‌ای پول نقد، تسلیحات و تجهیزات لجستیکی و عملیاتی بسیار پیشرفته به‌دست آمده است.»
روزنامه گاردین در رابطه با این عملیات نوشت: «پلیس فرانسه می‌گوید که خانم رجوی زنی بی‌رحم است که مجاهدین را به سمت فرقه‌گرایی و تروریسم هدایت کرده است. افسانه‌های زیادی پیرامون او وجود دارد که به سختی می‌توان حقیقت را از افسانه جدا کرد. شوهرش رئیس مجاهدین خلق و ارتش ۱۰۰۰۰ نفری آن در پایگاه‌هایی در عراق است که در پی جنگ، توسط نیرو‌های آمریکایی تسخیر شده است و همین موضوع یکی از دلایلی است که فرانسه معتقد است این گروه به فعالیت مسلحانه در اروپا روی خواهد آورد.»
شبکه سه تلویزیون فرانسه در همین رابطه از کشف پنج کامیون تجهیزات لجستیکی، عملیاتی، دستگاه‌های رایانه و اسناد و مدارک از مقر‌های مجاهدین در حومه پاریس خبر داد. به گزارش خبرنگار این شبکه تلویزیونی از محل ستاد فرماندهی این گروهک تروریستی، مقر اصلی مجاهدین در حومه پاریس که مالک آن صالح رجوی برادر مسعود رجوی بوده است، هشت هزارمتر مربع وسعت دارد. به گفته این شبکه، در این مقر مدارک و تجهیزات رایانه‌ای، ماهواره‌ای و عملیاتی بسیار پیشرفته کشف شده است. مدارک و تجهیزات به‌دست‌آمده برای بررسی تحویل کارشناسان قضایی و «ژان لویی بروگر» قاضی ضدتروریسم فرانسه شد. اعضای گروهک مجاهدین از این ستاد پس از سقوط رژیم صدام حسین به‌عنوان ستاد عملیاتی فرماندهی این گروهک در اروپا استفاده می‌کردند. به گفته این شبکه از گاوصندوق این مقر نیز نزدیک به یک میلیون و ۳۰۰ هزار دلار به دست آمد. شبکه سه تلویزیون فرانسه در پایان گزارش خود اعلام کرد که به احتمال زیاد، مسعود رجوی نیز در عراق توسط آمریکایی‌ها دستگیر شده است.
پلیس آلمان نیز در رابطه با برخورد اتحادیه اروپا با مجاهدین خلق به همراه نیرو‌های دادستانی این کشور، با نفوذ دادن نیرو‌های خود به داخل انجمن پناهندگان وابسته به مجاهدین خلق، اسناد و اطلاعات مهمی از اعمال خلاف قانون این سازمان به‌دست آورد. مجله آلمانی فوکوس طی گزارشی در آخرین شماره خود با بیان این مطلب پیرامون سوءاستفاده مالی انجمن کمک به کودکان پناهنده ایرانی در آلمان که وابسته به این سازمان می‌باشد نوشت: «پلیس قبل از آغاز عملیات خود علیه مجاهدین با کارگذاری دستگاه شنود در دفاتر مربوطه به «انجمن کمک به کودکان پناهنده ایرانی» گفتگو‌های انجام‌شده در این انجمن را نیز ضبط و شنود کرده است. دفاتر «انجمن کمک به کودکان پناهنده ایرانی» مورد بازجویی قرار گرفت و هویت بیش از ۲۵ نفر دیگر از متخلفین را نیز ثبت کرده‌اند. این انجمن متهم است که پول‌های دریافتی برای مخارج کودکان تحت‌الکفایه خود را برای اقدامات مسلحانه در اختیار مجاهدین گذاشته شده است.
ایالات متحده آمریکا جزو کشور‌هایی بود که با تاخیر بیشتری سازمان مجاهدین خلق را در ۱۵ اگوست ۲۰۰۳ در فهرست سازمان‌های تروریستی خارجی (FTO) خود قرار داد. وزارت امور خارجه آمریکا اعلام کرد که فعالیت گروهک تروریستی را ممنوع کرده و با مسدود کردن دارایی‌های این گروه دفاتر آنها را نیز تعطیل خواهد کرد. در اعلامیه وزارت خارجه آمریکا که به امضای «کالین پاول» در دفتر ثبت فدرال این کشور منتشر شد، شورای ملی مقاومت، غیرقانونی و تشکیلاتی تروریستی اعلام شده است. این اعلامیه بیان کرده بود این ممنوعیت، شورای ملی مقاومت و همچنین دفتر نمایندگی این گروه در آمریکا و تمامی دفاتر آن در سراسر دنیا را شامل می‌شود. آمریکا در میان صد‌ها اقدام تروریستی سازمان مجاهدین علیه شهروندان ایرانی، این سازمان را تنها به خاطر قتل پرسنل آمریکایی در ایران در دهه ۱۹۷۰ و ارتباطش با صدام‌حسین، در این فهرست قرار داد.
وزارت امور خارجه آمریکا پیشتر در برگه اطلاعاتی از سازمان مجاهدین خلق که برای اعضای کنگره آمریکا ارسال کرده نگرانی‌های خود را در مورد این سازمان و مشارکتش در تروریسم و اینکه چرا حاضر به ملاقات با نمایندگان این سازمان نیست، ابراز کرده است. وزارت امور خارجه آمریکا در سال ۱۹۹۲ بر این باور بوده که «مجاهدین خلق، یک گروه انقلابی چپ است که در سال ۱۹۶۳ تشکیل شده و اصول بنیانگذاران آن شامل ایجاد یک حکومت اسلامی مارکسیستی در ایران بود. مخالفت با «امپریالیسم» که ظاهراً توسط ایالات متحده تجسم یافته و مخالفت با صهیونیسم و اسرائیل و وابستگی نزدیک به جنبش‌های رادیکال جهان سوم فلسفه سیاسی این سازمان بوده است که مجاهدین خلق را در صف مقدم گروه‌های مخالف ایرانی قرار داد که از سرنگونی شاه حمایت می‌کردند و منجر به مخالفت شدید مجاهدین خلق با دخالت ایالات متحده در ایران شد.
سازمان مجاهدین خلق علناً از تسخیر سفارت ما در تهران در سال ۱۹۷۹ حمایت کرد. برای دستیابی به اهداف سیاسی خود، مجاهدین خلق تقریباً از بدو تأسیس خود دست به اقدامات تروریستی و خشونت‌آمیز زده است. این سازمان مسئول حملات مرگبار به چندین آمریکایی در ایران در دهه ۱۹۷۰ بود. از زمان جدایی از نظام [امام]خمینی در سال ۱۹۸۱، مجاهدین خلق درگیر مبارزه مسلحانه با دولت ایران بوده و از روش‌های تروریسم و خشونت سیاسی علیه مقامات ایرانی استفاده کرده است. شاخه نظامی مجاهدین خلق، ارتش آزادی‌بخش ملی، از پایگاه‌هایی در عراق استفاده می‌کند و در طول جنگ ایران و عراق از حمایت عراق برای حملات به خاک ایران برخوردار بود. این سازمان همچنان از حمایت عراق برخوردار است.»
مجاهدین خلق در تلاش برای جلب حمایت آمریکا هرگونه دخالت در ربودن و ترور مستشاران آمریکایی رژیم شاه را رد می‌کند و تاکید می‌کند که آنها کار جناح مارکسیست-لنینیست جداشده، معروف به پیکار بوده است. با این حال مصاحبه‌ها و اطلاعیه‌های سازمان مجاهدین خلق در حمایت از تسخیر سفارت آمریکا موضوع قابل انکاری نبود و تا سال‌ها گریبان مجاهدین را گرفته بود. مسعود رجوی در پی حمله آمریکا به عراق در سال ۲۰۰۳ ناپدید شد. محل نگهداری و وضعیت فعلی او مشخص نیست. برخی از تحلیلگران معتقدند که او مرده است. کریم سجادپور، کارشناس مسائل ایران در بنیاد کارنگی برای صلح بین‌المللی، در مصاحبه‌ای با CFR گفت: «رهبران فرقه معمولاً بازنشسته نمی‌شوند. آنها یا می‌میرند یا به زندان می‌روند. اگر مسعود رجوی هنوز زنده باشد تعجب می‌کنم.»
منافقین که در پی حمله آمریکا به عراق حمایت رژیم بعثی را از دست دادند و در اتحادیه اروپا نیز تحت تعقیب قرار گرفتند، در ادامه با وضعیت بدی مواجه شدند و پس از خلع سلاح در پایگاه اشرف محدود شدند، تا اینکه در سال ۲۰۰۴، دونالد رامسفلد، وزیر دفاع ایالات متحده، این گروه را تحت کنوانسیون ژنو به‌عنوان «افراد محافظت‌شده» غیرنظامی معرفی کرد؛ عنوانی که برخلاف توصیه‌های وزارت امور خارجه ایالات متحده و دفتر کمیساریای عالی سازمان ملل در امور پناهندگان و کمیته بین‌المللی صلیب سرخ بود. براساس گزارش رند در سال ۲۰۰۹، این تصمیم «بسیار بحث‌برانگیز بود، زیرا به نظر می‌رسید که ایالات متحده به‌طور گزینشی تصمیم گرفت کنوانسیون ژنو را برای یک سازمان تروریستی تعیین‌شده اعمال کند و علاوه بر آن، به آن وضعیت ویژه اعطا کند.»
این نامگذاری پس از به دست آوردن مجدد حاکمیت کامل عراق در ژانویه ۲۰۰۹ منقضی شد و با انتقال کنترل اشرف به نیرو‌های عراقی خشونت بین ارتش عراق و ساکنان اردوگاه درگرفت که به گفته سازمان ملل، به کشته شدن سی‌وپنج نفر از نیرو‌های مجاهدین خلق منجر شد. با توجه به اصرار دولت عراق برای بستن پایگاه اشرف و اخراج نیرو‌های مجاهدین خلق از این کشور، ابتدا عراق و سازمان ملل متحد در دسامبر ۲۰۱۱ با مجاهدین خلق به توافقی دست یافتند که ساکنان اشرف را به یک ایستگاه ترانزیت موقت به اسم کمپ لیبرتی در نزدیکی بغداد، منتقل کنند. تا ماه مه ۲۰۱۴، تقریباً ۳۰۰۰ عضو مجاهدین خلق در کمپ لیبرتی، در انتظار اسکان مجدد در کشور‌های ثالث اقامت داشتند که در نهایت با حمایت و پشتیبانی ایالات متحده به پایگاهی در کشور آلبانی منتقل شدند.
وزارت امور خارجه ایالات متحده، در گزارشی در اوت ۲۰۱۱، اعضای مجاهدین خلق را بین ۵۰۰۰ تا ۱۰۰۰۰ نفر اعلام کرد که تعداد قابل‌توجهی در پاریس و سایر پایتخت‌های اروپایی که این گروه در آنجا دفاتر دارد، زندگی می‌کنند. این گروه یک شبکه از وکلای آمریکایی را اداره می‌کند که در سال‌های اخیر از حمایت ده‌ها مقام بلندپایه از هر دو حزب سیاسی، از جمله رودلف جولیانی، شهردار سابق نیویورک و ادوارد رندل، فرماندار سابق نیویورک بهره می‌برد. بخش عمده‌ای از حمایت این اشخاص بر روی کارزار حذف مجاهدین خلق از فهرست سازمان‌های تروریستی خارجی توسط ایالات متحده متمرکز بود. در سپتامبر ۲۰۱۲، هیلاری کلینتون، وزیر امور خارجه، این گروه را از فهرست FTO خارج کرد و در نتیجه دارایی‌های سازمان مجاهدین خلق آمریکا را آزاد کرد و به آن اجازه داد با نهاد‌های آمریکایی ارتباط برقرار کنند. در آوریل ۲۰۱۳ شورای ملی مقاومت یک دفتر در واشنگتن‌دی‌سی افتتاح کرد. کارشناسان می‌گویند، قبل از حمله آمریکا به عراق، صدام سرمایه‌گذار اصلی مجاهدین خلق بود. اما در سال‌های اخیر، این گروه ادعا می‌کند که به انبوه مهاجران ثروتمند ایرانی در ایالات متحده و اروپا تکیه می‌کند درحالی‌که نشانه‌های فراوانی مبنی بر وابستگی این سازمان به اسرائیل و عربستان سعودی وجود دارد.
بحث بر سر مشروعیت مجاهدین خلق به‌عنوان یک گروه مقاومت صلح‌آمیز ایران در طول سال‌ها هم منتقدان و هم طرفداران را به خود جلب کرده است. طرفداران این گروه اظهار می‌دارند که مادلین آلبرایت، وزیر امور خارجه، سازمان مجاهدین خلق را در اکتبر ۱۹۹۷ به‌عنوان بخشی از تلاش دیپلماتیک برای باز کردن گفتگو با میانه‌رو‌ها در تهران در فهرست گروه‌های تروریستی خارجی قرار داد. برخی از گزارش‌های آن زمان این موضوع را تایید می‌کند. نورمن کمپستر در لس‌آنجلس تایمز نوشت: «یکی از مقامات ارشد دولت کلینتون گفت که گنجاندن مجاهدین خلق به‌عنوان یک حسن‌نیت به تهران و رئیس‌جمهور میانه‌روی تازه انتخاب‌شده آن، محمد خاتمی، در نظر گرفته شده است». این اظهارنظر‌ها برخلاف سوابق تروریستی روشن این سازمان علیه شهروندان ایرانی و عراقی و حتی آمریکایی و اروپایی است.
حتی منتقدان آمریکایی مجاهدین خلق نیز انگیزه و تعهد این گروه به خشونت‌پرهیزی و حقوق بشر را زیر سوال می‌برند. وزارت امور خارجه با حذف این گروه در سپتامبر ۲۰۱۲ از فهرست سازمان‌های تروریستی خارجی به چنین ملاحظاتی اشاره کرد: «با اقدامات امروز، این وزارتخانه اقدامات تروریستی گذشته مجاهدین خلق را نادیده نمی‌گیرد یا فراموش نمی‌کند... وزارتخانه همچنین نگرانی‌های جدی در مورد سازمان مجاهدین خلق به‌ویژه در رابطه با اتهامات سوءاستفاده از اعضای خود دارد.»
اتحادیه اروپا تنها پنج سال پس از برخورد با سازمان مجاهدین در قلمرو خود، در ۲۷ ژانویه ۲۰۰۷ در نشست وزیران خارجه‌ی کشور‌های عضو اتحادیه‌ی اروپا، تصمیم گرفتند سازمان مجاهدین خلق ایران را از فهرست «سازمان‌های تروریستی» اتحادیه‌ی اروپا خارج کنند؛ تصمیمی که با مخالفت فرانسه روبه‌رو شد و سخنگوی وزارت خارجه فرانسه اعلام کرد، پاریس خواهان تجدیدنظر در حکم دادگاه اتحادیه‌ی اروپاست. او گفت، ما معتقدیم باقی‌ماندن نام مجاهدین خلق در فهرست ترور قانونی است. رومن نادال، سخنگوی وزارت خارجه فرانسه سازمان مجاهدین خلق را برای «القای افکار خشونت‌آمیز و غیردموکراتیک با ماهیت فرقه‌گرایانه»، و «کارزار فشرده برای تأثیرگذاری و تحریف اطلاعات» محکوم کرد.
خاویر سولانا، مسئول روابط خارجی اتحادیه اروپا نیز در واکنش به تصمیم گرفته‌شده گفت: «کاری که ما امروز انجام می‌دهیم تنها تبعیت از حکم دادگاه است و کار دیگری درباره این تصمیم نمی‌توانیم انجام دهیم.» تصمیم اتحادیه براساس رای دادگاه استراسبورگ بالاترین مرجع قضائی اتحادیه اروپا در دسامبر سال ۲۰۰۶ صورت گرفت که قرار گرفتن مجاهدین خلق در فهرست سازمان‌های تروریستی را «خلاف قانون» دانسته بود. این اولین باری بود که اتحادیه اروپا تشکلی را از فهرست گروه‌های تروریستی خود خارج کرد. پیگیری پنج‌ساله پرونده درخواست تجدیدنظر سازمان مجاهدین خلق در دادگاه اروپایی در نهایت به لغو تصمیم این اتحادیه انجامید. در طی این مدت چند دادگاه به سود سازمان مجاهدین رای دادند و اعلام کردند اتحادیه اروپا نتوانسته دلیل مسدود کردن دارایی‌های این گروه مستقر در پاریس را توضیح دهد. وزارت امور خارجه آمریکا نیز در اواخر سال ۲۰۱۲ سازمان مجاهدین خلق را از فهرست سازمان‌های تروریستی خارجی (FTO) خارج کرد.
برخورد کشور‌های غربی با سازمان مجاهدین خلق نشان‌دهنده بهره‌برداری سیاسی آنها از این سازمان در راستای اهداف خود است. درحالی‌که کارنامه اقدامات تروریستی سازمان مجاهدین کاملاً روشن و بارز است، اما آمریکا و کشور‌های عضو اتحادیه اروپا در رفتار‌های متضاد با نادیده گرفتن اقدامات تروریستی و فرقه‌ای این سازمان به بهره‌برداری از آن روی آورده است. این رفتار فصلی و بدون ثبات فاقد ویژگی‌های یک رفتار حقوقی و مشخصاً حقوق بشری است و به درستی مایه نگرانی ایران است.
