کیهان با انتقاد از سیدمحمدخاتمی، سخنان وی را مخالف دیدگاههای امام خمینی دانست.
کیهان نوشت: سایت جماران، اظهارات یک سال قبل خاتمی در دیدار خانواده مرحوم سید محمود دعایی را منتشر کرد که گفته است: «رابطه‌ای که آقای دعایی با ملی- مذهبی‌ها و با جریان‌های مختلف داشت به هیچ وجه به این معنا نبود که با امام و انقلاب فاصله دارد. اما اگر ما تک‌تک افراد را دفع کنیم تا کنار بروند، علی می‌ماند و حوضش! حالا اگر حوض را هم تکه‌تکه کنیم دیگر نمی‌توانیم کار کنیم. دعایی در حدی که می‌توانست افرادی که به درد می‌خوردند، سالم بودند و مشکلی نداشتند را جذب همین انقلاب و کشور کند، دست‌کم حقوق‌شان پایمال نشود و احیاناً خدای ناکرده به نام انقلاب ستمی نشود.
البته کسی که جرم می‌کند باید با جرمش برخورد کرد، ولی شما نمی‌توانید از حقوق دیگر محرومش کنید. این مملکت برای همه است و هرچه بیشتر افراد را به خیمه انقلاب و نظام بیاوریم به نفع کشور و به‌خصوص به نفع اسلام است. امروز که ما چهره‌های خشن و نامناسبی را از اسلام در دنیا می‌بینیم، ایجاد این تمایز خیلی مهم است. تفاوت بین امام و طالبان این است که امام می‌گوید «جمهوری اسلامی» جای نظام شاهنشاهی باشد. وقتی می‌گویید «جمهوری» یعنی می‌پذیرید که در دنیای امروز زندگی می‌کنید.
بنابراین، در مقابل کسانی که می‌گفتند «حکومت اسلامی» و روش‌های عقب افتاده، ضد زن و ضد مرد را به نام اسلام می‌خواهند پیاده کنند، نشان دادن یک چهره رحمانی اسلام به نفع اسلام است. اسلامی که ما امروز می‌خواهیم باید به نیاز‌های امروز ما پاسخ بگوید. ما نمی‌توانیم با دیدگاه بسته‌ای که متعلق به مثلا ۸۰۰ سال پیش است، اسلام را به عرصه حیات اجتماعی امروز بیاوریم... دعایی یک لحظه در ارادت به امام و وابستگی به جمهوری اسلامی تردید نکرد و به این مسئله افتخار می‌کرد و نیز با کسانی که می‌خواستند این جمهوری را براندازند دشمنی داشت. البته دشمنی کردن دعایی هم لطیف بود و خشن نبود. اما در عین حال معتقد بود هرچه بیشتر باید افراد را بیاوریم و اگر خدای ناکرده حقی از کسی ضایع می‌شود به نام اسلام نباشد.».
سخنان خاتمی درباره گروهک‌های ملی- مذهبی در حالی است که حضرت امام به صراحت فرمودند: «من امروز بعد از ده سال از پیروزی انقلاب اسلامی همچون گذشته اعتراف می‌کنم که بعضی تصمیمات اول انقلاب در سپردن پست‌ها و امور مهمه کشور به گروهی که عقیده خالص و واقعی به اسلام ناب محمدی نداشته‌اند، اشتباهی بوده است که تلخی آثار آن به راحتی از میان نمی‌رود، گرچه در آن موقع هم من شخصاً مایل به روی کار آمدن آنان نبودم، ولی با صلاحدید و تأیید دوستان قبول نمودم و الان هم سخت معتقدم که آنان به چیزی کمتر از انحراف انقلاب از تمامی اصولش و هر حرکت به سوی آمریکای جهانخوار قناعت نمی‌کنند، در حالی که در کار‌های دیگر نیز جز حرف و ادعا هنری ندارند. امروز هیچ تأسفی نمی‌خوریم که آنان در کنار ما نیستند چرا که از اول هم نبوده‌اند.
انقلاب به هیچ گروهی بدهکاری ندارد و ما هنوز هم چوب اعتماد‌های فراوان خود را به گروه‌ها و لیبرال‌ها می‌خوریم، آغوش کشور و انقلاب همیشه برای پذیرفتن همه کسانی که قصد خدمت و آهنگ مراجعت داشته و دارند گشوده است، ولی نه به قیمت طلبکاری آنان از همه اصول، که چرا مرگ بر آمریکا گفتید! چرا جنگ کردید! چرا نسبت به منافقین و ضدانقلابیون حکم خدا را جاری می‌کنید؟
چرا شعار نه شرقی و نه غربی داده‌اید؟ چرا لانه جاسوسی را اشغال کرده‌ایم و صد‌ها چرای دیگر؛ و نکته مهم در این رابطه اینکه نباید تحت تأثیر ترحم‌های بی‌جا و بی‌مورد نسبت به دشمنان خدا و مخالفین و متخلفین نظام، به‌گونه‌ای تبلیغ کنیم که احکام خدا و حدود الهی زیر سؤال بروند... صریحاً اعلام می‌کنم: تا من هستم نخواهم گذاشت حکومت به دست لیبرال‌ها بیفتد، تا من هستم نخواهم گذاشت منافقین اسلام این مردم بی‌پناه را از بین ببرند».
حضرت امام همچنین به صراحت درباره گروهک نهضت آزادی فرمودند: «در موضوع نهضت به اصطلاح آزادی مسائل فراوانی است که بررسی آن محتاج به وقت زیاد است. آنچه باید اجمالاً گفت آن است که پرونده این نهضت و همین‌طور عملکرد آن در دولتِ موقتِ اولِ انقلاب شهادت می‌دهد که نهضت به اصطلاح آزادی طرفدار جدی وابستگی کشور ایران به آمریکا است، و در این‌باره از هیچ کوششی فروگذار نکرده است...
به حسب این پرونده‌های قطور و نیز ملاقات‌های مکرر اعضای نهضت، چه در منازل خودشان و چه در سفارت آمریکا و به حسب آنچه من مشاهده کردم از انحرافات آنها، که اگر خدای متعال عنایت نفرموده بود و مدتی در حکومت موقت باقی مانده بودند ملت‌های مظلوم به‌ویژه ملت عزیز ما اکنون در زیر چنگال آمریکا و مستشاران او دست و پا می‌زدند و اسلام عزیز چنان سیلی از این ستمکاران می‌خورد که قرن‌ها سر بلند نمی‌کرد، و به حسب امور بسیار دیگر، نهضت به اصطلاح آزادی صلاحیت برای هیچ امری از امور دولتی یا قانونگذاری یا قضایی را ندارند؛ و ضرر آنها، به اعتبار آنکه متظاهر به اسلام هستند و با این حربه جوانان عزیز ما را منحرف خواهند کرد و نیز با دخالت بی‌مورد در تفسیر قرآن کریم و احادیث شریفه و تأویل‌های جاهلانه موجب فساد عظیم ممکن است بشوند، از ضرر گروهک‌های دیگر، حتی منافقین این فرزندان عزیز مهندس بازرگان، بیشتر و بالاتر است.» مع‌الأسف خاتمی و برخی از هم‌طیفانش دقیقاً خلاف نص صریح حضرت امام (ره)، طی سه دهه گذشته با گروهک‌های التقاطی و برانداز پیوند خوردند و در تمام نقشه‌های جریان برانداز مورد حمایت آمریکا و انگلیس و اسرائیل، همراهی کامل نشان دادند. به‌ویژه در فتنه سال ۱۳۸۸ و اغتشاشات سال گذشته که جریان‌های براندازی علناً به میدان آمده بودند و با این وجود باند پیرامون خاتمی، در همراهی با آن جریانات فاسد سر سوزنی کم نگذاشتند.
در موضوع جمهوریت نیز خاتمی بزرگ‌ترین دشمنی را در جریان آشوب ۱۳۸۸ به نمایش گذاشت و روی هرچه دیکتاتور را سفید کرد.
