روحانی به محمدباقر قالیباف پیشنهاد کرده بود معاون رئیس‌جمهور و رئیس سازمان حفاظت از محیط زیست شود. قالیباف البته مایل بود و آماده که وزارت کشور را در دولت روحانی عهده‌دار شود و حتی یکی از متنفذترین و نزدیک‌ترین افراد به حاکمیت نیز به روحانی پیام مشابهی داده بود که گرچه ما به شما رای نداده‌ایم، اما تردیدی نکنید که محمدباقر قالیباف بهترین وزیر کشور برای دولت شماست. روحانی به یاد می‌آورد که در آن تابستان ۱۳۹۲ محمدباقر قالیباف به او گفت ضمن تشکر از پیشنهادش درباره آن فکر می‌کند، اما قبل از پاسخ بداند که دیگر هرگز برای ریاست‌جمهوری نامزد نخواهد شد.
سایت حسن روحانی رییس جمهور پیشین نوشت: صبح شنبه، ۲۵ خرداد ۱۳۹۲ نخستین شایعه سیاسی در کشور این بود که انتخابات ریاست‌جمهوری به مرحله دوم کشیده شده است. پیش از این فقط یک بار در سال ۱۳۸۴ انتخابات به مرحله دوم کشیده شده بود، چون هیچ‌یک از نامزد‌های ریاست‌جمهوری «پنجاه درصد + یک رای» را به دست نیاورده بودند و ناگزیر اکبر هاشمی‌رفسنجانی به عنوان نفر اول و محمود احمدی‌نژاد به عنوان نفر دوم وارد مرحله دوم انتخابات شدند و در کمال ناباوری محمود احمدی‌نژاد بر اکبر هاشمی‌رفسنجانی پیروز شد.
در سال ۱۳۹۲ همین ناباوری در مورد حسن روحانی وجود داشت. تنها روحانی از میان نامزد‌ها که نظرسنجی‌ها برای او بیش از سه درصد آرا را پیش‌بینی نمی‌کرد. اما در آن صبح شنبه دیگر روشن بود روحانی بهترین وضعیت آرا را دارد. هرچند که هنوز کسی حدس نمی‌زد روحانی در همان مرحله اول پیروز می‌شود یا برای پیروزی باید یک مرحله دیگر را هم پشت سر بگذارد.
میزان آرای روحانی که از ۱۸ میلیون رای عبور کرد این ابهام هم برطرف شد، اما ابهامی دیگر پیش آمد. در حالی که قانون اساسی از حد نصاب ۵۰ درصد + یک رای سخن می‌گفت برخی گفتند مقصود قانون اساسی ۵۱ درصد آراست!
این شبهه البته بلافاصله برطرف شد. قانون اساسی روشن بود و مقصودش از اکثریت آرا «۵۰ درصد + یک رای» بود.
از آن سو سه نفر نزد حسن روحانی رفتند و گفتند رای شما بیش از ۱۸ میلیون رای بوده است. روحانی می‌گوید برای او نیز یقین شده است که بالای ۲۲ میلیون رای به دست آورده است و هنگامی که دولت را تشکیل داد و عبدالرضا رحمانی‌فضلی را به وزارت کشور انتخاب کرد به او دستور داد به صورت تصادفی آرا را بازشماری کند. رحمانی‌فضلی البته مخالفت کرد چراکه معتقد بود در این صورت شورای نگهبان حساس می‌شود و اساس انتخابات را زیر سؤال می‌برد روحانی هم اصرار چندانی نکرد.
او در مرحله اول انتخابات ۱۳۹۲ از محمود احمدی‌نژاد مرحله دوم انتخابات ۱۳۸۴ (که ۱۷ میلیون رای آورده بود) بیشتر رای آورده بود. اما روحانی به نکته مهمتری توجه داشت. او به صراحت می‌گوید حتی اگر تخلفات گسترده‌ای در انتخابات صورت می‌گرفت که براساس آنها روحانی پیروز نمی‌شد هم اعتراضی به نتیجه انتخابات نمی‌کرد. روحانی به هر دلیل نمی‌خواست تجربه تلخ سال ۱۳۸۸ را تکرار کند. هرچند که ردصلاحیت نامزد دولت مستقر (اسفندیار رحیم‌مشایی دست راست محمود احمدی‌نژاد) که از سوی شورای نگهبان رد شده بود از عوامل بی‌طرفی نسبی دولت وقت در انتخابات بود. ماه عسل محمود احمدی‌نژاد نه فقط با اصولگرایان که با حاکمیت تمام شده بود و او به هیچ وجه نمی‌خواست رقبای اصولگرایش جانشین‌اش شوند و به همین علت بی‌طرفی پیشه کرد و همین به اعلام پیروزی حسن روحانی کمک کرد. محمد نجار وزیر وقت کشور اولین کسی بود که به صورت رسمی به حسن روحانی ریاست‌جمهوری او را تبریک گفت.
روحانی در آن زمان رئیس مرکز تحقیقات استراتژیک بود. نهادی که در طلیعه جمهوری دوم در دورهٔ ریاست‌جمهوری اکبر هاشمی‌رفسنجانی ذیل نهاد ریاست‌جمهوری تاسیس شده بود تا به سیاستگذاری در جمهوری اسلامی کمک کند. نخستین رئیس این مرکز سیدمحمد موسوی‌خوئینی‌ها عضو ارشد مجمع روحانیان مبارز بود که با حضور افرادی مانند بهزاد نبوی، سعید حجاریان، علیرضا علوی‌تبار و محسن کدیور آن جا را به اتاق فکر جمهوری اسلامی تبدیل کند. جناح چپ اسلامی در این مرکز مدرنیزه شد. یعنی از چپ سنتی (طرفدار عدالت اجتماعی) به چپ مدرن (طرفدار توسعه سیاسی) بدل شد و کوشید برنامه نوسازی اقتصادی هاشمی‌رفسنجانی را به برنامه نوسازی سیاسی بدل سازد. پروژه‌ای که از درون آن دولت سیدمحمد خاتمی ظهور کرد. اما دگراندیشی جناح چپ نسبت به هستهٔ مرکزی حاکمیت و نیز دولت وقت (هاشمی‌رفسنجانی) سبب تغییر مدیریت مرکز شد. با حذف جناح چپ از حاکمیت در انتخابات مجلس خبرگان دوم، مجلس شورای اسلامی چهارم و دولت دوم هاشمی‌رفسنجانی چهره‌های چپ از مسئولیت خود استعفا دادند.
سیدمحمد خاتمی از وزارت فرهنگ، مهدی کروبی از بنیاد شهید و سیدمحمد موسوی‌خوئینی‌ها از مرکز تحقیقات استراتژیک استعفا دادند. حسن روحانی جانشین موسوی‌خوئینی‌ها شد و افرادی مانند سیدعطاءالله مهاجرانی، محمود سریع‌القلم، محمود واعظی و محمدباقر نوبخت را به این مرکز دعوت کرد و مجلهٔ ارگان آن به نام «راهبرد» را راه‌اندازی کرد.
در دورهٔ جدید توسعه سیاسی معنای تازه‌تری یافت: توجه به مقولهٔ جهانی شدن، روابط خارجی و امنیت ملی.
در واقع روحانی در این دوران مفهوم توسعه را از سیاست داخلی به سیاست خارجی گسترش داد و خود به عنوان نایب‌رئیس مجلس، دبیر شورای عالی امنیت ملی و نماینده مجلس خبرگان رهبری در مفهوم‌سازی این موضوع در محافل حاکمیتی سعی بسیار کرد. سخنرانی‌های روحانی به عنوان دبیر شورای عالی امنیت ملی در اجلاسیه‌های مجلس خبرگان رهبری سبب می‌شد او در مقام خطیبی مدرن برای سنتی‌ترین نیرو‌های اجتماعی یعنی روحانیان و علمای بلاد از جهان مدرن، روابط بین‌الملل، توسعه اقتصادی و اجتماعی و از همه مهمتر جهانی شدن بگوید. روحانی در این سال‌ها در کتاب‌ها و مقدمه‌هایی که بر کتاب‌ها می‌نوشت مفهوم تازه‌ای از اندیشه سیاسی جدید را مطرح می‌کرد که می‌توان آن را «راست مدرن» خواند که محصول مدرنیزاسیون جناح راست بود. گذار از مفهوم سنت به تجدد در اندیشهٔ سیاسی دینی در همین گفتار‌ها به خصوص در مجلهٔ «راهبرد» قابل مطالعه است.
مرکز تحقیقات استراتژیک تا سال ۱۳۷۶ زیر نظر نهاد ریاست‌جمهوری بود، اما پس از انتخابات سیدمحمد خاتمی به علت نگرانی جناح راست مدرن از بازپس‌گیری مرکز توسط جناح چپ مدرن که اینک پس از پنج سال قهر از حکومت دوباره به دولت برگشته بودند در مصوبه‌ای در هیئت دولت هاشمی‌رفسنجانی این مرکز به مجمع تشخیص مصلحت نظام واگذار شد. در حالی که هاشمی‌رفسنجانی دوره‌ای تازه از مسئولیت در این نهاد را پس از پایان ریاست‌جمهوری بر عهده داشت و او نیز حسن روحانی را در ریاست مرکز ابقا کرد. بدین ترتیب روحانی که ۱۶ سال تمام در دولت‌های هاشمی‌رفسنجانی و خاتمی دبیر شورای امنیت ملی بود و با ریاست‌جمهوری محمود احمدی‌نژاد این مسئولیت را از دست داده بود، حتی در دورهٔ محمود احمدی‌نژاد توانست ریاستش را در مرکز تحقیقات استراتژیک مجمع تشخیص مصلحت نظام ادامه دهد و در واقع بیش از دو دهه در این مرکز بماند.
روحانی که رئیس‌جمهور شد از مقر همین مرکز در خیابان نیاوران تهران رجال و جناح‌های سیاسی را به حضور می‌پذیرفت. دو جناح راست و چپ با او در همین جا اولین دیدار‌ها را در مقام رئیس‌جمهور انجام دادند: ابتدا چند تن از سران اصلاح‌طلبان مانند غلامحسین کرباسچی، محمدعلی نجفی، محمدرضا خاتمی و سپس شورای مرکزی حزب موتلفه اسلامی، از جمله حبیب‌الله عسگراولادی، اسدالله بادامچیان و مصطفی میرسلیم. روحانی در همین مشورت‌ها انتخاب کابینه را آغاز کرد، اما نمی‌خواست به هیچ حزب و جناحی قول بدهد.
چهار کمیته در همان مرکز کار خود را آغاز کردند:
کمیته سیاست داخلی به مسئولیت علی یونسی وزیر اطلاعات دولت خاتمی که پس از افشای قتل‌های زنجیره‌ای جانشین دری نجف‌آبادی شده بود. کمیته سیاست خارجی به مسئولیت محمود واعظی معاون وزیر خارجه در دولت‌های هاشمی و خاتمی که از سران حزب اعتدال و توسعه حزب نزدیک به روحانی محسوب می‌شد.
کمیته اقتصادی به مسئولیت محمدباقر نوبخت دبیرکل حزب اعتدال و توسعه و نماینده سابق رشت در مجلس شورای اسلامی.
کمیته فرهنگی و اجتماعی به مسئولیت سیدرضا صالحی‌امیری از مدیران سابق وزارت اطلاعات که در مرکز تحقیقات استراتژیک از مدیران حسن روحانی بود.
این کمیته‌های چهارگانه مسئولیت معرفی نامزد‌های تصدی مقام را بر عهده داشتند و در مشورت با افراد و احزاب نامزد‌های وزارت را به رئیس‌جمهور معرفی می‌کردند و در واقع با ۲۰۰ تا ۳۰۰ نفر از سیاسیون در ارتباط بودند.
از میان رجال سیاسی بیرون از این مرکز، اما علی لاریجانی رئیس مجلس فهرستی پیشنهادی به حسن روحانی داد. آیت‌الله خامنه‌ای به رئیس‌جمهور گفتند من هیچ فردی را به شما معرفی نمی‌کنم و آیت‌الله هاشمی رئیس مجمع تشخیص مصلحت نظام فهرستی از افراد را به حسن روحانی پیشنهاد کرد.
حسن روحانی به علی‌اکبر ناطق‌نوری پیشنهاد کرد که وزیر کشور بشود. ناطق‌نوری که قبلا در آغاز دهه ۶۰ وزیر کشور دولت اول میرحسین موسوی بود به روحانی گفت حوصله چانه‌زنی با نمایندگان مجلس را ندارم و وزارت را قبول نکرد، اما پذیرفت مشاور عالی رئیس‌جمهور باشد. اما در آخرین لحظه اعلام کرد که دست نگه داشته شود و تا پایان دولت هیچ مقام رسمی حتی دبیری شورای عالی امنیت ملی را نپذیرفت.
فرد جایگزین او در وزارت کشور عبدالرضا رحمانی‌فضلی شد. نماینده سابق مجلس شورای اسلامی که روحانی می‌گوید از همان مجلس در فراکسیون عقلا «با او رفیق بودیم».
البته اصلاح‌طلبان پیشنهاد داشتند که اسحاق جهانگیری یا محمد شریعتمداری وزیر کشور شود. پیشنهادی که جهانگیری خیلی آن را قبول نداشت و روحانی هم به شریعتمداری چنین پیشنهادی نکرد. جهانگیری که در دولت سیدمحمد خاتمی وزیر صنایع بود، فکر می‌کرد روحانی به او تکرار آن وزارتخانه را پیشنهاد کند، اما روحانی به جهانگیری پیشنهاد غیرمنتظره‌ای کرد: معاونت اول، روحانی اینکه پیشنهاد به جهانگیری محصول مشورت هاشمی‌رفسنجانی بود را رد می‌کند. می‌گوید از قدیم با جهانگیری در مجلس و در فراکسیون عقلا و در کمیسیون برنامه و بودجه آشنا بوده و از تسلط او بر اقتصاد آگاهی داشته است و شاید، چون خود می‌خواست بیشتر بر روی دیپلماسی و امنیت ملی وقت بگذارد معاون اولش را از میان مدیران اقتصادی انتخاب کرد. تکنوکراتی از حزب کارگزاران سازندگی ایران در کنار دیپلمات‌های حزب اعتدال و توسعه که ستون فقرات دولت جدید را می‌ساختند.
انتخاب‌های حسن روحانی گرچه متحدانش را راضی نمی‌کرد، اما به جز وزیر کشور دربارهٔ دیگر وزیران ناراضی نبودند. در همان روز‌های انتقال دولت در یکی از روز‌های ماه رمضان هاشمی‌رفسنجانی از حسن روحانی برای افطار دعوت کرد. ناطق نوری، سیدمحمد خاتمی و سیدحسن خمینی هم به این افطاری دعوت شده بودند. همگی از انتخاب عبدالرضا رحمانی‌فضلی متعجب بودند، رحمانی‌فضلی چهره‌ای نزدیک به علی لاریجانی محسوب می‌شد که از صداوسیما تا شورای عالی امنیت ملی در کنار او بود: راستگرایی میانه‌رو که طبیعتا برای سیدمحمد خاتمی و سیدحسن خمینی مطلوب نبودند. روحانی، اما چندان به انتقادات توجهی نکرد و از معرفی رحمانی‌فضلی منصرف نشد.
روحانی برخلاف آنچه بعدا اصولگرایان در جریان رای اعتماد مجلس گفتند دولت را به صورت شرکت سهامی اداره نمی‌کرد. اصولگرایان می‌گفتند رحمانی‌فضلی (وزیر کشور) سهمیه علی لاریجانی، عباس آخوندی (وزیر راه و شهرسازی) سهمیه علی‌اکبر ناطق‌نوری، محمود حجتی (وزیر کشاورزی) سهمیه عبدالله نوری، مجید انصاری (معاون حقوقی و پارلمانی رئیس‌جمهور) سهمیه محمد خاتمی و اسحاق جهانگیری (معاون اول رئیس‌جمهور) سهمیه اکبر هاشمی‌رفسنجانی است. اما روحانی این سهمیه‌بندی را قبول ندارد و انتخاب وزیران را انتخاب خودش می‌داند.
او حتی می‌گوید برخی انتخاب‌ها بدون توجه به روابط شخصی و تنها براساس صلاحیت‌های فردی بوده است: از جمله معرفی حسن قاضی‌زاده‌هاشمی به عنوان وزیر بهداشت که به هیچ جناح سیاسی وابستگی نداشت. یا بیژن زنگنه به عنوان وزیر نفت که گرچه اصلاح‌طلب و از نزدیکان میرحسین موسوی و سیدمحمد خاتمی بود، اما حسن روحانی با زنگنه اختلافی جدی بر سر قرارداد کرسنت داشت و در شورای عالی امنیت ملی با او نامه‌نگاری‌های انتقادی کرده بود، اما او را در وزارت نفت فردی مقتدر می‌دانست و تا پایان دولتش هم با وجود همه فشار‌ها از زنگنه که شیخ‌الوزرای جمهوری اسلامی است و سابقه عضویت در دولت‌های رجایی، باهنر، موسوی، هاشمی و خاتمی و روحانی در وزارتخانه‌های جهاد سازندگی، نیرو نفت را دارد کوتاه نیامد.
روحانی در انتخاب وزیران از ستاد‌های رقیب هم سختگیر نبود. علی طیب‌نیا عضو ستاد محمدرضا عارف بود، اما وقتی محمدباقر نوبخت او را برای تصدی وزارت اقتصاد و دارایی معرفی کرد، روحانی پذیرفت. طیب‌نیا از بهترین وزیران کابینه شد وقتی دو سال بعد عارف از کابینه انتقاد کرد نوبخت در پاسخ گفت ما فکر می‌کردیم آقای طیب‌نیا به عنوان نماینده و رابط آقای عارف، اطلاعات و توضیحات را به دکتر عارف می‌دهد! حرفی که با واکنش سخن عارف و طیب‌نیا مواجه شد و نوبخت حرفش را پس گرفت.
روحانی حتی حسین دهقان را به وزارت دفاع انتخاب کرد که رئیس بنیاد شهید در دولت سیدمحمد خاتمی و عضو ارشد ستاد محمدباقر قالیباف در جریان انتخابات بود، اما روحانی او را به وزارت دفاع انتخاب کرد.
انتخاب روحانی برای وزارت خارجه از آغاز البته محمدجواد ظریف بود. دیپلمات کارکشته‌ای که نه‌تن‌ها چپ نبود بلکه به جناح راست گرایش‌هایی داشت. از آغاز انقلاب اسلامی در ایالات متحده آمریکا چه به عنوان دانشجو و چه به عنوان دیپلمات حضور داشت و در وزارت خارجهٔ دورهٔ علی‌اکبر ولایتی رشد کرد تا جایی که برخی فکر می‌کردند او سهمیه ولایتی در دولت روحانی است که چنین نبود، اما بدون شک ولایتی از انتخاب ظریف راضی بود و ظریف را از دوستان خود می‌دانست. روحانی از مذاکرات قطعنامه ۵۹۸ با ظریف آشنا بود و از همان آغاز به او پیشنهاد کرد نه‌تن‌ها عهده‌دار وزارت امور خارجه شود بلکه مسئولیت پرونده هسته‌ای را هم بر عهده بگیرد. پرونده هسته‌ای ایران در آن زمان یکی از مهمترین موضوعات کشور بود که در مبارزات انتخابات هم نقش فوق‌العاده بازی کرده بود. روحانی با شعار معروفی به قدرت رسیده بود: «باید هم چرخ سانتریفیوژ بچرخد و هم چرخ زندگی مردم.»
تبدیل پرونده هسته‌ای ایران از پرونده‌ای امنیتی به پرونده‌ای سیاسی مهمترین برنامهٔ روحانی بود. جالب اینجاست که شخص روحانی در مقام دبیر شورای عالی امنیت ملی پرونده هسته‌ای را از کمال خرازی وزیر خارجه سیدمحمد خاتمی تحویل گرفته بود و اینکه می‌خواست به عنوان رئیس‌جمهور همان پرونده را به وزارت خارجه بسپارد. ریشهٔ ارجاع پرونده به شورای عالی امنیت ملی، اما این بود که در دولت سیدمحمد خاتمی در اختلاف‌ها میان وزارت امور خارجه به عنوان مسئول سیاسی پرونده و سازمان انرژی اتمی به عنوان مسئول فنی پرونده در دوره مسئولیت کمال خرازی (وزیر خارجه) و غلامرضا آقازاده (رئیس سازمان انرژی اتمی) به نهادی واسطه و میانه نیاز بود تا اختلافات این دو نهاد را کم کند. در حالی که شوق و شعف مهندسان و تکنسین‌های سازمان انرژی اتمی سبب شد که توانایی‌های هسته‌ای ایران زیر ذره‌بین مخالفان جمهوری اسلامی قرار گیرد و سازمان تروریستی مجاهدین خلق ادعای ساخت بمب اتمی را طرح کند دیپلمات‌های وزارت امور خارجه نمی‌توانند مسئولیت این شوق و شعف علمی سازمان انرژی اتمی را برعهده بگیرند. در آن زمان از سوی شورای امنیت ملی دو تن حسن روحانی و میرحسین موسوی مسئول تهیه گزارشی از ابعاد پرونده هسته‌ای ایران شدند. موسوی از دوستان آقازاده بود و به صراحت از پرونده هسته‌ای ایران دفاع می‌کرد و آن را نهضتی معادل نهضت ملی شدن صنعت نفت ایران می‌دانست. روحانی، اما برخورد دیپلماتیک‌تری داشت و شاید به همین علت کمال خرازی وزیر خارجه پیشنهاد کرد حسن روحانی مسئول پرونده هسته‌ای ایران شود. این سنت پس از روحانی دربارهٔ علی لاریجانی و سعید جلیلی هم باقی ماند.
اما روحانی پس از ۸ سال از دبیری شورای عالی امنیت ملی به ریاست این شورا رسید و با موافقت مقام رهبری تصمیم گرفت پرونده را به وزارت امور خارجه احاله دهد.
برای شورای عالی امنیت ملی حسن روحانی همان‌گونه که گفتیم در آغاز به علی‌اکبر ناطق‌نوری پیشنهادی دبیری این نهاد را داد. مقامی که به صورت سنتی فرد منتخب برای آن باید موارد توافق مقام رهبری و ریاست‌جمهوری باشد بدین معنا که این شورا شامل رؤسای سه قوه (رئیس‌جمهور، رئیس مجلس، رئیس قوه قضائیه)، وزیران خارجه، کشور، اطلاعات، رئیس سازمان برنامه و بودجه و رئیس ستاد مشترک نیرو‌های مسلح و دو نماینده منصوب مقام رهبری است. روحانی که از سال ۱۳۶۸ یکی از دو نماینده مقام رهبری در این شورا (حتی در دوره محمود احمدی‌نژاد) بود با تغییر موقعیت به عنوان رئیس‌جمهور به مقام رهبری پیشنهاد کرد که علی شمخانی دبیر شورای عالی امنیت ملی شود. پس از آنکه محمد فروزنده وزیر اسبق دفاع هم پیشنهاد روحانی را نپذیرفت.
شمخانی از فرماندهان سپاه پاسداران نزدیک به هاشمی‌رفسنجانی بود، اما بیش از هاشمی به محسن رضایی نزدیک بود و برخی فکر می‌کردند سهمیه رضایی از کابینه است. روحانی بر انتخاب شمخانی اصرار کرد تا همچون دهقان که به عنوان وزیر دفاع نماینده گارد جدید سپاه تلقی می‌شد، شمخانی هم به عنوان نماینده گارد قدیم سپاه در دولت روحانی احساس مشارکت کنند. روحانی با اصرار شخصی از آیت‌الله خامنه‌ای حکم نمایندگی مقام رهبری را برای شورای امنیت ملی هم گرفت و او را به عنوان دبیر شورایی انتخاب کرد که گرچه رئیس‌جمهور، رئیس آن بود، اما همه مصوباتش باید به تایید مقام رهبری به عنوان فرمانده کل قوا می‌رسید و سنت انتخاب دبیر از میان دو نماینده رهبری در شورای عالی امنیت ملی سنتی بود که رهبری و رئیس‌جمهوری را به هم نزدیک می‌ساخت.
شاید علی‌اکبر ولایتی انتظار داشت این مقام به او پیشنهاد شود چراکه نقش خود را در ریاست‌جمهوری روحانی مهم می‌دانست: چه زمانی که به سعید جلیلی حمله کرد و چه زمانی که با عدم انصرافش مانع از اجماع اصولگرایان شد و شاید حسن روحانی یکی از مهمترین اشتباهات خود را در همین زمان مرتکب شد. اشتباهی که هرگز فرصت جبران آن پیدا نشد.
این انتظار بی‌جا نبود، روحانی به رقیبانش هم پیشنهاد کرده بود که وارد دولت او شوند. او به محمدرضا عارف پیشنهاد کرد وزیر علوم شود و عارف فکر می‌کرد با انصرافش در پیروزی روحانی نقشی جدی دارد و حداقل باید معاون اول رئیس‌جمهور شود با عصبانیتی که لهجه یزدی‌اش را تشدید کرده بود این پیشنهاد را رد کرد و گفت قصد دارد دو سال دیگر نامزد مجلس شورای اسلامی شود. عارف نگفت، اما فکر می‌کرد حال که معاون اول دولت امید نشده است ریاست مجلس امید حق اوست. انتظاری که البته برآورده نشد.
روحانی به محمدباقر قالیباف هم پیشنهاد کرد معاون رئیس‌جمهور و رئیس سازمان حفاظت از محیط زیست شود. قالیباف البته مایل بود و آماده که وزارت کشور را در دولت روحانی عهده‌دار شود و حتی یکی از متنفذترین و نزدیک‌ترین افراد به حاکمیت نیز به روحانی پیام مشابهی داده بود که گرچه ما به شما رای نداده‌ایم، اما تردیدی نکنید که محمدباقر قالیباف بهترین وزیر کشور برای دولت شماست. روحانی به یاد می‌آورد که در آن تابستان ۱۳۹۲ محمدباقر قالیباف به او گفت ضمن تشکر از پیشنهادش درباره آن فکر می‌کند، اما قبل از پاسخ بداند که دیگر هرگز برای ریاست‌جمهوری نامزد نخواهد شد.
چهار سال بعد (۱۳۹۶) نظر قالیباف البته تغییر کرد و برای سومین بار (بعد از ۱۳۸۴ و ۱۳۹۲) مقابل روحانی نامزد شد هرچند که بعدا به سود سیدابراهیم رئیسی انصراف داد همچنان که در سال ۱۴۰۰ هم قصد نامزدی داشت و با حضور رئیسی منصرف شد. آیا سخن آن روز قالیباف به روحانی نوعی پیام بود که در صورت تصدی وزارت کشور از نامزدی ریاست‌جمهوری دست‌کم برای سال ۱۳۹۶ مقابل روحانی منصرف می‌شود؟
به هر حال قالیباف در آن دیدار به روحانی سه نکته را گفت:
اول. من دیگر به هیچ وجه نامزد نمی‌شوم.
دوم. حتما می‌خواهم به دولت شما کمک کنم.
سوم. اگر شهردار تهران هم باشم به شما کمک بیشتری می‌کنم.
سه‌نکته‌ای که به آنها عمل نکرد.
روحانی به علی‌اکبر ولایتی هم پیشنهاد کرد که نماینده ایران در سازمان ملل متحد شود. جایی که قبلا محمدجواد ظریف قرار داشت و به نوعی سفیر غیررسمی جمهوری اسلامی ایران در ایالات متحده آمریکا بود. به کمال خرازی هم پیشنهاد کرد وزیر علوم شود چراکه خرازی قبل از آنکه دیپلمات باشد دانش‌آموخته علوم‌شناختی بود. اما هیچ‌کدام این پیشنهاد‌ها را نپذیرفتند که اگر می‌پذیرفتند دولت روحانی به دولت وحدت ملی و دولت ژنرال‌ها بدل می‌شد.
برای وزارتخانه‌های اطلاعات و دادگستری کار روحانی سخت‌تر بود. گرچه علی یونسی رئیس کمیته سیاسی – امنیتی انتخاب وزیران کابینه بود، با تصدی وزارت اطلاعات توسط او موافقت نشد هرچند خود او بیشتر در پی تصدی وزارت کشور بود. برای وزارت دادگستری هم نام منتظری در میان بود که سرانجام مصطفی پورمحمدی برای این کار پیشنهاد شد.
روحانی قصد داشت سه زن برای تصدی مقام وزارت معرفی کند که البته موفق نشد. با وجود این او از حمایت مقام رهبری از ترکیب کابینه اول راضی بود و دولت امید با کمترین اختلاف‌نظر تشکیل شد.
