دکتر آیت از منزل خارج شد، سوار پیکان شخصی‌اش شد و هنوز ماشین را روشن نکرده بود که باران گلوله بر سر و رویش باریدن گرفت. او در خون خود غلتید و آن پوشه‌ای هم که شامل اسناد و مدارکش بود، مفقود شد و دیگر نشانی از آن به دست نیامد. آن مدارک ناپدید شدند و کسی از اسرار آن آگاه نشد، اما ۲۸ سال بعد وقتی میرحسین موسوی به‌عنوان یکی از سران فتنه پس از انتخابات ریاست‌جمهوری سال ۸۸ در پازل دشمنان تاریخی این ملت قرار گرفت، این گمان تقویت شد که در اسناد و مدارک مفقودشده شهید آیت اسراری درباره میرحسین موسوی نهفته بود.
روزنامه کیهان در سالگرد شهید حسن آیت به نقش او در تصویب اصل ولایت فقیه در قانون اساسی و نیز مخالفت با میرحسین موسوی اشاره کرد.
کیهان نوشت: دکتر آیت، افشاگری‌های خود در مورد بنی‌صدر و لیبرال‌ها را ادامه داد که اوج آن در جلسات عدم کفایت بنی‌صدر برای ریاست‌جمهوری نمایان گردید و بنی‌صدر براساس اصلی از قانون اساسی توسط نمایندگان ملت، عدم کفایتش تصویب شد که در مجلس خبرگان بررسی قانون اساسی، خود دکتر آیت از پیشنهاددهندگان آن اصل بود تا نکند دیکتاتوری دیگری بر این کشور حاکم شده و این‌بار رئیس‌جمهوری به جای شاه بنشیند.
تاریخ خیلی زود در سال ۱۳۶۰ نشان داد که تمامی حرف‌های دکتر آیت درباره بنی‌صدر از اواسط سال ۱۳۵۸ و چند ماه قبل از کاندیدایی وی برای ریاست‌جمهوری تا آن هنگام، برحق بوده است. اینک نوبت افشاگری دیگری بود. اما این‌بار ۲۸ سال طول کشید تا درستی حرف‌های دکتر آیت روشن شود. حرف‌هایی که با یک ترور تکان‌دهنده و فاجعه‌بار خاموش شد و اسنادش به‌گونه‌ای اسرارآمیز به سرقت رفت.
شهید دکتر آیت و گروهی از یارانش در حزب جمهوری اسلامی با وزارت میرحسین موسوی بر امور خارجه موافق نبودند، چرا که سوابق او در همراهی با دکتر پیمان در جنبش مسلمانان مبارز و تمایلش به مصدق را در نظر می‌گرفتند.
یکشنبه هفتم تیرماه ۱۳۶۰، در حزب جمهوری اسلامی دو جلسه برگزار شد که یکی از آن‌ها یعنی جلسه شورای مرکزی حزب قبل از نماز مغرب و عشا و دیگری آن جلسه خونین شهادت بهشتی و یارانش بود. در جلسه نخست، بحث وزارت امور خارجه میرحسین موسوی مطرح شد و دکتر آیت علیه وی صحبت کرده و ابراز مخالفت نمود. در آن جلسه دکتر آیت تصریح کرد که موسوی شاگرد دکتر پیمان است و خط پیمان در نهایت به سازش با آمریکا منتهی می‌شود و گفت که در مجلس با وزارت او مخالفت می‌کند. حدود نیمی از اعضای شورای مرکزی حزب، نظرات دکتر آیت نسبت به میرحسین موسوی را قبول نداشتند، چنان‌که در مورد رفتار با بنی‌صدر در ابتدا فکر می‌کردند که شهید آیت دچار افراط شده است!
سرانجام پس از واقعه هفتم تیرماه، میرحسین موسوی به وزارت امور خارجه رسید و همان‌جا بود که دکتر آیت آن جمله معروف را گفت که مبارزه با امثال میرحسین موسوی از مبارزه با شاه سخت‌تر است! از همین‌روی شهید آیت همچنان به جمع‌آوری اسناد درباره میرحسین موسوی ادامه می‌داد، از روزنامه‌ها، از صحبت‌هایش، از سوابقش یا از....
اما جریان نفوذی که توانسته بود لیبرال‌ها و بنی‌صدر را به قدرت برساند، نگران دکتر آیت بود که او همچنان در برابر دنباله‌های آن جریان مانند میرحسین موسوی مقاومت کند و دست به افشاگری‌های تازه‌ای بزند؛ بنابراین ترور و حذف فیزیکی او را در دستورکار خود قرار دادند. ترور آیت در حالی بود که او هیچ مقام اجرایی یا نظامی و یا سیاسی نداشت و مانند بسیاری دیگر تنها، نماینده مردم در مجلس بود، در حالی که تا آن روز گروهک تروریستی منافقین و یا دیگر تروریست‌ها، هدف خاصی را در میان نمایندگان مجلس دنبال نمی‌کردند. اما گویا دکتر حسن آیت با همه نمایندگان مجلس و مقامات دیگر تفاوت داشت، او دغدغه خطر دیگری را در دل و ذهن خود داشت که شاید بیش از مقامات اجرایی و سیاسی و نظامی، موجودیت دشمنان تاریخی انقلاب و اسلام را تهدید می‌کرد. صحنه ترور دکتر آیت نیز در میان تمامی ترور‌های انجام‌شده تا آن روز بی‌سابقه بود. بیش از ۶۰ گلوله به سمت ماشین پیکان او که در کنار منزل‌شان پارک شده بود، شلیک شد در حالی که آیت با همان اولین گلوله‌ها به شهادت رسید. گویی همه عقده‌های هزاران ساله خویش را بر سر یکی از مهم‌ترین دشمنان تاریخی خود خالی می‌کردند. به نظر می‌رسد که آیت دقیقا به هدف زده بود، گویی مستقیما شیشه عمر آن‌ها را نشانه رفته بود که تا این حد از وی کینه و عقده داشتند.
بنا به روایت همسر شهید، آیت در روزی که ترور شد، سه روز بیماری همراه با تب را پشت‌سر گذاشته و هنوز بهبودی پیدا نکرده بود. اما آن روز علی‌رغم ضعف شدید و تداوم تب و بیماری، برخاست و همه کاغذ‌ها و اسنادش را جمع‌آوری کرد، لای پوشه‌ای جای داد و گفت که باید به مجلس برود...
دکتر آیت از منزل خارج شد، سوار پیکان شخصی‌اش شد و هنوز ماشین را روشن نکرده بود که باران گلوله بر سر و رویش باریدن گرفت. او در خون خود غلتید و آن پوشه‌ای هم که شامل اسناد و مدارکش بود، مفقود شد و دیگر نشانی از آن به دست نیامد. آن مدارک ناپدید شدند و کسی از اسرار آن آگاه نشد، اما ۲۸ سال بعد وقتی میرحسین موسوی به‌عنوان یکی از سران فتنه پس از انتخابات ریاست‌جمهوری سال ۸۸ در پازل دشمنان تاریخی این ملت قرار گرفت، این گمان تقویت شد که در اسناد و مدارک مفقودشده شهید آیت اسراری درباره میرحسین موسوی نهفته بود.
عباس سلیمی نمین بعد‌ها در مصاخبه با خبرگزاری مهر که متن آن همچنان در سایت مرکز مطالعات و پژوهش‌های سیاسی موجود است می‌گوید حسن آیت، نفوذی مظفر بقایی (رهبر حزب زحمتکشان که نزدیک به انگلیسی‌ها بود) در نظان جمهوری اسلامی بود.
سلیمی نمین می‌گوید: من معتقدم قطعا متاثر از بقایی عمل کرد چراکه آیت حتی بعد از نهیب امام باز هم به اختلاف افکنی‌ها دامن می‌زند.
او معتقد است:اینکه آیت در شکل گیری یا طرح تز ولایت فقیه نقش داشته باشد خیلی محل نردید است، زیرا افراد مختلفی همچون آیت الله منتظری مدعی ابن امر هستند؛ بنابراین خیلی اصالت برای این مسئله قائل نیستم. آنچه که جزء مسلمات تاریخی می‌دانیم آیت با مظفر بقایی کار کرده و عضو حزب زحمتکشان بوده البته ایشان مدعی است سال ۴۲، ۴۳ فاصله گرفته، اما به لحاظ مشی و شیوه، شیوه مظفر بقایی را در این نقطه تاریخی دنبال می‌کند نه نظرات امام را. یعنی خیلی تعبدی به رهنمود‌های امام از خودش نشان نمی‌دهد. شاید امروز آیت را با برخی اهداف سیاسی هوشمندتر از امام نسبت به میر حسین موسوی معرفی کتیم، اما ما برای انقلابی گری ملاک داریم. ملاک اینجا امام است. امام ملاک انقلابی گری است. اگر کسی از امام تندتر رفت دیگر انقلابی نیست. اگر کسی آمد گفت من از امام هم در مبارزه فساد جلوترم یا دروغ می‌گوید یا فریبی را دارد دنبال می‌کند.
سلیمی نمین می‌افزاید: اسنادی را که می‌گویند در مورد موسوی داشته این یک ادعای سطحی است که دارد مطرح می‌شود. این اسناد را در اختیار هیچ کس قرار نداده و این اسناد نابود شده است. این ادعای سطحی را نمی‌توانیم بر تاریخ تحمیل کنیم. این‌ها دعوا‌های سیاسی امروز است طرح این مسائل به ضعف تحلیل سیاسی امروز ما بر می‌گردد که برخی می‌خواهند از تاریخ برای حل آن بهره بگیرند. میرحسین موسوی می‌توانست تا دیروز آدم خوبی باشد، اما امروز می‌تواند به جامعه لطمه بزند؛ بنابراین اگر امروز غرور و تکبر او را گرفته که در برابر قانون می‌ایستد حالا بگوییم از اول فراماسون بوده و دلیل آن هم یکسری اسنادی است که حسن آیت دارد. این یک ادعا‌های سطحی است که قابل پذیرش نیست.
