کهن‌ترین نسخه تاریخدار کتاب من لا یحضره الفقیه نسخه‌ای از جلد دوم این کتاب است که کتابتش در یکشنبه ۶ محرم ۵۷۴ق به پایان رسیده است. این نسخه به صورت عکسی منتشر شده و در شماری از تحقیقات اخیر از آن استفاده شده است.
نسخه مهم دیگری از کتاب من لا یحضره الفقیه موجود است که تاکنون به شایستگی معرفی نشده و از آن استفاده نشده است. نسخه‌ای که محمد بن بندار بن محمد آن را در سال ۵۷۹ق از روی نسخه‌ای مورخ ۳۹۵ق کتابت کرده بود. این نسخه در اصل شامل دو جلد اول کتاب بود، که در زمانی نامشخص آن را به دو پاره تقسیم و در دو مجلد جدا صحافی کردند و هر یک از این مجلدات سرنوشتی متفاوت یافت.
به گزارش پایگاه فکر و فرهنگ مبلغ، بنابر روایت کتابان، کتابت مجلد اول این نسخه در ۱۳ ذیقعده سال ۵۷۹ق به پایان رسیده است. این جلد مختصر نقصی در اوراق اول و آخرش دارد. نسخه نزد یک مجموعه‌دار شخصی در قم نگهداری می‌شود. اما صفحه آخر آن شامل انجامه کاتب از کتاب جدا شده و به صورت جداگانه در حراج رزبری شهر لندن به فروش رسیده است (حراج هنر اسلام و هند، مورخ ۲۳/۰۴/۲۰۱۸ کالای شماره ۱۹۷).
در سالیان اخیر به برگ آخر نسخه یک نقاشی شامل شاهزاده‌ای تسبیح به دست و صراحی در کنار الحاق کرده‌اند. همچنین ترنجهای مذهب و مرصعی از مصاحف دوره ایلخانی بریده و به حاشیه بیشتر صفحات چسبانده‌اند. هدف از انجام این کار به هیچ وجه مشخص نیست. این جلد در قرون متأخر، مختصری حاشیه‌نویسی شده و مطالبی هم گاهی بین سطور آن نوشته شده است.
کتابت مجلد دوم این دوره در غره ذیحجه ۵۷۹ق به اتمام رسیده است. کاتب در انجامه خود تصریح می‌کند که نسخه خود را از روی نسخه‌ای نوشته‌شده به خط اوائل و مورخ سال ۳۹۵ق کتابت کرده است:
کاتب روی برگ آغاز نسخه نوشته است که نسخه را برای استفاده خودش کتابت کرده است: «صاحبه کاتبه محمد بن بندار بن محمد متّع الله به و رزقه علما نافعا بمحمد و آله الاکرمین». در قرون متقدم دانشمندان عموماً برای استفاده شخصی و رفع حوایج علمی خود به کتابت کتابهای دینی یا علمی روی می‌آوردند. بنابراین با توجه به کتابت این نسخه، می‌توانیم محمد بن بندار بن محمد را یکی از علمای گمنام شیعه به شمار آوریم که در منابع موجود نام و مشخصاتش ثبت نشده است.
به این جلد نیز مانند مجلد پیشین کتاب بعضی تزئینات و تصاویر الحاق شده است. این تزئینات الحاقی در دو جاست:
نخست بالای برگ اول نسخه که پیش از شروع متن و بالای بسمله، سرسوره‌ای از یک قرآن مربوط به دوره ایلخانی بدون توجه به عدم تناسب آن با متن چسبانده شده است. این سرسوره متعلق به سوره روم است که نام سوره و تعداد آیات آن به خط کوفی زرین محرر درون آن نوشته شده است (الروم ستون آیة). شمسه‌ای نیز در حاشیه به کتیبه متصل است.
دوم نیمی از صفحه ۵۴ب و بخش بالایی صفحه ۵۵ر که به خاطر اشتباه کاتب سفید مانده است. کاتب در سه سطر آخر «باب حسن القیام علی الدواب» به اشتباه بخشی از متن سه باب قبل را نوشته است (باب ما لم تبهم عنه البهایم). به همین دلیل بقیه صفحه را سفید رها کرده بود و به اندازه متن این باب در ابتدای برگ بعدی فضای سفید گذاشته و به کتابت خود ادامه داده بود. او قصد داشت که بعداً ۷ سطر ابتدای باب حسن القیام علی الدوابّ را این صفحه بنویسد؛ اما این کار را به هر دلیلی انجام نداده است.
در فضای سفید این دو برگ تزئیناتی افزوده شده است. پایین گ ۵۴پ تصویری کهنه‌نما از پیرمردی نمازگزار و نشسته بر سجاده کشیده شده است که در کنارش دو مهر کوفته شده است: یکی مهر مدور آغاز نسخه و دیگری مهر بیضوی: «پیرو دین نبی، سلطان محمد». بالای گ ۵۵ر هم کتیبه و شمسه‌ای متصل به آن از مصحفی ایلخانی چسبانده شده است. دور تا دور این کتیبه با خطوط تزئینی و شرفه‌هایی مزین شده است.
در لبه ورق اول تملک حسن بن مطر الاسدی نوشته شده است. او ظاهراً عزالدین حسن بن حسین ابن مطر اسدی (زنده در ۸۴۹ق)، شاگرد ابن فهد حلی، است. میرزا عبدالله افندی نسخه‌ای از الدروس الشرعیة را با حواشی او مورخ ۸۴۹ق در حله دیده بود
مهری مدور به نقش: «بسم الله الرحمن الرحیم. یا رادّ الشمس لعلی ابن ابوطالب رد علیّ ذالتی ۱۳۱۶»
در آغاز و انجام و برگ ۵۴ب دیده می‌شود که مالکش مشخص نیست. این مهر روی برگ آخر جلد اول نسخه هم کوفته شده است.
این مجلد در سال ۱۹۸۲م در حراج ساتبیز لندن به فروش رسید (حراج ۲۶ آوریل ۱۹۸۲م، کالای ش ۴۳). سپس به مجموعه جعفر جعفرزاده قاضی در آلمان منتقل شد و بعد از فوت او به همراه دیگر نسخه‌هایش در حراج کریستیز به فروش رفت (حراج آثار اسلامی، ۵ اکتبر ۲۰۱۰م، کالای شماره ۱۷۵).۶چهار سال بعد این نسخه دوباره در همان حراج عرضه شد (حراج آثار اسلامی و هند، ۱۰ آوریل ۲۰۱۴م، کالای شماره ۳۶).۷ و سرانجام در سال ۱۳۹۶ش به کتابخانه ملی ایران منتقل شد (شماره ۳۹۶۰۸).
